PDB-4no4: Crystal Structure of Galectin-1 L11A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4no4

タイトル

Crystal Structure of Galectin-1 L11A mutant

要素

Galectin-1

キーワード

APOPTOSIS / beta barrel / lactose binding protein / lactose

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of erythrocyte aggregation / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / galectin complex / lactose binding / response to isolation stress / plasma cell differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / cellular response to organic cyclic compound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.399 Å

データ登録者

Dessau, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Galectin-1 L11A mutant
著者: Dessau, M. / Segev, O.

履歴

登録	2013年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4no4.cif.gz	477.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4no4.ent.gz	401.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4no4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4no4_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4no4_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	4no4_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	4no4_validation.cif.gz	70.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4no4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4no4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2ymz-1 2ymz-2 3ak0-d 2ybq-d 2ybo-d 4l2m-d 6c5d-1 5dg1-1 1gan-d 6m5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

C: Galectin-1

D: Galectin-1

E: Galectin-1

F: Galectin-1

ヘテロ分子

91.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Galectin-1

C: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Galectin-1

ヘテロ分子

B: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Galectin-1

E: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Galectin-1

ヘテロ分子

F: Galectin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.520, 193.830, 108.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-433- HOH
2	1	E-432- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質

Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / Lactose-binding lectin ...

分子量: 14699.545 Da / 分子数: 6 / 変異: L11A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lgals1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11762

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1300分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4K, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 443997 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	最高解像度: 1.4 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1593	精密化
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.399→28.969 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	11363	5.01 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1882	226809	98.19 %
all	-	215489	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.714 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.399→28.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6180	0	187	1289	7656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.479	8978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.201	2385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3991-1.415	0.3094	354	0.3194	6648	X-RAY DIFFRACTION	92
1.415-1.4317	0.3253	393	0.3041	7122	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4317-1.4491	0.292	382	0.2895	7101	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4491-1.4675	0.2792	387	0.2867	7151	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4675-1.4868	0.2758	385	0.2723	7192	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4868-1.5072	0.2855	345	0.268	7171	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5072-1.5287	0.2632	367	0.2525	7199	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5287-1.5515	0.2489	357	0.2369	7174	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5515-1.5758	0.255	385	0.231	7240	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5758-1.6016	0.2365	382	0.2248	7189	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6016-1.6292	0.2375	398	0.2169	7169	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6292-1.6588	0.2331	389	0.2094	7247	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6588-1.6907	0.2067	396	0.2065	7150	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6907-1.7252	0.221	385	0.2104	7236	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7252-1.7627	0.2155	374	0.2049	7247	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7627-1.8037	0.221	388	0.1902	7247	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8037-1.8488	0.1801	382	0.1792	7229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8488-1.8988	0.1809	408	0.1805	7289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8988-1.9547	0.1975	380	0.1806	7231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9547-2.0178	0.1868	393	0.169	7288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.0899	0.1961	397	0.1759	7287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1735	0.1777	347	0.1654	7320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1735-2.2724	0.1899	392	0.1712	7310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2724-2.3921	0.1784	408	0.1742	7317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.5419	0.1793	368	0.1674	7331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5419-2.7381	0.167	383	0.1702	7361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7381-3.0133	0.1765	386	0.1689	7344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0133-3.4488	0.1631	352	0.1598	7261	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4488-4.3427	0.1754	386	0.1601	6875	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3427-28.9754	0.2179	314	0.2152	6520	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.1583 Å / Origin y: 29.9525 Å / Origin z: 36.553 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1372 Å²	-0.0214 Å²	0.0037 Å²	-	0.1728 Å²	0.0073 Å²	-	-	0.1859 Å²
L	-0.011 °²	0.0321 °²	-0.0034 °²	-	0.1352 °²	-0.0623 °²	-	-	0.2488 °²
S	-0.0101 Å °	0.0012 Å °	-0.0029 Å °	-0.0088 Å °	0.0021 Å °	-0.0063 Å °	0.0451 Å °	0.0226 Å °	-0.005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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