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- PDB-4nqf: Crystal structure of HEPN domain protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqf
タイトルCrystal structure of HEPN domain protein
要素Nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / HEPN domain / Nucleotidyltransferase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...: / HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Padavannil, A. / Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Dimerization of VirD2 Binding Protein Is Essential for Agrobacterium Induced Tumor Formation in Plants
著者: Padavannil, A. / Jobichen, C. / Qinghua, Y. / Seetharaman, J. / Velazquez-campoy, A. / Yang, L. / Pan, S.Q. / Sivaraman, J.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyltransferase
B: Nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0652
ポリマ－37,0652
非ポリマー00
水46826
1
A: Nucleotidyltransferase

B: Nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0652
ポリマ－37,0652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_447x-1/2,-y-1/2,-z+21
Buried area2410 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.103, 71.574, 83.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 151 - 294 / Label seq-ID: 1 - 144

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Nucleotidyltransferase


分子量: 18532.447 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 151-308 / 変異: L168M, L219M, L251M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu4856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CW19
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% Polyethylene glycol 3350, 100mM Imidazole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月19日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→36.04 Å / Num. all: 10678 / Num. obs: 10678 / % possible obs: 99.04 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.05
反射 シェル解像度: 2.7→36.04 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
Phenix-AutoSolモデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Phenix-AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 12.632 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28005 1075 10 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.22395 9671 99.04 %-
all-9671 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0 Å2
2--2 Å2-0 Å2
3----2.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2427 0 0 26 2453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.943370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00135329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8035294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6522.556133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.62915395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1261526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0536.4071182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0476.4041181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5949.5961474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.5929.61475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0926.8381304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0916.8411305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.97710.0691897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.55351.2562922
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.55351.262918
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8220 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 77 -
Rwork0.27 692 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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