PDB-4ns3: Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ns3

タイトル

Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis bound with NAD and cobalamin

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / dehydrogenase / dehydrogenation

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Use of a "silver bullet" to resolve crystal lattice dislocation disorder: A cobalamin complex of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N.

履歴

登録	2013年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ns3.cif.gz	679.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ns3.ent.gz	554.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ns3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/4ns3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/4ns3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lemC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jdc-2 4lem-d 4ihi-2 4idm-2 2ehq-2 2ej6-2 2iy6-1 2bhq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

C: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

D: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

E: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

F: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

374 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.855, 164.855, 260.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	MET	MET	A	A	0 - 540	20 - 560
2	1	HIS	HIS	MET	MET	B	B	0 - 540	20 - 560
1	2	HIS	HIS	MET	MET	A	A	0 - 540	20 - 560
2	2	HIS	HIS	MET	MET	C	C	0 - 540	20 - 560
1	3	HIS	HIS	MET	MET	A	A	0 - 540	20 - 560
2	3	HIS	HIS	MET	MET	D	D	0 - 540	20 - 560
1	4	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	0 - 541	20 - 561
2	4	HIS	HIS	ALA	ALA	E	E	0 - 541	20 - 561
1	5	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 541	21 - 561
2	5	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 541	21 - 561
1	6	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	0 - 541	20 - 561
2	6	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	0 - 541	20 - 561
1	7	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	0 - 541	20 - 561
2	7	HIS	HIS	ALA	ALA	D	D	0 - 541	20 - 561
1	8	HIS	HIS	VAL	VAL	B	B	0 - 542	20 - 562
2	8	HIS	HIS	VAL	VAL	E	E	0 - 542	20 - 562
1	9	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 541	21 - 561
2	9	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 541	21 - 561
1	10	HIS	HIS	ASP	ASP	C	C	0 - 543	20 - 563
2	10	HIS	HIS	ASP	ASP	D	D	0 - 543	20 - 563
1	11	HIS	HIS	VAL	VAL	C	C	0 - 542	20 - 562
2	11	HIS	HIS	VAL	VAL	E	E	0 - 542	20 - 562
1	12	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 541	21 - 561
2	12	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 541	21 - 561
1	13	HIS	HIS	VAL	VAL	D	D	0 - 542	20 - 562
2	13	HIS	HIS	VAL	VAL	E	E	0 - 542	20 - 562
1	14	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 541	21 - 561
2	14	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 541	21 - 561
1	15	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 541	21 - 561
2	15	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 541	21 - 561

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.45806, 0.316925, -0.830506), (0.313509, -0.816653, -0.484552), (-0.831801, -0.482325, 0.274717)	-63.78868, 11.1266, -37.41512
3	given	(-0.938306, -0.316321, 0.139723), (-0.315523, 0.617787, -0.720267), (0.141517, -0.719917, -0.679479)	-122.70072, -5.61304, 41.45669
4	given	(0.216491, 0.934548, 0.282404), (-0.109316, -0.26424, 0.958242), (0.970145, -0.238322, 0.044956)	-43.81471, -43.20963, 78.49236

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase RocA 分子量: 61210.691 Da / 分子数: 6 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT1224, pruA, rocA, Rv1187 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): Mc2 4517 / 参照: UniProt: L7N4Z6, UniProt: O50443*PLUS, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% PEG 1000, 12% PEG 3350, 12% MPD, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulphate, 0.2% w/v biotin, 0.2% w/v phospho(enol) ...詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% PEG 1000, 12% PEG 3350, 12% MPD, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulphate, 0.2% w/v biotin, 0.2% w/v phospho(enol)pyruvic acid monosodium salt hydrate, 0.2% w/v D-(+)-Melezitose hydrate, 0.2% w/v cobalamin and 0.02M HEPES sodium pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% PEG 1000, 12% PEG 3350, 12% MPD, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulphate, 0.2% w/v biotin, 0.2% w/v phospho(enol) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953691 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953691 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→20.05 Å / Num. obs: 164364 / % possible obs: 99.4 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
Blu-Ice	Ice	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→20.049 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	8211	5.02 %
R_work	0.1566	-	-
obs	0.1591	163475	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	-0.12 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→20.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24843	0	418	2631	27892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	25914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.343	35456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.604	9250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.115	3933
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4637

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33034	0.04
1	2	B	33034	0.04
2	1	A	32786	0.05
2	2	C	32786	0.05
3	1	A	32771	0.05
3	2	D	32771	0.05
4	1	A	32456	0.05
4	2	E	32456	0.05
5	1	A	32345	0.06
5	2	F	32345	0.06
6	1	B	32742	0.05
6	2	C	32742	0.05
7	1	B	32744	0.05
7	2	D	32744	0.05
8	1	B	32482	0.06
8	2	E	32482	0.06
9	1	B	32366	0.06
9	2	F	32366	0.06
10	1	C	32723	0.06
10	2	D	32723	0.06
11	1	C	32514	0.06
11	2	E	32514	0.06
12	1	C	32505	0.06
12	2	F	32505	0.06
13	1	D	32560	0.05
13	2	E	32560	0.05
14	1	D	32457	0.06
14	2	F	32457	0.06
15	1	E	32383	0.05
15	2	F	32383	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.4043	0.3593	260	0.2798	4708	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4043-2.4326	0.2632	269	0.2206	5147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4326-2.4622	0.2663	301	0.2166	5130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4622-2.4933	0.2696	269	0.2068	5125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4933-2.526	0.2746	268	0.2021	5182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.526-2.5606	0.2448	243	0.1967	5131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5606-2.5971	0.2582	264	0.1844	5134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5971-2.6358	0.2527	284	0.184	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6358-2.6769	0.2385	300	0.1837	5150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6769-2.7206	0.2508	281	0.1865	5122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7206-2.7674	0.2502	276	0.1852	5131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7674-2.8176	0.245	285	0.1739	5155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8176-2.8717	0.2346	249	0.1676	5206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8717-2.9301	0.2554	248	0.184	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9301-2.9936	0.2395	227	0.1704	5244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9936-3.063	0.2328	257	0.1671	5168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.063-3.1393	0.2112	270	0.1673	5196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1393-3.2239	0.2248	270	0.1617	5139	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2239-3.3183	0.2163	257	0.1576	5191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3183-3.4249	0.2019	309	0.1557	5175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4249-3.5467	0.2004	298	0.1509	5162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5467-3.6879	0.1861	294	0.1457	5168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6879-3.8546	0.1786	285	0.1429	5224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8546-4.0562	0.1856	267	0.1328	5186	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0562-4.308	0.1712	255	0.1277	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
4.308-4.6368	0.1542	300	0.1144	5213	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6368-5.0965	0.1483	280	0.1167	5250	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0965-5.8182	0.1619	275	0.1354	5295	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8182-7.2717	0.1882	294	0.1445	5308	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2717-20.0497	0.1492	276	0.1368	5478	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)