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- PDB-4nxj: Crystal Structure of PF3D7_1475600, a bromodomain from Plasmodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nxj
タイトルCrystal Structure of PF3D7_1475600, a bromodomain from Plasmodium Falciparum
要素Bromodomain protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Knapp, S. / Fonseca, M. / Brennan, P.E. / Dong, A. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Knapp, S. / Fonseca, M. / Brennan, P.E. / Dong, A. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of PF3D7_1475600, a bromodomain from Plasmodium Falciparum
著者: Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Knapp, S. / Fonseca, M. / Brennan, P.E. / Dong, A. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain protein
B: Bromodomain protein
C: Bromodomain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2983
ポリマ－43,2983
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Bromodomain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4331
ポリマ－14,4331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4331
ポリマ－14,4331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4331
ポリマ－14,4331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.240, 41.352, 107.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain protein


分子量: 14432.708 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 8-125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF14_0724 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IK82
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.3 M KAcetate, pH 7.5, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→35.75 Å / Num. all: 19612 / Num. obs: 18730 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 36.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.18-2.251.30.3573.13938130766
9-35.751.80.02136.698930698.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.8データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FFAS03 model of 3g0l

3g0l


解像度: 2.18→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8693 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 959 5.12 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
all0.2051 19180 --
obs0.2051 18719 97.59 %-
原子変位パラメータBiso max: 118.51 Å2 / Biso mean: 36.5454 Å2 / Biso min: 7.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2704 Å20 Å2-2.2894 Å2
2--8.397 Å20 Å2
3----8.6674 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2952 0 0 154 3106
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1104SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes422HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3066HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion409SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3942SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3066HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4160HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.34
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.31 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3428 154 5.8 %
Rwork0.2852 2503 -
all0.2885 2657 -
obs--97.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2016-0.990.74042.5201-1.28822.2516-0.1078-0.24830.20840.06320.0744-0.09730.0735-0.03680.0334-0.06380.0282-0.02450.0413-0.0217-0.156348.60450.856146.1529
22.87650.7891-0.14821.53020.21222.0655-0.0578-0.1283-0.1442-0.0063-0.0406-0.0552-0.03450.07640.0984-0.0946-0.02430.0845-0.0129-0.0044-0.082241.71587.276673.2152
31.81610.1808-1.03482.29690.29351.7746-0.05340.1148-0.2172-0.1892-0.02790.0315-0.00280.05490.0814-0.12250.01820.00020.0334-0.0172-0.064448.38560.8165104.8686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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