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- PDB-4nrn: Crystal structure of metal-bound toxin from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nrn
タイトルCrystal structure of metal-bound toxin from Helicobacter pylori
要素metal-bound toxin
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA catabolic process / translational termination / RNA endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Toxin-antitoxin system, YafQ-like toxin / Bacterial toxin of type II toxin-antitoxin system, YafQ / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Lee, B.J. / Im, H. / Pathak, C. / Jang, S.B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of toxin HP0892 from Helicobacter pylori with two Zn(II) at 1.8 angstrom resolution
著者: Im, H. / Jang, S.B. / Pathak, C. / Yang, Y.J. / Yoon, H.J. / Yu, T.K. / Suh, J.Y. / Lee, B.J.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: metal-bound toxin
B: metal-bound toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0586
ポリマ－21,7962
非ポリマー2624
水2,504139
1
A: metal-bound toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0293
ポリマ－10,8981
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: metal-bound toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0293
ポリマ－10,8981
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.012, 47.028, 52.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 metal-bound toxin


分子量: 10897.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: C694_04580, HP_0892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25552
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: polyethylene glycol 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.457
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 14014
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LS4

4ls4


解像度: 1.802→21.876 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8049 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 706 5.17 %
Rwork0.18 12954 -
obs0.1823 13646 88.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.395 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 176.37 Å2 / Biso mean: 35.0288 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2516 Å2-0 Å23.7757 Å2
2--0.6281 Å20 Å2
3----4.6162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→21.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 4 139 1611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0962006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.474578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8024-1.89730.32831130.310818431956
1.8973-2.01610.2514990.263819612060
2.0161-2.17170.25581000.223720262126
2.1717-2.390.2592800.205516241704
2.39-2.73520.22771050.204920472152
2.7352-3.44390.23061030.158120322135
3.4439-21.87750.1727920.106914211513
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.9857 Å / Origin y: 16.8663 Å / Origin z: 12.4366 Å
111213212223313233
T0.0917 Å20.0148 Å20.012 Å2-0.1065 Å20.0073 Å2--0.0718 Å2
L0.9014 °20.3704 °20.0611 °2-0.8464 °20.3165 °2--0.4252 °2
S-0.0189 Å °-0.0826 Å °0.0133 Å °-0.0518 Å °-0.0466 Å °-0.0079 Å °0.0823 Å °0.0225 Å °0.0357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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