PDB-4nro: Crystal structure of human ALKBH5 in complex with alpha-ketoglutarate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nro

タイトル

Crystal structure of human ALKBH5 in complex with alpha-ketoglutarate

要素

RNA demethylase ALKBH5

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alkbh5 / 6-methyl adenosine / PROTEIN/DNA INTERACTION / HUMAN DIOXYGENASE / METAL-BINDING / NUCLEUS / demethylation / RNA REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / paraspeckles / membraneless organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Feng, C. / Chen, Z. / Liu, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the human RNA demethylase Alkbh5 reveal basis for substrate recognition
著者: Feng, C. / Liu, Y. / Wang, G. / Deng, Z. / Zhang, Q. / Wu, W. / Tong, Y. / Cheng, C. / Chen, Z.

履歴

登録	2013年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nro.cif.gz	97.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nro.ent.gz	73.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nro_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nro_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	4nro_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	4nro_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nrmSC 4nrpC 4nrqC 4o7xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xtp-d 6zyr-3 4nrq-d 4avl-3 5y5b-d 2zmk-4 6lbl-d 2gvp-d 2zmn-6 4xtm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA demethylase ALKBH5

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.177, 56.177, 144.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5 分子量: 26385.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 66-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABH5, ALKBH5, OFOXD1 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 5 詳細: 20% PEG 4K, 100mM CH3CO2NH4, 100mM Na-citrate , pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 9906 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NRM

4nrm

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 14.714 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2564	473	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23735	-	-	-
obs	0.2383	9363	89.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.809 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1569	0	11	110	1690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.959	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.517	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.171	22.581	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.183	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.093	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.919	4.512	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.076	6.748	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.048	4.56	775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.604	3	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	21.187	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.28	5	1576

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	41	-
R_work	0.242	693	-
obs	-	-	91.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.992	1.6566	4.542	1.3191	1.837	8.0889	-0.0081	0.0782	0.0468	-0.0198	0.1891	0.1334	0.0166	-0.115	-0.181	0.0565	-0.0038	0.0004	0.0665	0.0207	0.1239	-2.3058	28.7688	3.8681
2	5.6991	1.3573	0.0274	1.382	0.2317	0.0579	-0.1345	0.1014	0.2303	-0.0579	0.0918	0.1621	-0.0308	0.0128	0.0428	0.1118	0.0014	-0.0157	0.0066	0.0072	0.089	15.9592	39.0341	18.0722
3	0.9737	-1.4238	0.341	3.7111	-0.7493	1.4331	-0.0597	-0.1485	0.114	0.0373	0.1101	-0.246	-0.093	0.1154	-0.0504	0.0332	-0.0156	-0.017	0.0702	-0.0307	0.1007	27.4209	25.472	25.7538
4	0.2552	-1.1187	-0.4151	4.9572	1.8322	0.6782	0.0584	0.0067	-0.0283	-0.2487	-0.0906	0.0674	-0.0935	-0.0243	0.0322	0.0317	0.0046	-0.0143	0.114	0.0301	0.0931	22.0096	13.3041	20.6523
5	2.5486	1.0012	-1.6305	1.2355	-1.3565	1.6682	-0.1515	-0.0002	-0.059	0.0059	0.1256	-0.0809	0.0346	-0.1376	0.0259	0.0133	0.007	0.0109	0.1088	0.027	0.1605	16.495	16.0812	25.1527
6	8.5902	2.0501	7.1349	1.0334	1.8549	5.9738	0.0734	0.1669	-0.2067	0.2041	0.0477	0.0405	0.1048	0.1549	-0.1211	0.0729	-0.0064	0.0037	0.0698	0.0514	0.1152	9.848	10.1106	28.1092
7	0.9795	-0.4158	0.0256	1.0984	0.1153	0.0215	-0.0513	-0.1116	0.1108	0.0311	0.0478	-0.0611	-0.0161	0	0.0035	0.077	-0.0003	-0.009	0.0649	-0.0302	0.0546	15.4956	28.6615	26.0726
8	1.1203	0.0931	-1.6275	0.0105	-0.1245	2.5649	0.0138	-0.0411	-0.1071	-0.0007	0.0112	-0.0234	0.0644	0.086	-0.025	0.1147	-0.0122	-0.0267	0.0516	-0.0393	0.2071	6.4475	16.802	17.9882
9	0.9164	-0.5928	-0.2535	0.3839	0.1705	0.2298	-0.0021	0.0272	0.0351	-0.0037	-0.0191	-0.018	-0.1283	0.0004	0.0211	0.1151	-0.0125	0.0035	0.0573	-0.0054	0.0837	13.5824	28.7507	17.4948
10	0.8158	0.7327	-1.1186	0.6875	-1.0391	1.5749	-0.0571	0.1726	-0.0051	-0.0133	0.1228	0.0526	0.0406	-0.1878	-0.0657	0.1005	0.026	0.0317	0.207	-0.136	0.1496	8.2677	18.122	2.5021
11	3.0094	2.6869	2.9828	6.8113	6.719	6.7063	-0.1672	0.33	0.241	-0.2152	-0.0166	0.1683	-0.2414	0.0647	0.1837	0.0979	-0.0082	0.0056	0.0875	0.0213	0.0267	7.9786	25.5151	1.815
12	0.661	-0.2683	0.4978	0.3431	-0.4045	0.5528	-0.0483	0.0753	0.0181	0.0179	0.0528	0.0037	-0.049	-0.0163	-0.0044	0.0763	0.0024	0.0252	0.0581	-0.0304	0.0948	9.751	25.9973	11.1974
13	2.0792	0.258	0.8308	0.2811	0.2029	0.3755	0.0631	-0.1403	-0.0362	0.0158	-0.0156	-0.0737	0.0093	-0.0564	-0.0476	0.0978	0.0001	0.0345	0.0477	-0.0183	0.0571	11.9288	21.7753	22.9035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	73 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 130
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	131 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	142 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	161 - 200
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	201 - 211
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	212 - 225
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	226 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	238 - 248
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	249 - 273
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	274 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)