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- PDB-4nqs: Knob-into-hole IgG Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqs
タイトルKnob-into-hole IgG Fc
要素
  • (Ig gamma-1 chain C region) x 2
  • miniZ
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Antiparallel Conformation of Knob and Hole Aglycosylated Half-Antibody Homodimers Is Mediated by a CH2-CH3 Hydrophobic Interaction.
著者: Elliott, J.M. / Ultsch, M. / Lee, J. / Tong, R. / Takeda, K. / Spiess, C. / Eigenbrot, C. / Scheer, J.M.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region
D: miniZ
E: miniZ
G: Ig gamma-1 chain C region
H: Ig gamma-1 chain C region
I: miniZ
J: miniZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1748
ポリマ－113,1748
非ポリマー00
水21612
1
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region
D: miniZ
E: miniZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5874
ポリマ－56,5874
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
2
G: Ig gamma-1 chain C region
H: Ig gamma-1 chain C region
I: miniZ
J: miniZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5874
ポリマ－56,5874
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.238, 66.083, 102.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region / hole Fc T366S/L368A/Y407V


分子量: 24000.146 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 118-330 / 変異: T366S/L368A/Y407V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region / knob Fc T366W


分子量: 24205.400 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 118-330 / 変異: T366W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01857
#3: タンパク質・ペプチド
miniZ


分子量: 4190.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Staphylococcus (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細D356E and L358M (UNP D239E and L241M) ARE NATURAL VARIANTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG2000 MME, 10% 2-propanol, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. all: 30484 / Num. obs: 30472 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.12 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L6X

1l6x


解像度: 2.64→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8583 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.859 / SU Rfree Blow DPI: 0.345 / 立体化学のターゲット値: maxIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 961 3.15 %RANDOM
Rwork0.2286 ---
obs0.2298 30472 97.01 %-
all-30488 --
原子変位パラメータBiso mean: 51.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6512 Å20 Å29.5724 Å2
2--4.9548 Å20 Å2
3----1.3036 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.458 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7820 0 0 12 7832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088034HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9910914HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2780SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1120HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8034HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.23
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1009SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8581SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3367 73 3.32 %
Rwork0.2649 2127 -
all0.2672 2200 -
obs--97.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.06651.0060.46030.8921-0.4028.46780.008-0.5411-0.06770.3524-0.0847-0.09520.13560.03350.0767-0.2260.1448-0.04260.3040.0044-0.1621-49.28479.9714-33.8623
22.01970.55830.35941.80210.7714.8445-0.0372-0.29880.15510.1333-0.12540.3673-0.103-0.53350.1626-0.12660.01960.0007-0.0803-0.0255-0.0198-16.266227.7342-25.9996
32.74780.4382.15420.33230.05450.368-0.00720.2568-0.0601-0.2987-0.07290.4406-0.1375-0.37650.0802-0.17210.0768-0.06710.3040.0495-0.1124-21.59638.1727.349
43.69620.62650.87912.3710.79623.33180.047-0.33140.02420.3769-0.05280.22240.1431-0.49020.0059-0.06860.02790.05-0.08210.009-0.1228-16.5859-7.0029-26.7288
54.20840.03140.43991.67-0.06063.3141-0.1320.156-0.145-0.38420.15480.08490.30440.137-0.0228-0.0576-0.0094-0.031-0.10710.0109-0.1099-31.256310.3708-60.3546
64.7181-0.81651.64262.8425-1.91314.4524-0.06270.4730.2574-0.21150.0934-0.0559-0.0298-0.0628-0.0307-0.07310.00150.0093-0.1324-0.0513-0.0729-17.539919.6848-57.0409
73.6924-0.2095-0.45232.9092-1.16196.5870.00330.01870.31280.16330.1216-0.2507-0.17190.1152-0.1248-0.09860.0265-0.0483-0.1868-0.0062-0.10029.747110.3408-0.2074
82.1564-0.75970.75181.6512-0.05964.9587-0.0267-0.03430.11280.09460.1043-0.23140.28260.5427-0.0776-0.0773-0.019-0.0368-0.0706-0.0226-0.033711.7851.0419-14.1753
92.4464-1.8522.13130.964-1.14961.2070.03920.0808-0.2310.03150.0239-0.03530.0173-0.0586-0.0631-0.0561-0.0202-0.0255-0.10150.04680.1234-58.976511.3372-58.6537
106.5005-0.3703-1.30051.17330.26124.6516-0.0469-0.02690.0846-0.0420.0401-0.1297-0.04850.16150.0067-0.1242-0.01580.00370.0026-0.01160.01075.062622.7046-41.4123
110.05251.01961.66381.1838-0.82663.56890.0386-0.04370.0058-0.0690.02420.0141-0.27830.0133-0.06280.11960.04570.0136-0.1399-0.0066-0.0199-1.76559.424725.0583
123.98631.2055-2.10351.14121.05554.2276-0.0150.1529-0.0841-0.10020.0204-0.12970.15810.0469-0.0054-0.02660.01670.038-0.0429-0.0562-0.03565.6921-1.8923-40.9187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|235 - A|341}A235 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2{B|237 - B|341}B237 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3{G|237 - G|341}G237 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4{H|237 - H|341}H237 - 341
5X-RAY DIFFRACTION5{A|342 - A|444}A342 - 444
6X-RAY DIFFRACTION6{B|342 - B|443}B342 - 443
7X-RAY DIFFRACTION7{G|342 - G|444}G342 - 444
8X-RAY DIFFRACTION8{H|342 - H|443}H342 - 443
9X-RAY DIFFRACTION9{D|6 - D|39}D6 - 39
10X-RAY DIFFRACTION10{E|6 - E|39}E6 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11{I|6 - I|39}I6 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12{J|6 - J|39}J6 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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