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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4no4 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Galectin-1 L11A mutant | |||||||||
![]() | Galectin-1 | |||||||||
![]() | APOPTOSIS / beta barrel / lactose binding protein / lactose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of erythrocyte aggregation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / galectin complex / lactose binding / response to isolation stress / plasma cell differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / cellular response to organic cyclic compound ...positive regulation of erythrocyte aggregation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / galectin complex / lactose binding / response to isolation stress / plasma cell differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / cellular response to organic cyclic compound / response to axon injury / laminin binding / T cell costimulation / cellular response to glucose stimulus / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / negative regulation of neuron projection development / carbohydrate binding / positive regulation of viral entry into host cell / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dessau, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Galectin-1 L11A mutant 著者: Dessau, M. / Segev, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 477.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 401.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 14699.545 Da / 分子数: 6 / 変異: L11A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose |
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-非ポリマー , 4種, 1300分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4K, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 443997 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.4 Å / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.714 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.399→28.969 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.1583 Å / Origin y: 29.9525 Å / Origin z: 36.553 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |