[日本語] English
万見
- PDB-4nqg: Crystal Structure of Ca(2+)-regulated photoprotein mitrocomin fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqg
タイトルCrystal Structure of Ca(2+)-regulated photoprotein mitrocomin from Jellyfish Mitrocoma cellularia at 1.3 Angstrom resolution
要素Mitrocomin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Photoprotein / bioluminescence / calcium binding / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Mitrocomin
類似検索 - 構成要素
生物種Mitrocoma cellularia (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.301 Å
データ登録者Natashin, P.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Multiple Isospecies of Ca(2+)-regulated Photoprotein Mitrocomin from Jellyfish Mitrocoma cellularia: Cloning, Characterization, and Crystal Structure
著者: Burakova, L.P. / Natashin, P.V. / Markova, S.V. / Eremeeva, E.V. / Shimomura, O. / Liu, Z.J. / Vysotski, E.S.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitrocomin
B: Mitrocomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0614
ポリマ－45,1502
非ポリマー9112
水8,449469
1
A: Mitrocomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0312
ポリマ－22,5751
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitrocomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0312
ポリマ－22,5751
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.898, 69.682, 49.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 2 - 198 / Label seq-ID: 1 - 197

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Mitrocomin


分子量: 22575.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mitrocoma cellularia (無脊椎動物)
遺伝子: MI17 / プラスミド: pET22b-MC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CodonPlus-RIPL / 参照: UniProt: P39047*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANKTM/EBI DATA BANK WITH ACCESSION NUMBER KF882009.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4M sodium citrate tribasic dihydrate solution, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月10日
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 54457 / % possible obs: 66.42 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / % possible all: 2.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QV0

1qv0


解像度: 1.301→40.586 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 2008 3.69 %Random
Rwork0.1613 ---
obs0.1624 54441 66.4 %-
all-54481 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.66 Å2 / Biso mean: 19.2399 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.301→40.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 68 469 3709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4074622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8831252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008601
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1825X-RAY DIFFRACTION8.02TORSIONAL
12B1825X-RAY DIFFRACTION8.02TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3013-1.33380.230660.36971191252
1.3338-1.36990.2945130.30143533666
1.3699-1.41020.3217280.285879382114
1.4102-1.45570.2734640.2481468153226
1.4557-1.50780.2522810.21782338241942
1.5078-1.56810.27091380.20313487362562
1.5681-1.63950.2461710.19344707487884
1.6395-1.72590.22521950.19165356555195
1.7259-1.83410.23692240.19255611583599
1.8341-1.97570.19962210.168756135834100
1.9757-2.17450.17542080.157956575865100
2.1745-2.48910.17582190.153656275846100
2.4891-3.13580.20812140.165635584999
3.1358-40.60560.15522260.13865669589599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1952 Å / Origin y: -54.143 Å / Origin z: 38.1926 Å
111213212223313233
T0.0602 Å20.0183 Å2-0.0195 Å2-0.0573 Å2-0.0029 Å2--0.0853 Å2
L0.5856 °20.416 °2-0.6093 °2-0.3572 °2-0.3511 °2--0.9092 °2
S-0.0001 Å °-0.0038 Å °-0.017 Å °0.012 Å °-0.0238 Å °0.0046 Å °-0.0067 Å °0.0239 Å °0.0191 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る