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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nov | ||||||
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タイトル | Xsa43E, a GH43 family enzyme from Butyrivibrio proteoclasticus | ||||||
要素 | Xylosidase/arabinofuranosidase Xsa43E | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 5 bladed beta-propellor / arabinofuranosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Butyrivibrio proteoclasticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Till, M. / Arcus, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2014 タイトル: Structural analysis of the GH43 enzyme Xsa43E from Butyrivibrio proteoclasticus 著者: Till, M. / Goldstone, D. / Card, G. / Attwood, G.T. / Moon, C.D. / Arcus, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nov.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nov.ent.gz | 62.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nov.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nov_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nov_full_validation.pdf.gz | 445.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nov_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nov_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4nov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4nov | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39596.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Butyrivibrio proteoclasticus (バクテリア) 株: ATCC 51982 / DSM 14932 / B316 / 遺伝子: xsa43E, bpr_I2319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0RYY0, xylan 1,4-beta-xylosidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 20% PEG8000, 0.2M NaCl, 0.1M Phosphate Citrate buffer , pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→56.2 Å / Num. all: 86160 / Num. obs: 82628 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.33→56.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.754 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.882 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→56.08 Å
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拘束条件 |
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