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- PDB-4nnk: Structural basis for targeting the ribosomal protein S1 of Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnk
タイトルStructural basis for targeting the ribosomal protein S1 of Mycobacterium tuberculosis by pyrazinamide
要素30S ribosomal protein S1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Yang, J. / Liu, Y. / Cai, Q. / Lin, D.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for targeting the ribosomal protein S1 of Mycobacterium tuberculosis by pyrazinamide.
著者: Yang, J. / Liu, Y. / Bi, J. / Cai, Q. / Liao, X. / Li, W. / Guo, C. / Zhang, Q. / Lin, T. / Zhao, Y. / Wang, H. / Liu, J. / Zhang, X. / Lin, D.
履歴
登録2013年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4101
ポリマ－18,4101
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.445, 55.689, 65.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S1


分子量: 18409.506 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 285-434 / 変異: Y418F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: MTCY01B2.22, rpsA, Rv1630 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WH43
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: magnesium formate, pH 8.5, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→40.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.268 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27073 868 10 %RANDOM
Rwork0.2166 ---
obs0.22205 7800 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.221 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å2-0 Å2
2---1.11 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 0 0 70 1366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.9311784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92732815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.08624.15677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89815229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7791511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.314→2.374 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 59 -
Rwork0.244 520 -
obs--93.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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