PDB-4nrd: Crystal structure of a putative GDSL-like lipase (BACOVA_04955) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nrd

タイトル

Crystal structure of a putative GDSL-like lipase (BACOVA_04955) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.10 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Lipase_GDSL_lke protein / PF16255 family / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

Putative GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BACOVA_04955) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2013年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nrd.cif.gz	517.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nrd.ent.gz	430.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nrd_validation.pdf.gz	491.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nrd_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	4nrd_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	4nrd_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fnb-1 4fnd-1 4pbo-1 4fn8-1 4hgp-1 5yc1-2 5x15-d 4m4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-416777

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.941, 70.895, 76.618
Angle α, β, γ (deg.)	88.780, 84.700, 60.130
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 26910.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / 遺伝子: BACOVA_04955 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7M4B4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY RESIDUES 21-228 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.00M lithium chloride, 20.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97937

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→29.391 Å / Num. all: 61839 / Num. obs: 61839 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 2.3 % / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.1-2.15	2.3	0.463	1.9	10781	4744	0.463	84.3
2.15-2.21	2.3	0.365	2.2	10179	4433	0.365	82.3
2.21-2.28	2.3	0.336	2.4	9093	4010	0.336	76.1
2.28-2.35	2.2	0.296	2.6	8654	3866	0.296	75.4
2.35-2.42	2.3	0.277	2.8	9829	4268	0.277	86.3
2.42-2.51	2.3	0.229	3.3	9609	4162	0.229	86.4
2.51-2.6	2.3	0.187	3.7	8770	3864	0.187	83.7
2.6-2.71	2.3	0.172	4.2	8332	3654	0.172	81.3
2.71-2.83	2.3	0.143	5	6912	3057	0.143	71.8
2.83-2.97	2.3	0.117	5.9	7989	3491	0.117	85.2
2.97-3.13	2.3	0.093	7.1	7733	3331	0.093	86.1
3.13-3.32	2.3	0.084	8.1	7293	3180	0.084	86
3.32-3.55	2.3	0.071	9.5	6522	2862	0.071	82.5
3.55-3.83	2.2	0.059	11.8	5428	2415	0.059	76
3.83-4.2	2.3	0.058	13	6199	2668	0.058	89.7
4.2-4.7	2.3	0.058	13.4	5361	2320	0.058	86.7
4.7-5.42	2.2	0.055	13	4003	1788	0.055	75.8
5.42-6.64	2.3	0.063	11.9	3961	1720	0.063	87.4
6.64-9.39	2.3	0.058	12.9	3041	1316	0.058	84.9
9.39-29.391	2.3	0.064	15.4	1584	690	0.064	82.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
PHASER	2.3.0	位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.391 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9478 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9277 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS WERE INCLUDED DURING REFINEMENT TO IMPROVE THE ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2075	3082	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1701	-	-	-
obs	0.1719	61819	82.22 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.61 Å² / B_iso mean: 39.8132 Å² / B_iso min: 3.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5248 Å²	2.2362 Å²	0.7448 Å²
2-	-	3.7015 Å²	0.4491 Å²
3-	-	-	-4.2263 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.296 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10101	0	12	371	10484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5523	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	277	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2980	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	20145	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1360	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	21218	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	20145	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	36150	HARMONIC	2	0.99
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.51
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.97

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2675	223	4.72 %
R_work	0.2041	4506	-
all	0.2071	4729	-
obs	-	-	82.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5193	0.488	0.284	3.1722	0.0103	0.7354	-0.0037	0.132	-0.1651	-0.0905	0.001	-0.2467	-0.0097	0.0436	0.0027	-0.2986	0.0028	0.0269	-0.2432	-0.0327	0.308	48.003	-26.1661	41.1648
2	2.6168	0.5377	-0.2648	3.4747	-0.2181	0.7847	0.0569	0.0278	0.1766	-0.0572	-0.032	-0.0158	-0.0097	-0.0518	-0.0249	-0.3336	0.012	0.0097	-0.2323	-0.0786	0.3355	53.4432	8.6113	41.1804
3	2.8981	-0.2675	-0.0132	3.1407	0.0013	0.3874	0.0222	0.1212	0.0128	-0.1659	0.0102	0.4256	0.0534	-0.0005	-0.0324	-0.3307	0.0123	0.0527	-0.2702	-0.0531	0.3652	20.3463	-4.0736	41.165
4	2.7502	0.1596	-0.0838	2.6535	0.0157	0.4812	-0.0144	0.0918	0.0136	-0.1731	-0.002	-0.2266	-0.0642	-0.0018	0.0163	-0.3054	0.0256	0.0124	-0.2643	-0.0493	0.3296	22.2816	12.1205	3.3649
5	3.8988	0.6147	0.0428	2.6346	0.1978	0.6293	-0.0938	0.2884	0.2259	-0.0703	0.1093	0.1308	-0.0047	-0.0513	-0.0155	-0.2966	-0.0111	0.0191	-0.2337	-0.0446	0.3006	-5.2295	34.5067	3.396
6	3.4076	-0.4606	0.1612	2.5732	0.254	0.6855	0.0369	0.236	-0.2653	-0.1079	-0.0464	0.1054	0.0355	0.0586	0.0095	-0.34	-0.0081	0.048	-0.2517	-0.0288	0.3177	-10.6241	-0.2849	3.4957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|21-227 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|21-226 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|21-227 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|21-227 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|21-226 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|21-227 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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