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Yorodumi- PDB-4nwi: Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bou... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nwi | ||||||
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Title | Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bound to cytidine | ||||||
Components | 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Rossmannoid fold / 5'-nucleotidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribonucleoside monophosphate catabolic process / guanosine-containing compound catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Pyrimidine catabolism / nucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process ...ribonucleoside monophosphate catabolic process / guanosine-containing compound catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Pyrimidine catabolism / nucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / dephosphorylation / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Monecke, T. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2014 Title: Crystal Structures of the Novel Cytosolic 5'-Nucleotidase IIIB Explain Its Preference for m7GMP Authors: Monecke, T. / Buschmann, J. / Neumann, P. / Wahle, E. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nwi.cif.gz | 257.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nwi.ent.gz | 207.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nwi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nwi_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nwi_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | Display | |
Data in XML | 4nwi_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4nwi_validation.cif.gz | 37.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4nv0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36338.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: CG3362 / Plasmid: pet24d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: Q9W197, 5'-nucleotidase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 26% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.1 |
Reflection | Resolution: 2.05→35.88 Å / Num. all: 41616 / Num. obs: 40144 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.07 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.15 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 5540 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NV0 Resolution: 2.05→35.875 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.7937 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.12 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.98 Å2 / Biso mean: 29.1924 Å2 / Biso min: 9.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→35.875 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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