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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nqx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HLA A*0101 in complex with NP44-S7N, an 9-mer influenza epitope | ||||||
要素 |
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キーワード | Immune System/Viral Protein / immune system / presenting viral epitope / T cell receptor / Immune System-Viral Protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / helical viral capsid / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / helical viral capsid / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / viral penetration into host nucleus / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / host cell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) H7N9 subtype (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rossjohn, J. / Gras, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Preexisting CD8+ T-cell immunity to the H7N9 influenza A virus varies across ethnicities. 著者: Quinones-Parra, S. / Grant, E. / Loh, L. / Nguyen, T.H. / Campbell, K.A. / Tong, S.Y. / Miller, A. / Doherty, P.C. / Vijaykrishna, D. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Kedzierska, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nqx.cif.gz | 945.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nqx.ent.gz | 794.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nqx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nqx_validation.pdf.gz | 570.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nqx_full_validation.pdf.gz | 610.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nqx_validation.xml.gz | 85.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nqx_validation.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32703.156 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 25-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1099.235 Da / 分子数: 6 / 断片: NP44, 9-mer influenza epitope / Mutation: S7N mutation against the epitope in related 4NQV / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) H7N9 subtype (ウイルス) / 参照: UniProt: Q07FI1*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE, WITH S7N MUTATION AGAINST THE EPITOPE IN RELATED 4NQV. ...THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE, WITH S7N MUTATION AGAINST THE EPITOPE IN RELATED 4NQV. BUT THE EPITOPE IS SHARED BY MANY STRAINS, THUS IT IS NOT APPROPRIAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M MgCl, 0.1M Na-citrate pH 5.6, 15-20% PEG 6K, EVAPORATION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→119.207 Å / Num. all: 165625 / Num. obs: 165625 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.65 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4NQV 解像度: 2→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9017 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 150.53 Å2 / Biso mean: 46.8141 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.439 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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