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- PDB-4nzd: Interleukin 21 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzd
タイトルInterleukin 21 receptor
要素Interleukin-21 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Fibronectine III domain / Interleukin 21 / Glycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-21 receptor activity / Interleukin-21 signaling / natural killer cell activation / cytokine receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / external side of plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / L(+)-TARTARIC ACID / Interleukin-21 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Hamming, O.T. / Kang, L. / Siupka, P. / Gad, H.H. / Hartmann, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Interleukin 21 receptor structure and function
著者: Hamming, O.T. / Kang, L. / Siupka, P. / Gad, H.H. / Hartmann, R.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-21 receptor
B: Interleukin-21 receptor
C: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,59629
ポリマ－76,3543
非ポリマー4,24226
水2,846158
1
A: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,03712
ポリマ－25,4511
非ポリマー1,58611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8549
ポリマ－25,4511
非ポリマー1,4028
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7058
ポリマ－25,4511
非ポリマー1,2547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子

A: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子

B: Interleukin-21 receptor
C: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子

B: Interleukin-21 receptor
C: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,19258
ポリマ－152,7086
非ポリマー8,48452
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_564-x+1/2,-y+3/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area39290 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area65100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.330, 125.260, 178.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Interleukin-21 receptor / IL-21 receptor / IL-21R / Novel interleukin receptor


分子量: 25451.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21R, NILR, UNQ3121/PRO10273 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 cells / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBE5

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 178分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.57 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5 mg/ml Protein in 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, pH7.5 Crystalized in 1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 3% W/V Peg5000 and 0.1 M tris Ph 8.5. Drops were 1:1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→29.78 Å / Num. all: 33646 / Num. obs: 33261 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→29.778 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 1999 6.01 %5 percent of data
Rwork0.2386 ---
obs0.2407 33241 98.9 %-
all-33261 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5069 0 263 158 5490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1427510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8562044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004933
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.81870.38721410.2872194X-RAY DIFFRACTION99
2.8187-2.89480.37211410.27752214X-RAY DIFFRACTION100
2.8948-2.97990.33131430.25822235X-RAY DIFFRACTION100
2.9799-3.0760.3371440.25732245X-RAY DIFFRACTION100
3.076-3.18590.29471400.25442199X-RAY DIFFRACTION99
3.1859-3.31320.32321430.24232237X-RAY DIFFRACTION100
3.3132-3.46380.33711420.31182207X-RAY DIFFRACTION99
3.4638-3.64610.30261370.27832130X-RAY DIFFRACTION95
3.6461-3.87410.40611380.3432163X-RAY DIFFRACTION97
3.8741-4.17250.33331410.28712221X-RAY DIFFRACTION99
4.1725-4.5910.22451460.18822277X-RAY DIFFRACTION100
4.591-5.25220.17791450.14892261X-RAY DIFFRACTION100
5.2522-6.60530.17231470.1662300X-RAY DIFFRACTION100
6.6053-29.780.17751510.1892359X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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