PDB-4npc: Crystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4npc

タイトル

Crystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase/Reductase Family Protein from Brucella suis

要素

Sorbitol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / reductase / short-chain dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella suis (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Dranow, D.M. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Oxidoreductase, Short-Chain Dehydrogenase/Reductase Family Protein from Brucella suis
著者: Dranow, D.M. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4npc.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4npc.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4npc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4npc_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4npc_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	4npc_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	4npc_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4npc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4npc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4egfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nz9-3 2zsu-3 6oa1-d 2h9v-d 5d0a-2 1qhf-d 7kis-2 4b1i-d 6y1b-d 6d9y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrsuB.00143.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sorbitol dehydrogenase

B: Sorbitol dehydrogenase

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.740, 87.740, 117.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Sorbitol dehydrogenase 分子量: 27498.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: ATCC 23445 / NCTC 10510 / 遺伝子: polS, BSUIS_A1688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0CIA7
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MCSG1(f5): 0.2M Sodium Acetate, 20% PEG-3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→70.19 Å / Num. all: 46707 / Num. obs: 46513 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 29.873 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 29.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		0.493	4.06	23148	3393	99.9
1.8-1.84		0.387	5.27	23563	3286	100
1.84-1.9		0.292	6.9	23201	3242	99.9
1.9-1.96		0.219	9.15	22273	3120	100
1.96-2.02		0.169	11.88	21800	3042	99.8
2.02-2.09		0.133	14.81	21054	2961	99.9
2.09-2.17		0.1	19.11	19993	2804	99.8
2.17-2.26		0.079	23.48	19626	2766	99.9
2.26-2.36		0.064	28.34	18623	2625	99.8
2.36-2.47		0.057	30.81	17974	2541	100
2.47-2.61		0.048	36.04	16812	2386	99.7
2.61-2.77		0.041	40.62	16008	2288	99.7
2.77-2.96		0.035	47.5	14907	2149	99.5
2.96-3.2		0.029	54.93	13799	2000	99.7
3.2-3.5		0.025	62.4	12729	1865	99.5
3.5-3.91		0.023	69.84	11533	1678	99.1
3.91-4.52		0.021	76.08	10172	1490	98.7
4.52-5.53		0.021	75.02	8590	1293	98.7
5.53-7.83		0.021	72.31	6500	1011	97.5
	7.83	0.02	71.42	3097	573	92.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4EGF

4egf

解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.1799 / WR_factor R_work: 0.1448 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 4.029 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1013 / SU R_free: 0.1013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1871	2353	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1487	-	-	-
obs	0.1506	46512	99.58 %	-
all	-	48865	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.25 Å² / B_iso mean: 26.4 Å² / B_iso min: 5.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3614	0	8	387	4009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.962	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.809	3	8543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.092	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.712	25.798	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.819	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.373	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.931	1.354	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.928	1.352	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.391	2.023	2568

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	166	-
R_work	0.203	3224	-
all	-	3390	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4665	0.4967	-0.2181	1.2379	0.0078	0.395	-0.0075	0.0315	-0.1829	-0.0566	-0.0133	-0.294	0.0276	0.0362	0.0208	0.0355	0.0416	0.0303	0.08	-0.02	0.1479	30.8363	-4.0072	24.97
2	1.2861	-0.1873	-0.1555	1.2115	0.3421	0.3372	-0.0418	-0.0762	0.0337	-0.0091	0.0339	-0.1968	0.0155	0.0778	0.008	0.0853	0.0275	0.0019	0.1202	-0.0118	0.055	16.0702	6.049	27.5678
3	6.8788	-0.957	-0.8167	0.7515	2.8035	11.8031	-0.1339	-1.0665	0.3585	-0.0676	0.2652	-0.0799	-0.3587	0.636	-0.1313	0.3205	-0.1433	0.0677	0.4379	-0.1367	0.398	19.7099	3.5439	49.811
4	1.3637	0.1846	-0.4324	0.8155	-0.1687	0.8863	0.046	-0.1804	-0.0777	0.0953	-0.0402	-0.1682	-0.0465	0.0808	-0.0059	0.0809	0.025	-0.0263	0.0912	0.0064	0.0405	12.6762	-6.6637	36.6681
5	1.5079	0.5361	-0.1751	2.4067	0.0847	0.7506	0.0478	0.0878	0.3681	0.0849	0.0551	0.168	0.0055	0.0024	-0.1029	0.0343	-0.0033	0.0175	0.0477	0.0246	0.1668	-5.1982	32.0808	27.4591
6	1.3486	-0.2991	-0.5214	1.1359	0.2182	0.5727	-0.0073	0.0205	0.2203	-0.0298	0.0521	-0.077	0.0438	0.0821	-0.0448	0.0824	0.0068	0.0021	0.0999	0.0012	0.0435	4.522	17.0614	25.6793
7	1.2682	-3.5068	-1.9638	12.4142	2.9709	5.2878	0.3048	0.0717	-0.0239	-0.8977	-0.2382	0.1628	-0.4806	-0.0111	-0.0666	0.3722	-0.0594	0.0513	0.2899	0.0355	0.2662	-3.7606	16.2262	4.6396
8	1.5896	0.4471	0.3067	1.702	0.3892	0.2541	-0.0702	0.2455	0.1516	-0.1904	0.09	0.1012	-0.0239	0.1076	-0.0198	0.13	-0.0097	-0.0141	0.1477	0.0319	0.0558	-9.6838	12.121	20.6131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	97 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	200 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	210 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	99 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	200 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	209 - 257

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