[日本語] English
万見
- PDB-4o0k: Crystal structure of 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o0k
タイトルCrystal structure of 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis with covalently bound substrate
要素Dihydrodipicolinate synthetase
キーワードLYASE / SSGCID / Brucella melitensis / pyruvate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrodipicolinate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis with covalently bound substrate
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D. / Edwards, T.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8533
ポリマ－35,7291
非ポリマー1242
水7,332407
1
A: Dihydrodipicolinate synthetase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,11818
ポリマ－214,3736
非ポリマー74512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area17150 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area63720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.280, 95.280, 125.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-792-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthetase


分子量: 35728.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: biotype 2 (strain ATCC 23457) / 遺伝子: BMEA_B0240 / プラスミド: BrmeB.01563.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0RKH4, EC: 3.5.4.22
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: EmeraldBio MCSG1 screen, a11: 10% PEG 4000, 200mM MgCl2, 100mM MES/NaOH; crystals soaked over night with 20mM pyruvate; cryo 20% EG; BrmeB.01563.a.B1.PS01874 at 19.3mg/ml, tray 247709a11, ...詳細: EmeraldBio MCSG1 screen, a11: 10% PEG 4000, 200mM MgCl2, 100mM MES/NaOH; crystals soaked over night with 20mM pyruvate; cryo 20% EG; BrmeB.01563.a.B1.PS01874 at 19.3mg/ml, tray 247709a11, puck amw3-4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 54227 / Num. obs: 54188 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.908 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.11
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.540.5184.142837839291100
1.54-1.580.4135.072756938171100
1.58-1.630.3286.31271403752199.9
1.63-1.680.2677.49263433636199.9
1.68-1.730.2328.52553835191100
1.73-1.790.1910.012492534291100
1.79-1.860.15511.95238623279199.9
1.86-1.940.12414.212323231931100
1.94-2.020.10117.112220730571100
2.02-2.120.08519.882133029371100
2.12-2.240.07422.592039128031100
2.24-2.370.06724.691922826541100
2.37-2.540.06226.551807925051100
2.54-2.740.05928.41675723331100
2.74-30.05331.111558121801100
3-3.350.05133.361402919751100
3.35-3.870.04835.64124111753199.9
3.87-4.740.04636.64105481517199.9
4.74-6.710.04735.7581101204199.8
6.71-500.04734.354270716197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4mpq

4mpq


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1804 / WRfactor Rwork: 0.1583 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8888 / SU B: 2.203 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.066 / SU Rfree: 0.0648 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 2729 5 %RANDOM
Rwork0.1583 ---
obs0.1593 54187 99.92 %-
all-54227 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.81 Å2 / Biso mean: 20.0484 Å2 / Biso min: 10.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2435 0 8 407 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9573579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8722.9985769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.665355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05623.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4715417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9761517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9781.2221330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9651.221329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5271.8251664
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 205 -
Rwork0.199 3717 -
all-3922 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.584 Å / Origin y: 31.321 Å / Origin z: 12.678 Å
111213212223313233
T0.0487 Å2-0.0002 Å20.0177 Å2-0.0305 Å2-0.0126 Å2--0.0148 Å2
L0.2546 °20.0424 °2-0.0357 °2-0.5651 °2-0.3457 °2--0.4623 °2
S-0.0173 Å °0.0002 Å °-0.0258 Å °-0.0125 Å °-0.0256 Å °-0.0265 Å °0.0502 Å °0.0005 Å °0.0429 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 320
2X-RAY DIFFRACTION1A400 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 907

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る