PDB-4nwi: Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nwi

タイトル

Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bound to cytidine

要素

7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

キーワード

HYDROLASE / Rossmannoid fold / 5'-nucleotidase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside monophosphate catabolic process / guanosine-containing compound catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Pyrimidine catabolism / nucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Monecke, T. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of the Novel Cytosolic 5'-Nucleotidase IIIB Explain Its Preference for m7GMP
著者: Monecke, T. / Buschmann, J. / Neumann, P. / Wahle, E. / Ficner, R.

履歴

登録	2013年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nwi.cif.gz	257.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nwi.ent.gz	207.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nwi_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nwi_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	4nwi_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	4nwi_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nv0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m13-4 5fax-2 6ac9-1 5fax-1 3q45-9 5oye-2 6cnx-1 6cqh-1 6cfm-1 1el7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.600, 99.350, 72.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase CG3362 分子量: 36338.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3362 / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q9W197, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン分子量: 243.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₅
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 26% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.1
反射	解像度: 2.05→35.88 Å / Num. all: 41616 / Num. obs: 40144 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.07
反射シェル	解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 5540 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NV0

4nv0

解像度: 2.05→35.875 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.7937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2459	2134	5.32 %	RANDOM
R_work	0.2281	-	-	-
all	0.2284	41616	-	-
obs	0.2284	40119	96.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.98 Å² / B_iso mean: 29.1924 Å² / B_iso min: 9.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	38	321	5131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	6697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.06	1827

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1013	0.3029	145	0.2837	2743	2888	92
2.1013-2.1581	0.2878	143	0.2693	2709	2852	92
2.1581-2.2216	0.2879	144	0.2584	2743	2887	92
2.2216-2.2933	0.2617	142	0.2585	2708	2850	92
2.2933-2.3752	0.2762	144	0.2553	2723	2867	92
2.3752-2.4703	0.2876	143	0.2516	2712	2855	92
2.4703-2.5827	0.2945	145	0.2467	2753	2898	92
2.5827-2.7188	0.2692	142	0.2405	2707	2849	92
2.7188-2.8891	0.2486	144	0.2411	2725	2869	92
2.8891-3.112	0.2551	144	0.2346	2738	2882	92
3.112-3.4249	0.2716	143	0.2171	2712	2855	92
3.4249-3.9199	0.2193	142	0.2016	2701	2843	91
3.9199-4.9362	0.1821	141	0.1835	2691	2832	90
4.9362-34.1593	0.2301	145	0.2211	2746	2891	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3705	-0.0881	0.098	3.0448	-1.6782	4.7744	-0.0966	0.2198	0.1132	0.2518	0.0677	-0.2251	-0.2879	0.042	0.003	0.18	-0.0058	-0.0065	0.1667	-0.0087	0.2989	-13.0742	8.8541	12.7363
2	0.6919	0.3634	-0.3601	1.5186	0.5529	0.7937	0.008	-0.0886	0.076	0.154	-0.0503	0.2211	-0.0266	0.039	0.0614	0.0869	0.0018	-0.0051	0.1816	0.0042	0.1468	-21.11	-2.1863	16.1728
3	1.9754	0.0845	0.7753	0.6469	-0.0019	1.1603	-0.1627	0.1838	-0.1958	-0.4453	0.0918	-0.4046	-0.3486	0.447	-0.0379	0.2496	-0.0623	0.0559	0.2509	0.0055	0.1974	-7.8309	-11.701	-9.9899
4	2.9523	-1.6323	-0.8558	3.3348	0.7719	1.8818	0.1153	0.1812	-0.1179	-0.814	0.0909	-0.3147	-0.2704	0.3959	-0.0648	0.616	0.032	0.026	0.384	-0.0124	0.2497	-17.0043	-12.5188	-22.9944
5	2.0638	0.1731	0.0348	1.6266	0.6014	1.5321	0.066	0.2187	-0.012	-0.4829	-0.0606	0.0422	-0.2356	-0.0908	0.0475	0.3087	-0.0039	0.0003	0.2251	0.0199	0.1543	-19.0066	-15.4226	-15.3421
6	0.442	0.1155	0.0123	1.659	0.8041	1.3398	-0.0238	0.0327	-0.0591	-0.0849	-0.0462	0.0815	0.0164	0.0038	0.0837	0.0918	0.0006	0.0097	0.1583	0.0105	0.1488	-18.5559	-15.3562	1.41
7	2.8829	0.1078	0.202	2.0762	0.3744	1.6372	-0.0143	0.1095	0.2179	-0.0948	0.0516	-0.0222	-0.2518	-0.0075	-0.0362	0.1369	-0.0169	-0.0129	0.1159	0.0014	0.1617	-14.829	1.1697	6.4356
8	3.8693	0.383	-1.0325	3.0874	-0.6116	4.2446	-0.3908	-0.1015	-0.0828	0.0723	0.1945	-0.2402	0.1686	0.1867	0.0812	0.122	0.0087	0.0029	0.1282	-0.0277	0.1785	-33.158	-13.7899	-48.8175
9	0.9341	0.3028	-0.7359	1.7589	0.5988	1.1237	0.0189	0.0019	0.0265	0.1665	0.0843	-0.1105	0.0504	-0.0245	-0.1391	0.08	0.0111	-0.0051	0.1309	-0.0192	0.1728	-37.5621	-0.9178	-45.5956
10	1.1229	0.3899	-0.1602	0.5593	-0.6833	0.9522	-0.0966	-0.0413	0.0211	0.3742	0.1578	-0.3382	-0.1232	0.265	0.3812	0.407	0.1356	-0.2238	0.3312	-0.1201	0.3757	-28.1118	13.2403	-20.692
11	1.1312	0.0101	-0.3157	0.6336	0.9151	2.3842	-0.1647	-0.0255	-0.0031	0.185	0.1822	-0.1056	0.1493	0.0242	0.2499	1.0788	0.0099	-0.0325	0.2959	-0.0196	0.2875	-39.4777	3.8053	-15.4158
12	0.9185	-0.4213	0.2591	2.9479	0.0122	0.1977	-0.1888	-0.0392	-0.0393	0.5808	0.2349	0.1195	0.1395	-0.1993	0.1281	0.6432	-0.0042	0.1562	0.2037	-0.009	0.2804	-43.2695	13.1836	-19.2719
13	0.2563	-0.5149	-0.4028	1.5179	0.9306	1.538	-0.0515	-0.1321	0.138	0.1329	0.1753	-0.178	-0.1348	0.2542	-0.0762	0.1411	0.0153	0.0022	0.1833	-0.0529	0.2441	-34.4556	13.5765	-34.9195
14	1.4646	-0.1655	0.9238	1.9236	-0.4595	2.1023	-0.0183	-0.1583	-0.0049	0.2624	0.0792	0.2253	-0.0018	-0.1838	-0.0481	0.1328	0.0048	0.0334	0.1714	-0.02	0.1802	-43.763	0.2676	-39.8084
15	1.7947	0.0198	-0.3335	2.3036	-0.5362	2.0961	0.0277	0.0779	0.2121	-0.0982	0.0881	-0.2818	0.1607	0.1973	-0.0377	0.0823	0.0007	0.0051	0.1602	-0.0533	0.1926	-31.7596	-2.1103	-50.5631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 13 THROUGH 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 32 THROUGH 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 55 THROUGH 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 104 THROUGH 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 146 THROUGH 260 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 261 THROUGH 310 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 13 THROUGH 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 65 THROUGH 89 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 90 THROUGH 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 112 THROUGH 135 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 136 THROUGH 220 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 221 THROUGH 282 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 283 THROUGH 312 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)