[日本語] English
万見
- PDB-4o1s: Crystal structure of TvoVMA intein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1s
タイトルCrystal structure of TvoVMA intein
要素V-type ATP synthase alpha chain
キーワードSPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type ATP synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7008 Å
データ登録者Aranko, A.S. / Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2014
タイトル: Structure-based engineering and comparison of novel split inteins for protein ligation.
著者: Aranko, A.S. / Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type ATP synthase alpha chain
B: V-type ATP synthase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,19310
ポリマ－37,1182
非ポリマー1,0758
水2,252125
1
A: V-type ATP synthase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2046
ポリマ－18,5591
非ポリマー6455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: V-type ATP synthase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9894
ポリマ－18,5591
非ポリマー4303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.442, 154.442, 48.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 V-type ATP synthase alpha chain / V-ATPase subunit A / Tvo AtpA intein / Tvo VMA intein


分子量: 18559.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1 / 遺伝子: atpA, TV0051, TVG0054274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97CQ0, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH7.0, 25% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月30日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18676 / Num. obs: 18582 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.589 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IN0

2in0


解像度: 2.7008→45.993 Å / SU ML: 0.42 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 908 5.09 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
all0.1828 18582 --
obs0.1828 17824 95.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.336 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0459 Å20 Å2-0 Å2
2--2.0459 Å20 Å2
3----4.0917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7008→45.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 63 125 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4513670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.281028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7008-2.870.38981190.29872225X-RAY DIFFRACTION76
2.87-3.09150.3391730.23752859X-RAY DIFFRACTION99
3.0915-3.40250.25711570.19342913X-RAY DIFFRACTION100
3.4025-3.89470.2031430.15272958X-RAY DIFFRACTION100
3.8947-4.9060.18061630.13432938X-RAY DIFFRACTION99
4.906-45.99970.1991530.19243023X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.1485 Å / Origin y: 49.9247 Å / Origin z: 10.9033 Å
111213212223313233
T0.0983 Å20.0457 Å2-0.0153 Å2-0.1361 Å20.0222 Å2--0.1273 Å2
L0.905 °2-0.5295 °2-1.052 °2-0.8208 °20.8253 °2--1.3241 °2
S0.0402 Å °0.0265 Å °0.0045 Å °-0.046 Å °-0.0428 Å °-0.0184 Å °0.0598 Å °-0.0623 Å °0.0282 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る