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- PDB-4npk: Extended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains, calcium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npk
タイトルExtended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains, calcium bound
要素Extended synaptotagmin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / C2 domain / ER to plasma membrane / membrane traffic / protein targeting / Plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / phosphatidylethanolamine binding / calcium-dependent phospholipid binding / lipid transport / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / phosphatidylinositol binding ...endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / phosphatidylethanolamine binding / calcium-dependent phospholipid binding / lipid transport / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane / endocytosis / cadherin binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extended synaptotagmin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.552 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Xu, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure and ca(2+)-binding properties of the tandem c2 domains of e-syt2.
著者: Xu, J. / Bacaj, T. / Zhou, A. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: E-Syts, a family of membranous Ca2+-sensor proteins with multiple C2 domains.
著者: Min, S.W. / Chang, W.P. / Sudhof, T.C.
履歴
登録2013年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3854
ポリマ－34,2651
非ポリマー1203
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.840, 53.194, 85.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Extended synaptotagmin-2 / E-Syt2 / Chr2Syt


分子量: 34265.121 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A and C2B domains / 変異: A512V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ESYT2, extended-synaptotagmin 2, FAM62B, KIAA1228
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0FGR8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6% PEG 8000, 0.1 M Hepes pH 8.0, 0.125 M NaCl, 2.5% glycerol, 0.02 M CaCl2, 0.5 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 12318 / Num. obs: 12318 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 263 / % possible all: 38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4NPJ

4npj


解像度: 2.552→28.986 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.44 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.82 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Used reference model restraints. Reference model was
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2858 604 4.94 %RANDOM
Rwork0.2216 ---
all0.2249 12224 --
obs0.2249 12224 87.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 275.75 Å2 / Biso mean: 133.5576 Å2 / Biso min: 69.44 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.552→28.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 3 4 2185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2053003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.432853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5523-2.80890.417930.315817821875178254
2.8089-3.21490.37911770.323731783355317897
3.2149-4.04870.35771630.254233003463330099
4.0487-28.98790.23171710.185533603531336099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5728-0.9747-0.14641.07440.25660.2878-0.3274-0.4386-0.2296-0.33060.0453-0.24940.36070.1333-0.00010.86710.033-0.03210.9540.06680.8068-27.13541.718831.594
21.05350.43-1.02251.4805-1.37551.3591-0.0256-0.1640.3122-0.16970.43040.03350.0353-0.27710.00010.8112-0.0410.00990.9015-0.10010.9302-23.904811.641530.781
32.1798-0.7921-0.6229-0.39020.30671.5907-0.0375-0.53480.2015-0.1589-0.0453-0.14650.13980.30560.00010.91760.0581-0.00221.00920.02280.9484-11.01389.570624.7056
40.2228-0.0523-0.01170.2089-0.28520.11140.37051.03990.1261-0.11110.03190.10560.97980.2484-01.3310.03350.11581.47080.12571.2516-20.209914.6566-4.2628
5-0.0191-0.49220.1058-0.2351-0.58850.5990.86540.13290.8660.7134-0.34690.4012-0.2849-1.11150.07460.96650.32910.15371.12860.33491.2253-20.415219.90591.5795
60.53370.091-0.4890.0159-0.12790.31480.47710.35770.0213-0.0555-0.0107-0.23190.74110.1086-0.00030.9617-0.14120.14830.9316-0.14760.9995-16.44888.6333-0.1475
71.9857-0.7664-1.6164-1.15470.03710.91130.44380.15440.3472-0.0489-0.0937-0.04-0.270.23390.00031.09060.06490.0570.76670.11890.947-6.424915.38292.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 380 through 439 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 440 through 482 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 483 through 546 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 547 through 569 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 570 through 592 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 593 through 611 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 612 through 659 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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