PDB-4o00: Crystal structure of the Titin A-band domain A3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o00

タイトル

Crystal structure of the Titin A-band domain A3

要素

Titin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / beta barrel / fibronectin-3 domain / myosin-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.853 Å

データ登録者

Rees, M.J. / Gautel, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Titin A-band domain A3
著者: Gautel, M. / Rees, M.J.

履歴

登録	2013年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o00.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o00.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o00_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o00_full_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示
XML形式データ	4o00_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	4o00_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/4o00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/4o00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lpwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fm8-3 4mli-1 1u2h-d 3dar-2 5joe-d 3lrg-1 4mls-d 5aea-2 6c6m-3 5fm4-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (11) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

23 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Titin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Titin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.349, 63.447, 65.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	6792 - 6893
2	1	1	chain B	B	6792 - 6895

#1: タンパク質	Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 11508.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M SPG buffer, 0.01M Tris-HCl, 31% PEG1500, 50mM NaCl, 1mM DTT, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.541 Å

検出器

タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→21.15 Å / Num. all: 16016 / Num. obs: 15827 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.853-1.969	1	94
3.362-20.703	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrysalisPro	PRO	データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LPW RESIDUES 99-197

3lpw

解像度: 1.853→20.702 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	788	4.99 %
R_work	0.1667	-	-
obs	0.1687	15789	98.82 %
all	-	16016	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.715 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.853→20.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1593	0	0	335	1928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.833	2242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.831	644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	297

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	922	X-RAY DIFFRACTION	5.691	TORSIONAL
1	2	B	922	X-RAY DIFFRACTION	5.691	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8525-1.9685	0.2663	133	0.2218	2343	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9685-2.1203	0.2221	130	0.184	2451	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1203-2.3334	0.2341	131	0.1631	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3334-2.6705	0.2021	134	0.1744	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6705-3.3622	0.1899	132	0.1621	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3622-20.7033	0.1862	128	0.1472	2667	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4248	-0.213	1.8937	3.955	-0.7044	6.4659	-0.1053	-0.4662	0.3815	0.3421	-0.2022	-0.311	-0.2306	0.27	-0.0527	0.126	-0.0271	0.0439	0.072	0.0254	0.1086	-73.4088	75.4985	5.3782
2	2.9187	0.6443	0.5513	1.9254	0.0766	0.8968	0.0062	0.2014	-0.163	-0.2119	0.0313	-0.1461	0.0232	0.0989	-0.0406	0.0798	0.0045	0.0217	0.056	-0.011	0.06	-81.2885	67.7796	-2.8301
3	4.3062	-2.7736	1.7018	3.2217	-1.5011	0.8322	-0.0745	-0.4495	-0.3601	0.2179	0.2096	0.5602	-0.1577	-0.1721	-0.0554	0.1166	0.0539	0.003	0.1206	0.0093	0.1212	-94.2823	73.4927	4.5212
4	1.3107	0.0051	0.2538	3.0186	-0.6349	2.5719	-0.126	0.014	-0.1313	0.1088	0.0317	0.0178	0.0838	-0.0707	-0.0314	0.0506	-0.0076	-0.0055	0.0515	0.0055	0.0709	-84.9262	63.7594	3.9477
5	1.4935	-0.1898	0.2968	2.1142	0.1665	2.0378	-0.0273	-0.0797	-0.0947	-0.1819	-0.0277	0.3511	-0.0349	-0.2477	-0.0062	0.0813	0.0097	-0.0008	0.0508	-0.0003	0.1083	-92.1076	68.8105	0.693
6	3.1432	0.072	1.5547	2.1547	0.1645	2.8768	-0.0743	0.0792	0.3023	0.0228	-0.0537	0.0443	-0.1868	0.1751	0.0462	0.0748	-0.0051	0.0378	0.0502	-0.011	0.0398	-84.0647	74.5222	1.6845
7	2.2323	1.2314	0.8588	0.7264	0.8261	2.9137	-0.0644	0.7394	-0.0143	-0.165	-0.0323	0.0378	0.028	-0.5462	-0.6868	0.219	0.0422	-0.3326	0.3228	-0.0273	0.3392	-100.317	65.5254	-12.842
8	4.2551	0.7543	-1.6622	1.4732	-1.0907	1.4703	0.0726	-0.1328	-0.1206	0.0497	-0.1063	-0.0222	-0.0465	0.1066	0.0107	0.0769	-0.0055	-0.0041	0.0625	-0.0121	0.0155	-79.4664	45.2017	9.4667
9	2.3598	0.2449	-0.4382	0.3034	0.2211	1.1962	-0.1798	-0.1985	-0.1172	-0.0759	0.0188	-0.1009	0	0.2779	-0.1609	0.0381	-0.0045	-0.0169	0.0911	0.0171	0.0536	-71.6918	47.8837	10.6866
10	4.5249	1.6038	2.8854	2.0789	1.2557	3.5273	-0.0261	-0.3566	0.3014	0.1267	-0.2402	0.2017	-0.0689	-0.308	0.0305	0.0793	-0.0059	-0.0015	0.0711	0.0126	0.0856	-88.0323	53.0621	8.8083
11	1.4855	1.029	-0.3556	2.1063	-0.2929	0.1111	0.0751	-0.2265	0.0642	0.2433	-0.038	-0.1083	-0.1042	0.0887	0.095	0.0711	-0.0072	-0.0023	0.1478	0.0124	0.0974	-78.5977	48.5499	17.8896
12	0.7789	-0.0308	0.0787	1.3804	-0.4885	1.5966	-0.2342	-0.0635	0.2073	0.0894	0.2494	0.2219	-0.2232	-0.4143	-0.0485	0.0346	-0.0088	0.0025	0.0549	-0.0029	0.0798	-88.005	47.9858	10.0154
13	3.7993	2.1822	0.3132	3.2276	-0.1489	1.6784	-0.0867	0.416	0.0947	-0.2293	0.2272	-0.4751	-0.1039	0.01	0.0699	0.0516	-0.0102	0.0025	0.0451	0.0054	0.1279	-73.8942	54.395	4.8652
14	1.328	0.6766	-0.1217	0.3648	-0.1028	0.5567	-0.0289	0.0377	-0.0507	0.0213	0.0843	0.0861	0.0404	-0.3201	0.0504	0.0797	-0.0251	-0.0127	0.1337	0.0245	0.1185	-93.042	36.7398	10.6017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 85 through 99 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 100 through 104 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 21 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 22 through 40 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 41 through 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 58 through 67 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 68 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 85 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 106 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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