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万見
- PDB-4o1p: Crystal Structure of RNase L in complex with 2-5A and AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1p
タイトルCrystal Structure of RNase L in complex with 2-5A and AMP-PNP
要素Ribonuclease L
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / ankyrin repeat-kinase-RNAse / RNA cleavage / 2-5A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral genome replication / RNA nuclease activity / mRNA processing / defense response to virus / protein kinase activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNase L, RNase domain / KEN domain / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / de novo design (two linked rop proteins) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat ...RNase L, RNase domain / KEN domain / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / de novo design (two linked rop proteins) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-25L / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Ribonuclease L
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, H. / Zeqiraj, E. / Ceccarelli, D.F. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Dimeric structure of pseudokinase RNase L bound to 2-5A reveals a basis for interferon-induced antiviral activity.
著者: Huang, H. / Zeqiraj, E. / Dong, B. / Jha, B.K. / Duffy, N.M. / Orlicky, S. / Thevakumaran, N. / Talukdar, M. / Pillon, M.C. / Ceccarelli, D.F. / Wan, L.C. / Juang, Y.C. / Mao, D.Y. / Gaughan, ...著者: Huang, H. / Zeqiraj, E. / Dong, B. / Jha, B.K. / Duffy, N.M. / Orlicky, S. / Thevakumaran, N. / Talukdar, M. / Pillon, M.C. / Ceccarelli, D.F. / Wan, L.C. / Juang, Y.C. / Mao, D.Y. / Gaughan, C. / Brinton, M.A. / Perelygin, A.A. / Kourinov, I. / Guarne, A. / Silverman, R.H. / Sicheri, F.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease L
B: Ribonuclease L
C: Ribonuclease L
D: Ribonuclease L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,19320
ポリマ－325,3114
非ポリマー6,88216
水18,5551030
1
A: Ribonuclease L
B: Ribonuclease L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,09610
ポリマ－162,6562
非ポリマー3,4418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area58630 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease L
D: Ribonuclease L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,09610
ポリマ－162,6562
非ポリマー3,4418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area58570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.197, 267.392, 110.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 729 / Label seq-ID: 7 - 714

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Ribonuclease L


分子量: 81327.836 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-732 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: RNASEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H025
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-25L / [[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / 2'-5'-oligoadenylate trimer / 2′-O-[2′-O-(5′-アデニリル)-5′-アデニリル]アデノシン5′-三りん酸


分子量: 1165.593 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H40N15O25P5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1030 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 18% PEG2000, 100 mM NaCl, and 100 mM SPG buffer, pH 7. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.773
11h,-k,-l20.227
反射解像度: 2.5→59.2 Å / Num. obs: 106347 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7277 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: PDB ENTRY 4G8K

4g8k


解像度: 2.5→59.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.961 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.6 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23107 5725 5.1 %RANDOM
Rwork0.19568 ---
obs0.1975 106347 95.67 %-
all-111125 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.95 Å20 Å21.86 Å2
2---18.36 Å20 Å2
3---15.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21367 0 432 1030 22829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01922220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0220975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.98230092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8323.00148204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39452666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04424.7121112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.195153934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.38615152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0225018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6955.10210724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6925.10110723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3577.63813370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3577.63813371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7895.33611496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7885.33611490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6167.88516713
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.06947.46693506
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.06547.47993190
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A427870.04
12B427870.04
21A430520.03
22C430520.03
31A425260.04
32D425260.04
41B429760.02
42C429760.02
51B428440.03
52D428440.03
61C426870.03
62D426870.03
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 403 -
Rwork0.273 7277 -
obs--88.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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