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万見
- PDB-1rxx: Structure of arginine deiminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxx
タイトルStructure of arginine deiminase
要素Arginine deiminase
キーワードHYDROLASE / arginine degradation pathway / L-arginine deiminase / catalytic mechanism / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine deiminase / arginine deiminase activity / L-arginine deiminase pathway / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentein / Arginine deiminase / Arginine deiminase / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Galkin, A. / Kulakova, L. / Sarikaya, E. / Lim, K. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural insight into arginine degradation by arginine deiminase, an antibacterial and parasite drug target.
著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Sarikaya, E. / Lim, K. / Howard, A. / Herzberg, O.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine deiminase
B: Arginine deiminase
C: Arginine deiminase
D: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,1564
ポリマ－189,1564
非ポリマー00
水8,863492
1
A: Arginine deiminase
B: Arginine deiminase

A: Arginine deiminase
B: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,1564
ポリマ－189,1564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
手法PQS
2
C: Arginine deiminase
D: Arginine deiminase

C: Arginine deiminase
D: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,1564
ポリマ－189,1564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PQS
3
D: Arginine deiminase

D: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5782
ポリマ－94,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
4
A: Arginine deiminase

B: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5782
ポリマ－94,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
5
C: Arginine deiminase

C: Arginine deiminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5782
ポリマ－94,5782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.900, 114.900, 300.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the molecules A and B in the asymmetric unit by the operations: Y, X, -Z / The biological assembly is a tetramer generated from the molecules C and D in the asymmetric unit by the operations: -Y, -X, -Z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Arginine deiminase / ADI / Arginine dihydrolase / AD


分子量: 47289.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ARCA, PA5171 / プラスミド: PET100-ADIH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P13981, arginine deiminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 33% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 6% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), and 4% acetone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1droppH7.5
20.1 M1dropNaCl
333 %MPD1reservoir
46 %PEG33501reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH7.6
64 %acetone1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.98400, 0.96788, 0.97925, 0.97939
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月30日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal system / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9841
20.967881
30.979251
40.979391
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 74771 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.416 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 829494
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.45→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3802 -random
Rwork0.198 ---
all-74771 --
obs-74675 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12695 0 0 492 13187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.47 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.344 73
Rwork0.281 -
obs-1380
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 73248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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