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- PDB-4nqx: Crystal Structure of HLA A*0101 in complex with NP44-S7N, an 9-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqx
タイトルCrystal Structure of HLA A*0101 in complex with NP44-S7N, an 9-mer influenza epitope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
  • NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
キーワードImmune System/Viral Protein / immune system / presenting viral epitope / T cell receptor / Immune System-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / helical viral capsid / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / helical viral capsid / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / viral penetration into host nucleus / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / host cell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
H7N9 subtype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2014
タイトル: Preexisting CD8+ T-cell immunity to the H7N9 influenza A virus varies across ethnicities.
著者: Quinones-Parra, S. / Grant, E. / Loh, L. / Nguyen, T.H. / Campbell, K.A. / Tong, S.Y. / Miller, A. / Doherty, P.C. / Vijaykrishna, D. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Kedzierska, K.
履歴
登録2013年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
K: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
N: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
O: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
P: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
Q: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY
R: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,09018
ポリマ-274,09018
非ポリマー00
14,394799
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
M: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
N: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
3
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
O: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
4
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
P: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
5
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
Q: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
6
K: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
R: NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6823
ポリマ-45,6823
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.610, 81.411, 140.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain / MHC class I antigen A*1


分子量: 32703.156 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 25-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
NP44-S7N mutant peptide, CTELKLNDY


分子量: 1099.235 Da / 分子数: 6 / 断片: NP44, 9-mer influenza epitope / Mutation: S7N mutation against the epitope in related 4NQV / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) H7N9 subtype (ウイルス) / 参照: UniProt: Q07FI1*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE, WITH S7N MUTATION AGAINST THE EPITOPE IN RELATED 4NQV. ...THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE, WITH S7N MUTATION AGAINST THE EPITOPE IN RELATED 4NQV. BUT THE EPITOPE IS SHARED BY MANY STRAINS, THUS IT IS NOT APPROPRIATE TO ASSIGN A UNP REFERENCE OF SPECIFIC STRAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M MgCl, 0.1M Na-citrate pH 5.6, 15-20% PEG 6K, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→119.207 Å / Num. all: 165625 / Num. obs: 165625 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.65 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NQV
解像度: 2→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9017 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2827 8305 5.01 %RANDOM
Rwork0.2701 ---
all0.27 ---
obs0.2707 165609 96.75 %-
原子変位パラメータBiso max: 150.53 Å2 / Biso mean: 46.8141 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1034 Å20 Å2-0.5259 Å2
2---0.4845 Å20 Å2
3---0.3811 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.439 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18859 0 0 799 19658
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8958SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2834HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19484HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21593SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19484HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26418HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.33
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 446 4.8 %
Rwork0.2111 8839 -
all0.2123 9285 -
obs--96.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3795-0.1115-0.25562.38591.00052.7636-0.04420.0157-0.10710.17670.0798-0.02470.0857-0.0494-0.0356-0.2031-0.0204-0.0149-0.24650.0164-0.2428-63.4357-17.08857.7254
21.30010.11370.27691.44520.45432.7383-0.0102-0.01480.07950.14110.0271-0.2225-0.20480.2622-0.0168-0.0909-0.049-0.0522-0.1715-0.033-0.1203-50.2461-4.666814.105
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41.92711.39090.39952.3230.70692.2624-0.1030.22780.0904-0.11540.13130.14110.0518-0.2207-0.0283-0.0604-0.0071-0.0046-0.12710.0401-0.2288-72.1402-28.355840.4308
50.6154-0.5616-0.12182.7707-0.36010.72620.0432-0.01150.0759-0.0673-0.0271-0.2716-0.04570.0262-0.0161-0.1831-0.00780.0431-0.2485-0.0345-0.1336-104.8327-22.0683-1.2755
61.9933-0.21550.56932.1827-0.68753.55570.0883-0.3767-0.0770.3963-0.0402-0.3292-0.03110.2108-0.048-0.1393-0.0153-0.0434-0.1911-0.0243-0.1285-97.8767-27.396215.756
72.1982-0.5893-1.62570.70210.52972.1970.09590.1412-0.0147-0.0376-0.0364-0.1885-0.2418-0.0714-0.0595-0.1182-0.0670.053-0.3196-0.0345-0.1634-135.5794-33.064629.0758
83.17750.3601-0.36650.9517-0.40731.61620.00780.1434-0.1148-0.1510.0632-0.00530.0775-0.2433-0.071-0.0351-0.00560.0254-0.1587-0.0099-0.1591-153.2721-40.180131.1059
90.83881.002-1.03625.0984-2.84693.2882-0.19150.1177-0.1031-0.4590.21210.05290.3143-0.2123-0.0206-0.26310.0266-0.0211-0.199-0.0409-0.3032-104.6879-17.363751.7322
101.5523-0.53970.14811.2998-0.78861.97550.02540.24230.1729-0.40250.09840.5747-0.106-0.1778-0.1238-0.12570.0095-0.1829-0.16680.0638-0.0804-117.7831-4.99244.5425
112.18730.4779-1.60450.8458-0.62081.533-0.24910.1395-0.2242-0.17410.0608-0.01680.1235-0.13470.1883-0.1397-0.05550.0522-0.2833-0.0276-0.1489-96.90577.6293-30.4591
123.3733-1.1445-0.23570-0.96861.6554-0.07940.1316-0.2686-0.26150.13520.12840.2843-0.3145-0.0558-0.0271-0.09-0.0088-0.1719-0.0378-0.1021-114.61750.8292-30.622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G1 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H0 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I1 - 274
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J0 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K1 - 275
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L0 - 99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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