PDB-4ntr: Crystal structure of macrocycles containing Abeta 17-23 (LVFFAED)...

登録	2013年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4ntr_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	4ntr_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	4ntr_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ntpSC 4nw8C 4nw9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ntp-d 2kde-d 2i3h-6 5jgl-d 1zoq-d 2i3h-5 5hpt-3 6lpi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

B: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

C: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

D: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

E: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

F: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

G: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

H: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

I: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

J: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

K: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

L: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

M: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

N: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

O: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

P: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V

ヘテロ分子

28.6 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.000, 68.000, 169.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVFFAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V 分子量: 1763.128 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6.75 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.75, 31% Jeffamine-M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34.36 Å / Num. obs: 31708 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / B_iso Wilson estimate: 24.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.04665 / Net I/σ(I): 12.63
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NTP

4ntp

解像度: 1.7→34.36 Å
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS parameters for each macrocycle.
σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1966	6.2 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.202	31685	98.7 %
all	-	31708	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1984	0	11	244	2239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	2688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	33.043	960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7003-1.7428	0.3011	125	0.2674	1999	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7428-1.7899	0.3231	144	0.2435	2173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7899-1.8426	0.3003	137	0.2383	2129	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8426-1.9021	0.2643	142	0.2246	2153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9021-1.97	0.2595	150	0.2129	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.0489	0.2133	152	0.1899	2148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0489-2.1421	0.1949	137	0.1908	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1421-2.2551	0.2127	134	0.1919	2133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.3963	0.2436	157	0.2024	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3963-2.5813	0.2514	146	0.2126	2118	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5813-2.8409	0.2676	141	0.2137	2160	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8409-3.2518	0.2481	127	0.1964	2119	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2518-4.0958	0.2194	127	0.1888	2122	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0958-34.3707	0.1788	147	0.1904	2061	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6349	4.1301	-0.2983	8.5214	-4.4345	4.523	0.312	0.3033	0.458	0.2115	0.3214	0.4784	0.2715	-0.9498	-0.7611	0.2748	0.0162	-0.0279	0.156	0.0405	0.3217	-6.576	64.8543	-4.5935
2	6.4763	4.5865	5.2114	9.6297	6.7704	9.447	0.0114	0.605	-0.0464	-0.1026	0.0756	-0.5332	-0.3335	0.7441	-0.0503	0.2915	-0.0327	-0.0731	0.189	0.0336	0.2918	5.4303	64.0535	-7.2718
3	4.5802	-5.4431	3.0514	8.2474	-3.4934	4.9995	-0.8652	-0.3237	0.119	1.3042	0.4286	-0.2288	-0.7021	0.5213	0.4712	0.43	-0.0269	-0.082	0.2634	0.04	0.3512	1.792	67.881	3.7616
4	6.5227	-0.9989	5.722	5.6602	-1.1912	4.9637	-0.0676	-0.293	-0.0915	0.2389	0.1046	0.2733	-0.3492	-0.5356	-0.1356	0.2812	0.0272	-0.0339	0.1893	0.0032	0.2258	-7.018	52.7179	4.385
5	3.6296	3.5585	-0.3842	4.2526	-1.4141	8.2174	-0.3471	-0.0025	-0.058	-0.2192	0.0168	-0.2941	-0.1065	0.4956	0.4237	0.2656	0.0396	-0.0279	0.154	0.0151	0.2831	1.6808	49.7905	-3.5319
6	4.0107	-2.2755	-4.6082	9.1711	3.9292	8.0458	-0.3307	-0.5166	0.6138	0.9028	0.3205	-0.3646	-0.1402	0.4722	-0.0441	0.3078	-0.0098	-0.1061	0.1904	-0.0197	0.2345	4.7709	53.8919	7.3537
7	6.5084	-0.3474	3.0106	4.5424	4.4782	6.2504	-0.011	0.1392	0.1233	-0.3765	-0.0298	-0.2551	-1.1163	-0.0476	-0.0248	0.2663	0.0469	-0.0017	0.1926	-0.014	0.2271	-8.1497	52.0655	-25.7071
8	8.2526	6.1997	5.065	4.7116	3.8559	8.5596	-0.2157	-0.6665	0.5554	-0.2434	-0.3802	0.363	-0.0665	-0.4613	0.635	0.2051	0.0773	-0.0143	0.2056	-0.0287	0.2934	-7.648	45.5493	-19.0952
9	5.517	4.6765	-1.3685	4.93	-0.2743	3.6405	-0.2832	-1.253	-1.4013	-0.5961	-0.3193	-0.054	0.864	-0.1833	0.7942	0.388	0.0122	0.0184	0.3139	-0.0148	0.4091	-12.5219	40.2965	-16.2879
10	7.7492	-3.4217	2.6169	5.7381	-5.0414	5.2874	0.3799	0.6073	-0.015	-0.7763	-0.3794	0.9379	0.5855	-0.2529	-0.0509	0.2373	0.063	-0.0466	0.2831	-0.0437	0.2475	-15.0819	42.4431	-28.6399
11	5.5505	0.4114	-2.1885	7.9594	-5.9846	5.5145	0.3716	-0.3128	0.3557	0.1455	0.1242	0.2265	0.007	1.0621	-0.2425	0.1529	0.0628	-0.0175	0.2619	-0.0484	0.261	-20.5046	55.6652	-14.1672
12	4.1006	0.3522	-0.7034	4.2666	-4.7625	8.3459	1.2806	0.1631	1.3315	0.0848	0.2903	0.3003	-1.4439	0.9137	-0.9697	0.363	0.0832	0.0795	0.3811	-0.0035	0.4199	-17.07	60.1442	-19.5364
13	7.2337	1.3895	-1.2246	3.1434	0.6351	8.1465	0.4424	0.3185	-0.0839	-0.7842	-0.8212	0.1585	0.115	-0.6915	0.3579	0.2311	0.0788	-0.0096	0.391	-0.0928	0.2823	-25.6654	52.0182	-25.0519
14	5.4005	-1.4857	6.878	4.5617	-0.2707	9.1675	-0.0655	-0.2885	-0.2347	0.3614	-0.0207	0.3606	0.2641	-0.5086	0.0681	0.2193	0.0253	0.012	0.307	-0.0863	0.2736	-24.1881	46.9621	-14.0176
15	9.0505	-5.0647	2.7115	3.8005	-2.0602	8.0285	0.4024	0.4283	-0.5112	0.0497	-0.6216	0.564	-0.6043	-0.4312	0.0168	0.3146	-0.0416	0.0255	0.2124	-0.0014	0.2388	-5.7313	76.9757	-19.8511
16	5.1707	-4.2515	-5.4374	4.4115	4.977	6.2653	0.0306	0.3784	-0.8187	1.0788	-0.4621	0.353	0.6324	-0.3303	0.2669	0.4061	0.012	-0.0199	0.3135	0.005	0.3621	-4.2489	69.6691	-22.169
17	3.3346	2.3281	0.1392	7.2599	-2.994	7.9157	-0.626	-0.258	-0.2041	-0.2582	0.3309	0.2173	1.0169	-0.4226	0.2611	0.3461	-0.0196	0.0391	0.2917	-0.0071	0.1764	-1.4788	71.5941	-35.56
18	3.1651	3.4112	-2.774	7.8108	-0.9516	7.8835	-0.4086	0.2876	-0.1966	-0.2608	0.3495	0.329	0.3615	-0.0946	0.1684	0.2486	-0.0142	-0.029	0.2638	-0.0218	0.1743	-35.8075	52.0337	-0.3838
19	2.58	1.3015	-1.5754	2.9503	1.5749	7.011	-0.27	0.5945	-0.3323	0.2263	-0.3529	0.2836	0.4963	-0.9905	0.4339	0.2827	-0.0108	0.018	0.3025	-0.028	0.172	-39.8278	57.575	15.3812
20	5.1003	-5.1085	-5.0675	5.5349	5.3143	5.6187	-0.2525	0.5222	-0.2645	1.1022	-0.1483	0.322	1.3114	-0.0792	0.2754	0.4924	0.0194	0.0034	0.3807	-0.0429	0.2589	-38.6033	50.29	13.0019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 16 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 1 through 16 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 8 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 9 through 16 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'I' and (resid 1 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'J' and (resid 1 through 8 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'J' and (resid 9 through 16 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'K' and (resid 1 through 16 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 1 through 16 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 1 through 8 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 9 through 16 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'N' and (resid 1 through 16 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'O' and (resid 1 through 16 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'P' and (resid 1 through 8 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'P' and (resid 9 through 16 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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