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- PDB-4nxf: Crystal structure of iLOV-I486(2LT) at pH 8.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nxf
タイトルCrystal structure of iLOV-I486(2LT) at pH 8.0
要素Phototropin-2
キーワードFLAVOPROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN / FMN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast relocation / : / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plastid / circadian rhythm / FMN binding / kinase activity ...chloroplast relocation / : / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plastid / circadian rhythm / FMN binding / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.766 Å
データ登録者Wang, J. / Liu, X. / Li, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Significant expansion of fluorescent protein sensing ability through the genetic incorporation of superior photo-induced electron-transfer quenchers.
著者: Liu, X. / Jiang, L. / Li, J. / Wang, L. / Yu, Y. / Zhou, Q. / Lv, X. / Gong, W. / Lu, Y. / Wang, J.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phototropin-2
B: Phototropin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8524
ポリマ－27,9392
非ポリマー9132
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.233, 64.897, 49.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phototropin-2 / Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / AtKin7 ...Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / AtKin7 / NPH1-like protein 1


分子量: 13969.408 Da / 分子数: 2 / 断片: LOV DOMAIN, UNP Residues 388-496 / 変異: S394T, S409G, I452T, F470L, M475V, I486Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHOT2, CAV1, KIN7, NPL1, At5g58140, K21L19.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P93025, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES C426A IS MUTAGENESIS ACCORDING TO DATABASE P93025.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein sample (20-30 mg/ml) in 20mM Tris, pH 8.0, 50mM NaCl, equal volume of reservoir solution (0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.0, 16% w/v Polyethylene glycol 10000), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: protein sample (20-30 mg/ml) in 20mM Tris, pH 8.0, 50mM NaCl, equal volume of reservoir solution (0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.0, 16% w/v Polyethylene glycol 10000), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0 K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.766→50 Å / Num. all: 22542 / Num. obs: 21167 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.766→1.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique all: 1066 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EES

4ees


解像度: 1.766→24.203 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8606 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1053 5.07 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
all0.1989 22572 --
obs0.1974 20782 92.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.74 Å2 / Biso mean: 24.1841 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.766→24.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 62 108 1902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2382489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.662695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7659-1.84620.2321280.2026224084
1.8462-1.94350.25221160.1832264399
1.9435-2.06520.23371430.1793266199
2.0652-2.22450.20131270.1783264099
2.2245-2.44820.23851400.1841263098
2.4482-2.8020.23171490.1945259597
2.802-3.52850.21991310.2089237989
3.5285-24.20530.22191190.2095194172
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.5914 Å / Origin y: -2.4953 Å / Origin z: 60.3517 Å
111213212223313233
T0.1315 Å20.0021 Å20.0115 Å2-0.12 Å2-0.0119 Å2--0.1587 Å2
L0.6643 °20.012 °20.4849 °2-0.6375 °2-0.1731 °2--1.7441 °2
S0.0002 Å °0.0068 Å °-0.0411 Å °-0.0075 Å °-0.0192 Å °0.0145 Å °0.0202 Å °0.0409 Å °0.0077 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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