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- PDB-4non: Crystal structure of GDP-bound A143S mutant of the S. thermophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4non
タイトルCrystal structure of GDP-bound A143S mutant of the S. thermophilus FeoB G-domain
要素Ferrous iron uptake transporter protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / G protein / iron transport / GTPase / transmembrane / GTP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guilfoyle, A.P. / Deshpande, C.N. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of a FeoB A143S G5 loop mutant explains the accelerated GDP release rate.
著者: Guilfoyle, A.P. / Deshpande, C.N. / Vincent, K. / Pedroso, M.M. / Schenk, G. / Maher, M.J. / Jormakka, M.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron uptake transporter protein B
B: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8044
ポリマ－57,9182
非ポリマー8862
水1,78399
1
A: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4022
ポリマ－28,9591
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4022
ポリマ－28,9591
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.684, 120.768, 49.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ferrous iron uptake transporter protein B


分子量: 28958.828 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP Residues 1-260 / 変異: A143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: feoB / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5M586
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 27 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日
放射モノクロメーター: SI VORTEX ES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60.384 Å / Num. all: 17501 / Num. obs: 17501 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.823 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.643.40.5051.4876225570.50599.3
2.64-2.83.40.4031.4810524000.40398.9
2.8-2.993.40.272.7769322750.2799.2
2.99-3.233.30.1814.1704821070.18199.5
3.23-3.543.30.1335646319570.13399.3
3.54-3.953.20.0995.6575417710.09999.5
3.95-4.563.20.06410.7493215570.06499.1
4.56-5.592.80.0514.2357212540.0595.7
5.59-7.913.50.05212.5367310410.052100
7.91-49.1713.50.0421420235820.04299.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXrefine精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU B: 11.96 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 890 5.1 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
all0.2112 17477 --
obs0.2112 17477 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.98 Å2 / Biso mean: 35.5556 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å20.44 Å2
2--0.96 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 56 99 4166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0040.0194144
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d0.0010.023988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg0.8761.995644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg0.66139171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg4.6855521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg36.96425.333180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg12.49815726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg14.2411523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0470.2678
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0030.024659
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other0.0010.02876
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 60 -
Rwork0.237 1258 -
all-1318 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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