[日本語] English
万見
- PDB-4nq2: Structure of Zn(II)-bound metallo-beta-lactamse VIM-2 from Pseudo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nq2
タイトルStructure of Zn(II)-bound metallo-beta-lactamse VIM-2 from Pseudomonas aeruginosa
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / Zinc Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Aitha, M. / Nix, J.C. / Crowder, M.W. / Page, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Biochemical, Mechanistic, and Spectroscopic Characterization of Metallo-beta-lactamase VIM-2.
著者: Aitha, M. / Marts, A.R. / Bergstrom, A. / Moller, A.J. / Moritz, L. / Turner, L. / Nix, J.C. / Bonomo, R.A. / Page, R.C. / Tierney, D.L. / Crowder, M.W.
履歴
登録2013年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0966
ポリマ－27,7811
非ポリマー3145
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.294, 78.266, 79.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / Class B beta-lactamase / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase ...Class B beta-lactamase / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 protein / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 27781.189 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM-2, blaVIM2, VIM-2
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.0001M zinc chloride, 0.1M tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Taurus-1 CMOS / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock 2-crystal Sagitally Focused Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→55.87 Å / Num. all: 31324 / Num. obs: 31324 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4485 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHENIX(phenix.phaser: dev_1523)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1523)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1523位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KO3

1ko3


解像度: 1.55→55.866 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1992 6.38 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.1781 31217 99.4 %-
all-31217 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→55.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 11 267 1986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0492418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.648608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58830.24391380.21222041X-RAY DIFFRACTION98
1.5883-1.63130.27611400.20562071X-RAY DIFFRACTION100
1.6313-1.67930.2341430.19682061X-RAY DIFFRACTION100
1.6793-1.73350.2761390.19562071X-RAY DIFFRACTION100
1.7335-1.79550.22331450.18182075X-RAY DIFFRACTION100
1.7955-1.86730.221420.19072100X-RAY DIFFRACTION100
1.8673-1.95230.27021410.22952040X-RAY DIFFRACTION99
1.9523-2.05530.20761400.18322080X-RAY DIFFRACTION100
2.0553-2.1840.19651490.1812111X-RAY DIFFRACTION100
2.184-2.35270.26181350.20192007X-RAY DIFFRACTION97
2.3527-2.58940.18641440.18352107X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.96410.23631450.17672123X-RAY DIFFRACTION100
2.9641-3.73440.17691460.15622136X-RAY DIFFRACTION100
3.7344-55.90190.16961450.14382202X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19620.6634-1.91363.96570.4545.3944-0.1068-0.4275-0.650.41430.1376-0.32780.64170.38130.0870.2690.0133-0.04350.16370.11910.3375-12.7264-33.8964-4.7364
27.94482.52111.38032.32920.11274.95880.0189-0.1806-0.32440.29540.1956-0.68820.10210.5738-0.13890.1691-0.003-0.04710.1378-0.04120.3992-7.7136-27.4512-7.7277
31.2845-1.1811-0.79832.4365-0.31571.73660.1561-0.0963-0.60540.1248-0.0508-0.29970.2728-0.0156-0.02350.1514-0.0092-0.02920.0731-0.01680.2817-13.8154-30.6571-14.5824
40.74430.14380.31016.0120.73521.3256-0.03220.1942-0.33090.12250.0907-0.11620.15820.0418-0.06640.11040.00520.02190.1048-0.05180.1241-14.1167-23.9137-17.7319
52.3927-0.43540.07215.58732.20792.9460.04210.30340.0331-0.2968-0.0218-0.2766-0.14610.0615-0.02330.12840.01960.03620.1271-0.00390.0775-11.8912-18.2092-24.0858
61.77040.20930.28061.91440.5491.88520.00670.0276-0.0501-0.0862-0.07920.0846-0.1094-0.2730.0630.10060.01370.00210.1057-0.01360.0722-21.4381-15.9825-14.9638
71.26142.446-0.94666.934-4.87085.11720.0885-0.2038-0.11620.3836-0.1114-0.5187-0.1940.14790.12490.16610.008-0.01250.1282-0.00420.1404-9.8082-13.3268-1.3336
82.45280.7640.48742.49830.64991.86990.0706-0.1964-0.0420.2409-0.11870.0297-0.104-0.35420.03290.13950.01290.01840.1735-0.00990.0698-20.0616-13.1384-0.5811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 32:52)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 53:65)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 66:102)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 103:122)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 123:146)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 147:199)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 200:215)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 216:261)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る