PDB-4nux: Structure of receptor A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nux

タイトル

Structure of receptor A

要素

Interleukin-17 receptor A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SEFIR domain / cytokine / receptor / autoimmune inflammatory

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-17 receptor activity / granulocyte chemotaxis / Interleukin-17 signaling / T-helper 17 type immune response / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Zhang, B. / Han, Y. / Deng, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the unique SEFIR domain from human interleukin 17 receptor A reveals a composite ligand-binding site containing a conserved alpha-helix for Act1 binding and IL-17 signaling.
著者: Zhang, B. / Liu, C. / Qian, W. / Han, Y. / Li, X. / Deng, J.

履歴

登録	2013年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	2a70-1 2biq-d 5qul-1 5g4n-2 4rhf-d 1ex7-d 6si2-1 2a70-2 5quk-d 4wb3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Interleukin-17 receptor A

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.256, 136.130, 55.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Interleukin-17 receptor A / IL-17 receptor A / IL-17RA / CDw217 分子量: 24771.557 Da / 分子数: 1 / 断片: SEFIR domain (UNP residues 376-591) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RA, IL17R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96F46
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 5%PEG6000, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13265 / Num. obs: 13104 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	4.8	1.6	559	1	87.3
6.24-50	6.6	52.9	740	1	99.7
4.95-6.24	6.8	35.8	687	1	100
4.33-4.95	6.9	37.6	673	1	100
3.93-4.33	7.1	31.1	669	1	100
3.65-3.93	7.1	26.6	676	1	100
3.44-3.65	7.2	21.9	661	1	100
3.26-3.44	7.2	20.4	657	1	100
3.12-3.26	7.2	14.7	665	1	100
3-3.12	7.2	10.8	658	1	100
2.9-3	7.3	8.8	652	1	100
2.81-2.9	7.3	7.6	655	1	100
2.73-2.81	7.3	5.4	661	1	100
2.66-2.73	7.2	5	663	1	100
2.59-2.66	7.3	3.8	634	1	100
2.53-2.59	7.1	3.6	654	1	100
2.48-2.53	6.6	3	663	1	100
2.43-2.48	5.9	2.4	649	1	99.8
2.38-2.43	5.3	2	626	1	97.4
2.34-2.38	4.3	1.6	602	1	91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.295→33.264 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	1220	10.06 %	10%
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.1948	12124	91.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.582 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.407 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.3092 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.0979 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.295→33.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1579	0	0	54	1633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1612
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	2183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.285	586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	283

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2946-2.3864	0.3113	102	0.2404	928	X-RAY DIFFRACTION	71
2.3864-2.495	0.3048	130	0.2223	1083	X-RAY DIFFRACTION	84
2.495-2.6265	0.2833	134	0.2101	1168	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6265-2.791	0.2943	126	0.2161	1189	X-RAY DIFFRACTION	90
2.791-3.0064	0.2895	141	0.2201	1236	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0064-3.3086	0.2663	134	0.1924	1285	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3086-3.7868	0.2226	146	0.1745	1293	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7868-4.7688	0.1824	149	0.1476	1320	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7688-33.268	0.2152	158	0.1781	1402	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2169	-0.2651	0.6756	4.0827	-1.2924	0.5637	-0.5499	0.244	0.1826	-0.2648	0.4409	-0.1042	-0.1389	-0.4146	0.081	0.4058	0.1371	-0.1719	0.2352	0.0137	0.2659	38.2656	54.3339	27.6504
2	2.0154	0.5861	0.0416	1.1714	0.1385	0.0021	0.1936	-0.3139	0.0909	0.0253	-0.3115	-0.1535	0.2864	0.1623	0.0238	0.2025	0.0286	0.0153	0.238	0.0156	0.1097	49.8295	44.7101	39.1276
3	1.4406	0.5079	0.3513	1.5949	1.6809	2.0264	0.2001	-0.1984	0.2894	0.4806	-0.2503	0.3958	0.2135	-0.2771	-0.0091	0.139	0.0688	0.0078	0.1005	-0.0404	0.1087	41.9579	54.1829	36.539
4	2.4788	-1.1506	-2.2369	2.1001	-0.5945	4.2862	-0.3766	-0.8684	0.1199	0.3742	-0.0732	0.2263	0.0523	-1.3368	0.3929	0.3052	-0.0561	-0.0429	0.5798	0.033	0.408	34.8016	37.7007	34.7849
5	5.4377	0.0284	-1.4783	6.2409	-3.1559	2.073	-0.3574	1.0535	-0.8172	-0.0938	0.6699	0.2491	0.4438	-0.7925	-0.5711	0.1998	0.0387	-0.1376	0.4711	-0.0338	0.2982	37.3202	40.5098	25.1182
6	1.1752	0.9672	0.2352	2.1085	1.2024	1.1895	-0.5945	0.0503	0.1377	-0.5728	0.4421	0.1992	-0.7821	-0.3089	0.1977	0.4822	0.0839	-0.0342	0.2384	0.0565	0.2187	40.3637	50.7336	22.6003
7	3.6211	0.4964	-0.086	0.4766	-0.614	1.9046	0.0623	-0.3524	-0.4594	-0.0362	0.1202	-0.4857	0.328	0.0559	-0.0542	0.1586	0.0057	0.0661	0.1458	-0.0045	0.2064	57.2081	38.2146	28.6682
8	5.4235	-1.2888	1.7251	0.5908	0.2655	7.3039	0.2496	-0.5921	-1.4537	0.0821	-0.27	0.2325	0.6211	-0.1223	0.3338	0.1876	0.1247	0.0199	0.1502	-0.0671	0.2336	56.4978	30.1506	31.9596
9	3.3515	-1.4038	0.2882	6.8858	-2.7616	2.8889	0.479	0.4205	-0.1843	0.3344	-0.0141	0.1427	0.1576	0.0252	-0.3475	0.2444	0.0151	-0.0483	0.2082	0.0522	0.2198	48.3645	34.8782	37.6886
10	1.5226	-0.0328	-1.2415	1.4081	1.4291	2.3197	0.2767	0.46	-0.3148	0.0054	-0.1493	-0.2961	-0.5377	-0.3142	-0.0344	0.2514	0.0822	-0.0341	0.2579	-0.0347	0.1238	48.2834	40.9343	19.1642
11	1.4453	1.6969	1.3946	1.8928	1.3451	2.3718	-0.2194	0.212	0.1728	-0.3934	0.1255	-0.1765	-0.4357	0.3074	0.1189	0.1842	0.0468	-0.013	0.125	-0.024	0.1854	52.9383	51.0465	26.4911
12	1.5096	-0.4224	-1.2383	3.7017	0.0341	1.4083	0.2304	0.0635	-0.0412	-0.3375	-0.6506	0.1187	-0.0262	0.5425	0.3379	0.1788	0.0909	-0.0053	0.2068	-0.049	0.2666	59.2946	45.1478	26.2744
13	1.6142	-0.8796	1.6175	1.3769	0.2414	5.9372	-0.4698	0.3575	0.2568	-0.0124	-0.4768	-0.3123	-0.1733	0.7644	0.5268	0.3362	0.022	0.1209	0.2993	0.1415	0.21	56.5141	55.9925	27.718
14	4.0389	1.8691	2.718	5.2992	3.8848	8.3099	0.0604	-0.0757	0.7664	-0.9305	-1.0394	-0.3633	-2.1923	-0.1212	0.733	0.8505	0.0489	0.0247	0.1528	0.0633	0.2953	50.2476	62.8143	27.3409
15	3.6659	0.1979	-3.2961	0.6443	-0.6056	9.8303	-0.5098	0.3917	-0.2321	-0.7089	-0.1033	-0.5082	0.463	-0.5267	0.5863	0.3675	0.0468	0.1066	0.2071	0.0686	0.2565	44.8814	61.1834	23.4223
16	2.8603	0.2291	-0.2054	4.4087	1.5766	2.1874	0.4271	-0.6036	0.6123	0.6854	-0.2363	-1.114	0.5589	0.3946	-0.4851	0.3704	-0.036	0.1148	-0.0247	-0.0648	0.3359	52.526	65.6303	36.9091
17	1.8244	-0.2391	1.3542	1.8564	-1.2856	1.8252	-0.1884	-0.4791	0.5524	0.8965	0.0181	-0.4164	-0.6268	-0.0391	0.3362	0.2768	-0.0621	-0.0652	0.2087	-0.0426	0.107	53.7165	55.1098	45.1963
18	9.2244	6.672	-6.073	5.116	-4.3102	4.015	0.7888	-0.4729	0.2064	1.2402	-0.265	0.4634	0.1863	0.0052	-0.3308	0.2742	-0.0961	-0.1464	0.3083	0.0674	0.2528	62.8093	42.9893	47.9093
19	7.5492	-4.4085	-3.0786	4.8976	4.3806	4.1421	0.5745	-0.5337	-0.1536	-0.8185	1.0662	-0.8728	-0.1217	0.7197	-1.3322	0.3401	0.0623	0.0785	0.29	-0.037	0.3169	61.1949	37.0771	41.6224
20	3.2021	-2.2727	-1.1178	7.7099	5.7027	4.3592	0.4734	0.3923	0.6435	0.9636	-0.5551	-0.9653	1.6836	-0.3599	0.3398	0.3985	-0.0274	-0.0456	0.2017	0.0816	0.1948	56.2648	29.6189	40.8538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 376:381)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 382:396)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 397:414)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 415:425)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 426:434)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 435:445)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 446:460)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 461:467)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 468:478)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 479:493)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 494:507)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 508:517)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 518:529)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 530:534)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 535:539)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 540:560)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 561:576)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 577:582)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 583:586)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 587:591)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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