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- PDB-4nzw: Crystal Structure of STK25-MO25 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzw
タイトルCrystal Structure of STK25-MO25 Complex
要素
  • Calcium-binding protein 39
  • Serine/threonine-protein kinase 25
キーワードTRANSFERASE ACTIVATOR/TRANSFERASE / scafolding protein / Ser/Thr protein kinase / TRANSFERASE ACTIVATOR-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / Golgi reassembly / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / cellular hypotonic response / response to thyroid hormone ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / Golgi reassembly / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / cellular hypotonic response / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase activator activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / axonogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / response to activity / Z disc / kinase binding / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Mo25-like / Mo25-like / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Mo25-like / Mo25-like / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J60 / Serine/threonine-protein kinase 25 / Calcium-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.583 Å
データ登録者Feng, M. / Hao, Q. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into regulatory mechanisms of MO25-mediated kinase activation.
著者: Hao, Q. / Feng, M. / Shi, Z. / Li, C. / Chen, M. / Wang, W. / Zhang, M. / Jiao, S. / Zhou, Z.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein 39
B: Serine/threonine-protein kinase 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7853
ポリマ－72,3702
非ポリマー4151
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.718, 116.718, 126.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein 39 / MO25alpha / Protein Mo25


分子量: 38665.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAB39, CGI-66, MO25 / プラスミド: pET28a-HisTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y376
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 25 / Ste20-like kinase / Sterile 20/oxidant stress-response kinase 1 / SOK-1 / Ste20/oxidant stress ...Ste20-like kinase / Sterile 20/oxidant stress-response kinase 1 / SOK-1 / Ste20/oxidant stress response kinase 1


分子量: 33704.703 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, UNP RESIDUES 1-293 / Mutation: D158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOK1, STK25, YSK1 / プラスミド: pET28a-HisTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O00506, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-J60 / 5-[(E)-(5-CHLORO-2-OXO-1,2-DIHYDRO-3H-INDOL-3-YLIDENE)METHYL]-N-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-2,4-DIMETHYL-1H-PYRROLE-3-CARBOXAMIDE / SU-11652


分子量: 414.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27ClN4O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH 7.0, 1M SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.583→50 Å / Num. all: 10784 / Num. obs: 10753 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / % possible all: 98.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XIK, 1UPL

2xik

1upl


解像度: 3.583→40.299 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2752 1065 9.9 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
all0.2141 ---
obs0.2141 10753 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.583→40.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4689 0 29 0 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8086484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3541831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002816
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5826-3.74560.31041300.2502115999
3.7456-3.94290.29451350.221173100
3.9429-4.18970.30411270.21461196100
4.1897-4.51280.27331360.1891194100
4.5128-4.96620.26041310.17891196100
4.9662-5.68310.25841290.19881224100
5.6831-7.15350.32121360.23871226100
7.1535-40.30130.25091410.20211320100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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