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- PDB-4nub: Crystal structure of Escherichia coli ribosomal oxygenase YcfD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nub
タイトルCrystal structure of Escherichia coli ribosomal oxygenase YcfD
要素50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / jelly roll / cupin / beta-barrel / 2OG/Fe2+ dependent oxygenase / Ribosomal protein L-16
機能・相同性
機能・相同性情報


[50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / post-translational protein modification / ferrous iron binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase; Chain A, Domain 2 / ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing / JmjC domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase; Chain A, Domain 2 / ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing / JmjC domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosomal protein uL16 3-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Van staalduinen, L.M. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and Functional Analysis of YcfD, a Novel 2-Oxoglutarate/Fe(2+)-Dependent Oxygenase Involved in Translational Regulation in Escherichia coli.
著者: van Staalduinen, L.M. / Novakowski, S.K. / Jia, Z.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4823
ポリマ－44,3341
非ポリマー1482
水91951
1
A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9646
ポリマ－88,6682
非ポリマー2964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area6570 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area31550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.731, 75.731, 210.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase / Ribosomal oxygenase YcfD / ROX


分子量: 44333.980 Da / 分子数: 1 / 変異: E146A, K147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1128, JW1114, ycfD / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 DE3
参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 3.6% PEG 4000, 30% Glycerol, 0.07M sodium acetate, 0.5 uL of 1/10 dilution of seed solution, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97913, 0.97927, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979131
20.979271
30.918371
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 31993 / Num. obs: 31993 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.926 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 893 5.07 %Random
Rwork0.1781 ---
all0.1806 17671 --
obs0.1806 17602 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2872 0 7 51 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2184056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4411089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.86880.38781700.30752681X-RAY DIFFRACTION100
2.8688-3.08950.29741490.25982712X-RAY DIFFRACTION100
3.0895-3.39910.24441530.20352740X-RAY DIFFRACTION100
3.3991-3.88770.23521530.17832752X-RAY DIFFRACTION100
3.8877-4.88620.1831250.142845X-RAY DIFFRACTION100
4.8862-19.92660.19641430.15942979X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15480.0213-0.06310.38240.07130.60560.00680.01690.00960.08530.1747-0.0775-0.0689-0.46770.0670.15660.08220.02060.22720.03720.17733.913314.926584.3808
20.2007-0.11250.33710.0113-0.06430.2468-0.02350.0616-0.0254-0.05840.28240.108-0.17990.13050.09170.2324-0.1426-0.01380.2259-0.01290.2210.6204-0.965157.1806
30.13320.11310.01880.1787-0.05380.1563-0.13790.2331-0.0599-0.14470.2893-0.08120.1023-0.24150.2413-0.0802-0.3670.03670.0140.05180.205516.071324.290458.7946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 181 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 259 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 260 through 372 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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