PDB-4nuw: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nuw

タイトル

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / uridine 5'-monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.591 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nuw.cif.gz	184.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nuw.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nuw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nuw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g18S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1x1z-d 3p61-d 3sec-1 2zz6-d 2zz3-d 3g1v-d 3g1f-2 3g1f-6 3qmt-d 3li1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.560, 64.239, 61.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24884.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: pyrF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, 0.2M AMMONIUM ACETATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.591→40.068 Å / Num. all: 56454 / Num. obs: 56454 / % possible obs: 99.74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.591→40.068 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1983	1745	3.09 %	RANDOM
R_work	0.1757	-	-	-
obs	0.1764	56454	99.74 %	-
all	-	56454	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.591→40.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3322	0	56	346	3724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	4707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.958	1305
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	533
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5905-1.6373	0.1925	145	0.1744	4435	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6373-1.6902	0.237	145	0.1817	4542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6902-1.7506	0.2344	138	0.1875	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7506-1.8207	0.2354	119	0.1921	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8207-1.9035	0.2133	147	0.1885	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9035-2.0039	0.2173	149	0.1814	4542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0039-2.1294	0.2067	156	0.1783	4570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1294-2.2938	0.1977	171	0.1725	4550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2938-2.5246	0.2002	142	0.1754	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5246-2.8899	0.2004	127	0.1779	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8899-3.6406	0.1916	160	0.1739	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6406-40.081	0.1664	146	0.1641	4647	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3751	0.178	1.2991	4.8487	-3.3694	4.247	-0.0368	-0.1601	0.0651	0.1398	-0.0358	-0.1957	-0.139	0.1325	0.0833	0.0798	0.0176	0.0159	0.1179	-0.0354	0.0934	4.2953	5.1989	72.0843
2	3.4956	0.3836	0.3743	2.4223	0.0641	1.1983	0.0267	-0.1559	0.0102	0.1139	-0.0467	-0.2333	-0.0813	0.198	0.0184	0.0872	-0.0157	-0.0051	0.115	0.0037	0.0812	-3.7913	5.8124	76.9041
3	4.5446	0.397	3.6471	2.5943	1.0189	4.6209	-0.1694	-0.4406	0.3262	0.1546	-0.0361	0.2945	-0.2004	-0.1184	0.1275	0.1102	0.0048	0.022	0.0812	-0.0364	0.1012	-19.7315	9.2752	78.6295
4	1.8769	0.6962	0.4122	1.9856	0.5783	1.5976	-0.0265	-0.0604	0.1805	0.0173	0.002	0.1405	-0.1348	0.0261	0.0287	0.0895	-0.0057	0.0005	0.0563	0.0174	0.0823	-16.5805	8.344	67.7225
5	2.1282	-0.519	0.4016	1.2615	-0.4254	0.8318	-0.0984	0.2997	0.1049	-0.106	0.0042	-0.0821	-0.035	0.1256	0.0756	0.1126	-0.0186	0.01	0.1219	0.0191	0.0825	-5.1399	7.1025	57.612
6	2.2723	0.6917	-0.2001	1.6428	-0.4191	2.3844	0.1056	-0.4956	-0.0353	0.2757	-0.1091	-0.0329	-0.0281	0.0402	-0.0265	0.1233	0.0013	-0.0059	0.1839	0.007	0.0783	-25.8103	-4.9832	89.1862
7	7.1152	3.7593	-1.2745	6.9751	-4.77	6.337	0.0214	-0.6927	0.0667	0.4398	-0.1194	-0.2288	0.1789	0.4009	0.0355	0.1705	-0.0031	-0.0467	0.183	0.0016	0.1072	-15.8307	-7.6051	91.9718
8	0.8208	0.1853	-0.4636	1.8112	-1.2781	5.1609	-0.0432	-0.1041	-0.0911	-0.0242	-0.0286	-0.1475	0.0752	0.1186	0.0645	0.0695	0.0061	-0.0101	0.0501	0.0127	0.0977	-15.4905	-8.669	74.6812
9	1.3477	0.3659	0.1987	1.349	-0.0544	1.9941	-0.0285	-0.0857	-0.2696	-0.0224	0.0175	-0.1404	0.2196	0.0777	-0.0236	0.0807	-0.0086	0.0162	0.057	0.0162	0.1298	-20.9778	-9.841	69.861
10	2.7575	-0.8347	-1.4604	2.3198	0.7224	2.1022	-0.011	0.1588	-0.0738	-0.0086	0.0245	0.0289	0.0984	-0.118	-0.0169	0.0694	-0.017	-0.0169	0.08	-0.0055	0.0663	-31.5434	-10.3783	65.4836
11	3.1767	-1.1232	-0.4148	4.3826	0.5353	2.5047	0.0111	-0.0419	-0.044	0.0243	0.0136	0.1809	0.1478	-0.181	0.0272	0.0645	-0.0216	-0.0013	0.0809	0.0114	0.0412	-34.3744	-8.9993	75.4342
12	1.7459	0.4719	0.5707	2.2697	0.3258	2.4028	0.0471	-0.1778	0.1159	0.1709	0.0226	0.1692	-0.0043	-0.1773	0.0003	0.0696	0.0131	0.0437	0.1002	-0.0023	0.0895	-36.4682	-4.1184	82.1384
13	1.5513	0.0968	2.2823	5.3701	4.8997	7.7079	0.29	-0.6131	-0.0158	0.5199	-0.4483	0.7514	0.4467	-0.6435	0.1094	0.2009	-0.0337	0.0964	0.3283	0.0081	0.2043	-41.8044	-7.5909	89.5962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 226 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 8 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 134 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 135 through 171 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 172 through 188 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 189 through 210 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 211 through 226 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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