PDB-4nw9: Crystal structure of macrocycles containing Abeta17-23 (LVF(MEA)A...

登録	2013年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nw9.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nw9.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ntpC 4ntrC 4nw8SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nw8-d 6cg3-1 3wne-d 3ao2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

B: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

C: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

D: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

E: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

F: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

G: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

H: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

I: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

J: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

K: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

L: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V

ヘテロ分子

21.3 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.220, 68.220, 92.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-108- HOH
2	1	H-125- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic hexadecapeptide (ORN)LVF(MEA)AED(ORN)AIIGL(ORN)V 分子量: 1763.129 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES, 24% Jeffamine M-600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.654→36.54 Å / Num. obs: 29970 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.05206 / Net I/σ(I): 13.78
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NW8

4nw8

解像度: 1.66→36.54 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: TLS PARAMETERS WERE USED FOR EACH MACROCYCLE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	1505	5.04 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.19	26597	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	5	247	1740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.59	2004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	34.546	696
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6553-1.7088	0.3709	118	0.3322	2211	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7088-1.7698	0.2754	135	0.2579	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7698-1.8407	0.2508	138	0.234	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8407-1.9245	0.2649	134	0.2283	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9245-2.0259	0.2747	142	0.2097	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0259-2.1528	0.2494	135	0.1919	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1528-2.319	0.2458	136	0.1942	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.5523	0.2186	137	0.1987	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5523-2.9215	0.2314	141	0.1997	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9215-3.6803	0.196	138	0.1792	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6803-36.5463	0.179	151	0.1702	2676	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8462	0.8178	-0.6934	1.2916	-0.0628	1.3031	-0.376	-0.5195	0.0839	0.5255	0.0819	0.4821	0.0699	-0.4702	-0.0002	0.3247	0.018	0.0275	0.3551	-0.0599	0.4545	15.0938	-9.0579	13.2719
2	1.5916	-0.7491	1.1609	0.6511	-0.1822	1.3017	-0.0983	0.1148	0.7223	-0.3886	0.0982	0.9476	0.1165	-0.0881	-0.0002	0.3671	-0.0081	-0.0243	0.3389	-0.0428	0.4688	11.3764	-7.5946	1.8722
3	1.2922	0.9723	-0.3355	2.0909	-1.1048	0.6881	-0.0194	-0.168	-0.8996	-0.0503	0.1804	-0.1403	0.1762	-0.3465	0.0482	0.2851	-0.0389	-0.0279	0.3746	-0.039	0.2971	23.1128	-9.0183	4.1148
4	2.3041	-1.0769	-0.7297	0.5947	0.0383	1.3446	0.1623	-0.5821	-0.3837	0.8672	-0.3651	0.5671	-0.1905	0.8426	-0.0009	0.3863	-0.0609	0.0657	0.552	-0.0228	0.3977	6.9191	-24.6947	18.211
5	1.3428	0.3153	0.5945	0.3198	0.4922	1.1059	0.1679	-0.1317	0.9755	-0.0678	-0.2975	0.019	-0.9534	-0.5882	-0.0085	0.3351	0.044	0.0576	0.3695	-0.0624	0.4061	0.3575	-21.1296	8.6735
6	1.9773	0.1664	0.1767	1.4771	-1.3745	1.3343	0.1725	0.995	-0.5522	-0.5008	0.0136	0.1779	0.2997	0.1629	0.0095	0.2972	-0.0087	0.041	0.3444	-0.0243	0.3185	4.8394	-32.4089	9.1917
7	1.1499	0.5516	0.1036	0.5709	-0.597	1.5283	-0.0981	-0.3497	0.1177	-0.0712	-0.0852	0.4954	0.0235	-0.2137	-0.0001	0.3378	-0.048	-0.0095	0.3948	-0.0149	0.3431	8.7347	-23.1188	-7.8228
8	0.9314	-0.2976	0.0305	2.0145	1.6666	1.4649	-0.0127	0.1154	0.0629	0.0228	-0.1854	0.0024	-0.3608	0.2833	-0.0003	0.338	-0.058	-0.0172	0.3958	0.0022	0.3074	20.7866	-21.7476	-8.6803
9	1.1507	-0.2463	1.1384	2.5463	1.407	2.218	-0.1109	-0.2625	-0.0929	0.165	0.0572	-0.3331	0.282	0.2888	0	0.2646	-0.0156	0.0292	0.2767	0.0028	0.2827	16.1819	-32.3617	-5.3791
10	1.1141	-0.0583	-0.4292	1.2348	-0.0558	0.3922	0.1213	-0.0893	-0.1474	0.1822	0.3253	0.4572	0.7273	-0.4158	-0.0007	0.397	-0.0146	0.0008	0.3601	0.0549	0.3378	23.318	-34.1078	11.7902
11	2.6508	1.1555	0.4315	0.8681	-0.0972	0.3326	0.1288	0.6557	-0.0855	-0.4644	-0.0353	-0.7426	-0.0869	0.0302	0.0004	0.3642	0.0242	-0.0265	0.348	-0.0397	0.3514	30.541	-26.0794	6.4835
12	2.7894	0.3179	0.209	1.0456	-0.9756	1.391	-0.0808	-0.7442	0.9089	0.3049	-0.025	0.0756	-0.364	0.1785	0.0225	0.3431	0.0297	-0.0258	0.3275	0.0238	0.3542	25.5873	-23.5808	17.1996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 16 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 1 through 16 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 16 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 1 through 16 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J' and (resid 1 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K' and (resid 1 through 16 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 1 through 16 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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