[日本語] English
万見
- PDB-4npr: Crystal Structure of the Family 12 Xyloglucanase from Aspergillus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npr
タイトルCrystal Structure of the Family 12 Xyloglucanase from Aspergillus niveus
要素Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
キーワードHYDROLASE / b-jelly roll / xyloglucan-specific endo-beta-1 / 4-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niveus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cordeiro, R.L. / Santos, C.R. / Furtado, G.P. / Damasio, A.R.L. / Polizeli, M.L.T.M. / Ward, R.J. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Family 12 Xyloglucanase from Aspergillus niveus
著者: Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Furtado, G.P. / Damasio, A.R.L. / Polizeli, M.L.T.M. / Ward, R.J. / Murakami, M.T.
履歴
登録2013年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2714
ポリマ－52,0792
非ポリマー1922
水84747
1
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－26,0401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－26,0401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
ヘテロ分子

B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2714
ポリマ－52,0792
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
Buried area1480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.368, 62.368, 226.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase GH12


分子量: 26039.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niveus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: H6TQN1, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15884 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1450 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VL8

3vl8


解像度: 2.5→48.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 7.821 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.714 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2421 801 5 %RANDOM
Rwork0.18574 ---
obs0.18849 15063 97.14 %-
all-15864 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3331 0 10 47 3388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9154685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.793.0016893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5945438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53625.479146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20615489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.48152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1821.7611758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1791.7591757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9752.6332194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9752.6352195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6351.8441673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5741.8291665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5582.6882479
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5913.7353725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.58713.7333725
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 61 -
Rwork0.275 971 -
obs--89.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る