[日本語] English
万見
- PDB-4np4: Clostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB dom... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4np4
タイトルClostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB domains of neutralizing antibody bezlotoxumab
要素
  • Toxin B
  • bezlotoxumab heavy chain
  • bezlotoxumab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / bezlotoxumab / human antibody / FAB / CROP domain / cytotoxin / short repeat / long repeat / TcdB / receptor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. ...TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Orth, P. / Xiao, L. / Hernandez, L.D. / Reichert, P. / Sheth, P. / Beaumont, M. / Murgolo, N. / Ermakov, G. / DiNunzio, E. / Racine, F. ...Orth, P. / Xiao, L. / Hernandez, L.D. / Reichert, P. / Sheth, P. / Beaumont, M. / Murgolo, N. / Ermakov, G. / DiNunzio, E. / Racine, F. / Karczewski, J. / Secore, S. / Ingram, R.N. / Mayhood, T. / Strickland, C. / Therien, A.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanism of Action and Epitopes of Clostridium difficile Toxin B-neutralizing Antibody Bezlotoxumab Revealed by X-ray Crystallography.
著者: Orth, P. / Xiao, L. / Hernandez, L.D. / Reichert, P. / Sheth, P.R. / Beaumont, M. / Yang, X. / Murgolo, N. / Ermakov, G. / DiNunzio, E. / Racine, F. / Karczewski, J. / Secore, S. / Ingram, R. ...著者: Orth, P. / Xiao, L. / Hernandez, L.D. / Reichert, P. / Sheth, P.R. / Beaumont, M. / Yang, X. / Murgolo, N. / Ermakov, G. / DiNunzio, E. / Racine, F. / Karczewski, J. / Secore, S. / Ingram, R.N. / Mayhood, T. / Strickland, C. / Therien, A.G.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin B
H: bezlotoxumab heavy chain
I: bezlotoxumab heavy chain
L: bezlotoxumab light chain
M: bezlotoxumab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,2195
ポリマ－126,2195
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.413, 134.659, 102.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 31657.363 Da / 分子数: 1 / 断片: CROP domain(UNP residues 1834-2099) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium difficile (バクテリア) / 参照: UniProt: P18177
#2: 抗体 bezlotoxumab heavy chain


分子量: 23829.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 bezlotoxumab light chain


分子量: 23450.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→47.365 Å / Num. obs: 44417 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 97.68 Å2
反射 シェル解像度: 2.89→2.9 Å / % possible all: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QEG

3qeg


解像度: 2.89→42.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9281 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9189 / SU R Cruickshank DPI: 0.543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 931 2.1 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.1987 44385 99.37 %-
all-44666 --
原子変位パラメータBiso mean: 74.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6893 Å20 Å2-15.8326 Å2
2--2.0021 Å20 Å2
3----0.3128 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.414 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→42.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8673 0 0 13 8686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018903HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3312122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2883SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes206HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1312HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8903HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1155SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9424SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 76 2.31 %
Rwork0.2648 3216 -
all0.2654 3292 -
obs--99.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る