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- PDB-4noj: Crystal structure of the mature form of asparaginyl endopeptidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4noj
タイトルCrystal structure of the mature form of asparaginyl endopeptidase (AEP)/Legumain activated at pH 3.5
要素Legumain
キーワードHYDROLASE / new fold / asparaginyl endopeptidase / substrate / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking and processing of endosomal TLR / negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / receptor catabolic process / self proteolysis / MHC class II antigen presentation / response to acidic pH / dendritic spine organization ...Trafficking and processing of endosomal TLR / negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / receptor catabolic process / self proteolysis / MHC class II antigen presentation / response to acidic pH / dendritic spine organization / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / protein maturation / endopeptidase activator activity / cellular response to calcium ion / positive regulation of mitotic cell cycle / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / memory / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / apical part of cell / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Legumain, prodomain / Legumain prodomain superfamily / Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhao, L. / Hua, T. / Ru, H. / Ni, X. / Shaw, N. / Jiao, L. / Ding, W. / Qu, L. / Ouyang, S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of asparaginyl endopeptidase reveals the activation mechanism and a reversible intermediate maturation stage.
著者: Zhao, L. / Hua, T. / Crowley, C. / Ru, H. / Ni, X. / Shaw, N. / Jiao, L. / Ding, W. / Qu, L. / Hung, L.W. / Huang, W. / Liu, L. / Ye, K. / Ouyang, S. / Cheng, G. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legumain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9821
ポリマ－29,9821
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.308, 59.579, 96.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Protease / cysteine 1


分子量: 29981.576 Da / 分子数: 1 / 断片: mature protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lgmn, Prsc1 / プラスミド: pFastBac 1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O89017, legumain
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.01 M zinc sulfate, 0.1 M MES, pH 6.7, and 23% PEG 500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8038 / Num. obs: 8038 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.988 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 371 4.62 %RANDOM
Rwork0.2327 ---
obs0.2361 8038 97.01 %-
all-8038 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.371 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.623 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.1868 Å20 Å2
3----4.4363 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 0 23 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9922903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.244779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7996-3.20460.42331060.2982478X-RAY DIFFRACTION96
3.2046-4.03710.2931250.22172552X-RAY DIFFRACTION98
4.0371-47.99550.2621400.2172637X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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