[日本語] English
万見
- PDB-4nsx: Crystal Structure of the Utp21 tandem WD Domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nsx
タイトルCrystal Structure of the Utp21 tandem WD Domain
要素U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
キーワードPROTEIN BINDING / ribosome biogenesis / UTPB complex / 90S preribosome / Small subunit processome
機能・相同性
機能・相同性情報


Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Small-subunit processome, Utp21 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / WDR36/Utp21 second beta-propeller domain / WDR36/Utp21 first beta-propeller / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site ...Small-subunit processome, Utp21 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / WDR36/Utp21 second beta-propeller domain / WDR36/Utp21 first beta-propeller / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, C. / Ye, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of Utp21 Tandem WD Domain Provides Insight into the Organization of the UTPB Complex Involved in Ribosome Synthesis
著者: Zhang, C. / Lin, J. / Liu, W. / Chen, X. / Chen, R. / Ye, K.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2842
ポリマ－76,0951
非ポリマー1891
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.493, 63.540, 82.549
Angle α, β, γ (deg.)110.95, 95.83, 97.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 76095.398 Da / 分子数: 1 / 断片: Tandem WD domain 1-684 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: L8084.22, UTP21, YLR409C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06078
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 15% PEG3350, 0.15M sodium citrate, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37483 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 13.723
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.826 / Num. unique all: 1852 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 1760 4.97 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1888 35416 92.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4974 0 13 394 5381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8346889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3521858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003879
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.15670.29351280.2232221680
2.1567-2.22010.24771440.2136246788
2.2201-2.29170.23811250.2131237086
2.2917-2.37340.2411240.1998255789
2.3734-2.46830.25561500.2005251891
2.4683-2.58040.21421080.2059259992
2.5804-2.71610.26761240.2049265793
2.7161-2.88580.25151440.211263595
2.8858-3.10790.26111490.2038270296
3.1079-3.41920.25431410.1857271197
3.4192-3.91060.19061410.1747277798
3.9106-4.91460.16961300.1565270897
4.9146-200.20131520.1696273998

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る