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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nt1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo-form of Arabidopsis ACD11 (accelerated-cell-death 11) at 1.8 Angstrom resolution | ||||||
![]() | accelerated-cell-death 11 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / protein-lipid complexes / GLTP-fold / lipid transfer protein / cell death / ceramide-1-phosphate / C1P / lysine carboxylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() sphingomyelin transfer activity / response to salicylic acid / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / cell death / defense response to bacterium / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Simanshu, D.K. / Brown, R.E. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arabidopsis Accelerated Cell Death 11, ACD11, Is a Ceramide-1-Phosphate Transfer Protein and Intermediary Regulator of Phytoceramide Levels. 著者: Simanshu, D.K. / Zhai, X. / Munch, D. / Hofius, D. / Markham, J.E. / Bielawski, J. / Bielawska, A. / Malinina, L. / Molotkovsky, J.G. / Mundy, J.W. / Patel, D.J. / Brown, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22840.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ACD11, AT2G34690 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 1.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 6.9 % / 数: 213623 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 2.16 / D res high: 2.45 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 31001 / % possible obs: 99.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 79607 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 26.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.893 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.23 Å2 / Biso mean: 27.2666 Å2 / Biso min: 14.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.823 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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