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- PDB-4nso: Crystal structure of the effector-immunity protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nso
タイトルCrystal structure of the effector-immunity protein complex
要素
  • Effector protein
  • Immunity protein
キーワードPROTEIN BINDING / Helix / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Type VI secretion system spike protein VgrG3-like, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1160 / : / : / Antitoxin TsiV3 / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) ...: / Type VI secretion system spike protein VgrG3-like, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1160 / : / : / Antitoxin TsiV3 / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / PGBD superfamily / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin protein TsiV3 / Type VI secretion system spike protein VgrG3
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dong, C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for recognition of the type VI spike protein VgrG3 by a cognate immunity protein.
著者: Zhang, J. / Zhang, H. / Gao, Z. / Hu, H. / Dong, C. / Dong, Y.H.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年6月11日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector protein
B: Immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8422
ポリマ－46,8422
非ポリマー00
水1,928107
1
A: Effector protein
B: Immunity protein

A: Effector protein
B: Immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6844
ポリマ－93,6844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8290 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.631, 78.660, 47.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1,y,-z+1

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要素

#1: タンパク質 Effector protein / VgrG protein


分子量: 34151.254 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 731-981 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VCPCS023_003519, VC_A0123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KN42
#2: タンパク質 Immunity protein


分子量: 12690.626 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_A0124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KN41
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1mM HEPES pH7.6, 12%(w/v)PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19076 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→38.165 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1847 10 %
Rwork0.2155 --
obs0.2199 18466 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.437 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4964 Å20 Å27.3188 Å2
2--10.023 Å20 Å2
3----0.5266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 0 107 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.828890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46490.35761220.31041127X-RAY DIFFRACTION87
2.4649-2.53740.36331320.28371241X-RAY DIFFRACTION94
2.5374-2.61930.33061430.2681261X-RAY DIFFRACTION96
2.6193-2.71290.32651400.25051253X-RAY DIFFRACTION96
2.7129-2.82150.30721420.24571270X-RAY DIFFRACTION97
2.8215-2.94980.28891460.23881301X-RAY DIFFRACTION98
2.9498-3.10530.29191440.2211292X-RAY DIFFRACTION98
3.1053-3.29980.27541450.22661289X-RAY DIFFRACTION99
3.2998-3.55440.24191440.23081291X-RAY DIFFRACTION97
3.5544-3.91170.26831450.21611297X-RAY DIFFRACTION98
3.9117-4.4770.2091470.1711311X-RAY DIFFRACTION99
4.477-5.63770.20551480.17721330X-RAY DIFFRACTION99
5.6377-38.17010.24171490.20491356X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.9516 Å / Origin y: 47.797 Å / Origin z: 36.6877 Å
111213212223313233
T0.3119 Å2-0.0354 Å2-0.0265 Å2-0.31 Å20.0454 Å2--0.1917 Å2
L4.0665 °2-0.1037 °2-1.444 °2-0.8748 °20.0681 °2--1.8228 °2
S-0.1215 Å °0.2736 Å °-0.1459 Å °-0.0588 Å °0.1283 Å °0.1587 Å °0.1983 Å °-0.3371 Å °-0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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