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- PDB-4nqy: The reduced form of MJ0499 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqy
タイトルThe reduced form of MJ0499
要素Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit
キーワードLYASE / alpha-beta sandwitch / isomerase / MJ1277 / Fe-S cluster / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


maleate hydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-2-methylmalate dehydratase activity / maleate hydratase activity / 3-isopropylmalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase activity / L-leucine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit / Homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit, prokaryotic / 3-Isopropylmalate dehydratase, catalytic domain / : / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain ...Homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit / Homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit, prokaryotic / 3-Isopropylmalate dehydratase, catalytic domain / : / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Lee, E.H. / Lee, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural characterization and comparison of the large subunits of IPM isomerase and homoaconitase from Methanococcus jannaschii
著者: Lee, E.H. / Lee, K. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2013年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit
B: Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4623
ポリマ－96,3972
非ポリマー651
水37821
1
A: Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2642
ポリマ－48,1981
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1981
ポリマ－48,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.010, 117.010, 84.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit / (R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-citramalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase / ...(R)-2-methylmalate dehydratase / (R)-citramalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase / Alpha-isopropylmalate dehydratase / Citraconate hydratase / Isopropylmalate isomerase / IPMI / Maleate hydratase / Malease


分子量: 48198.285 Da / 分子数: 2 / 断片: large subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: leuC, MJ0499 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P81291, 3-isopropylmalate dehydratase, (R)-2-methylmalate dehydratase, maleate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.2
詳細: 0.1M Tis, 20% PEG 400, 0.5% LDAO(n-Dodecyl-N,N,dimethylamine-N-oxide), pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射モノクロメーター: Kozhu DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.91 Å / Num. all: 35369 / Num. obs: 34280 / % possible obs: 96.82 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / % possible all: 99.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4kp1

4kp1


解像度: 2.6→34.36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1724 5.03 %
Rwork0.204 --
obs0.206 34280 96.8 %
all-35369 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 1 21 6260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2778574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4042356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.67650.36391300.31462526X-RAY DIFFRACTION90
2.6765-2.76280.34291380.30922485X-RAY DIFFRACTION90
2.7628-2.86150.38571380.30052640X-RAY DIFFRACTION94
2.8615-2.9760.31521340.29072628X-RAY DIFFRACTION95
2.976-3.11140.29781470.28222692X-RAY DIFFRACTION97
3.1114-3.27530.30511490.26972764X-RAY DIFFRACTION98
3.2753-3.48030.30841580.23562738X-RAY DIFFRACTION99
3.4803-3.74870.28511520.22762787X-RAY DIFFRACTION100
3.7487-4.12540.24281500.18782805X-RAY DIFFRACTION100
4.1254-4.72110.19391500.15692800X-RAY DIFFRACTION100
4.7211-5.9430.18681520.17632821X-RAY DIFFRACTION100
5.943-34.36150.20461260.17042870X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1217-0.1791-1.98133.67381.91493.7121-0.0212-0.52330.47670.4030.37370.2653-0.6122-0.0023-0.27060.98190.11540.26070.6824-0.04390.711840.8166-24.300326.5522
22.0373-0.23460.22461.72320.6932.4942-0.3657-0.6506-0.07670.86460.17550.34580.67450.39440.02021.13040.27130.35910.65250.06320.620442.2052-38.006227.6961
33.9775-0.8176-0.43534.55180.64072.7165-0.6053-0.6161-0.72931.07540.57450.04340.71390.62690.01970.95830.31580.29960.63330.18050.5345.2381-46.086223.8612
44.019-1.925-0.5024.26980.45843.0971-0.29510.1203-1.01570.37970.08150.85820.4311-0.27930.12620.6565-0.07090.25630.443-0.04170.840528.1783-47.09458.0215
54.248-0.7928-1.86711.59751.73883.53940.31250.3234-0.2446-0.4942-0.0275-0.33440.06770.7109-0.11590.68030.10950.01960.9458-0.2590.706834.2832-17.661-26.9627
62.2052-0.5699-0.68392.74580.09483.22980.32311.3468-0.3779-0.7615-0.41860.0873-0.213-0.6229-0.04690.63420.2637-0.05911.0619-0.33330.533420.5205-16.2652-28.0798
74.6434-0.4917-0.15813.8270.79193.42870.58090.87650.0004-0.8225-0.79570.8025-0.5805-0.76080.13140.67140.3845-0.16790.9647-0.31550.539612.4488-13.2369-24.3063
83.8563-2.0587-0.16053.43660.41313.2874-0.03730.2852-0.90350.0658-0.22221.07760.3067-0.40530.23330.4349-0.06170.04040.6897-0.29680.877111.4273-30.3357-8.4893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 109 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 173 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 273 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 423 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 109 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 110 through 173 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 174 through 273 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 274 through 423 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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