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万見
- PDB-4nml: 2.60 Angstrom resolution crystal structure of putative ribose 5-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nml
タイトル2.60 Angstrom resolution crystal structure of putative ribose 5-phosphate isomerase from Toxoplasma gondii ME49 in complex with DL-Malic acid
要素Ribulose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能
: / Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...: / Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / ribose-5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Shanmugam, D. / Shuvalova, L. / Roos, D. / Ruan, J. / Ngo, H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2018
タイトル: CSGID Solves Structures and Identifies Phenotypes for Five Enzymes in Toxoplasma gondii .
著者: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. ...著者: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. / Moulton, J.D. / Moulton, H. / McPhillie, M.J. / Muench, S.P. / Fishwick, C.W.G. / Sabini, E. / Shanmugam, D. / Roos, D.S. / McLeod, R. / Anderson, W.F. / Ngo, H.M.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年1月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9304
ポリマ－29,7251
非ポリマー2053
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribulose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribulose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8608
ポリマ－59,4502
非ポリマー4106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area3340 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.590, 95.590, 112.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-447-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribulose 5-phosphate isomerase


分子量: 29724.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: ME49 / 遺伝子: TGME49_239310 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: S8GQK2, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein at 7.1 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 5 mM BME, crystallization The JCSG+ suite (F8 or #68): 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0, cryo 1:1 (v/v) 50% sucrose and F8, VAPOR ...詳細: protein at 7.1 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 5 mM BME, crystallization The JCSG+ suite (F8 or #68): 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0, cryo 1:1 (v/v) 50% sucrose and F8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月31日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 16774 / Num. obs: 16774 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 44.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 818 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.556 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20477 842 5.1 %RANDOM
Rwork0.16449 ---
obs0.16643 15802 99.84 %-
all-15802 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å2-0 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 11 71 1948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7112.0012619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8134403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3465256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52123.94776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18315326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8191515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02400
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 63 -
Rwork0.258 1134 -
obs-1134 99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77280.67360.07431.45-0.9533.9358-0.12240.33650.0618-0.05260.1028-0.0303-0.64670.32290.01960.1656-0.1361-0.02190.4204-0.09690.152717.083858.19897.1733
21.406-0.10010.00520.9604-0.60666.8607-0.13170.1959-0.222-0.17040.13330.17320.9195-0.0096-0.00160.1506-0.0416-0.00580.2808-0.13970.181411.662240.408816.7612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2A131 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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