PDB-4nmk: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. crystall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nmk

タイトル

Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. crystallized in microgravity (complex with NADP+)

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde oxidation / NADP reduction / intracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Petrova, T. / Boyko, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. crystallized in microgravity (complex with NADP+)
著者: Petrova, T. / Boyko, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.

履歴

登録	2013年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nmk.cif.gz	806.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nmk.ent.gz	669.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nmk_validation.pdf.gz	503.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nmk_full_validation.pdf.gz	526.9 KB	表示
XML形式データ	4nmk_validation.xml.gz	157.4 KB	表示
CIF形式データ	4nmk_validation.cif.gz	230.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h73S 2hg2 2opx 3r64 4dng 4nmj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nmj-4 4nmj-2 4h73-2 3rhd-3 6wsb-d 4h73-1 4go3-2 2y53-d 6pop-2 4v37-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

442 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.811, 185.356, 208.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌) / 遺伝子: P186_1147 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Dlt1270/prare2 参照: UniProt: G7VCG0, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: gel-tube counter-diffusion / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 100 mM imidazole, pH 6.5, 1.6 M sodium acetate trihydrate, crystal grown in a microgravity environment, GEL-TUBE COUNTER-DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.898→29.145 Å / Num. obs: 579728 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 25.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.067

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.898-1.9193	1	22
1.9193-1.9419	1	38
1.9419-1.9656	1	44
1.9656-1.9905	1	51
1.9905-2.0166	1	59
2.0166-2.0443	1	69
2.0443-2.0735	1	79
2.0735-2.1044	1	87
2.1044-2.1373	1	92
2.1373-2.1723	1	95
2.1723-2.2098	1	98
2.2098-2.2499	1	99
2.2499-2.2932	1	99
2.2932-2.34	1	100
2.34-2.3908	1	100
2.3908-2.4464	1	100
2.4464-2.5076	1	100
2.5076-2.5753	1	100
2.5753-2.6511	1	100
2.6511-2.7366	1	100
2.7366-2.8343	1	100
2.8343-2.9477	1	100
2.9477-3.0817	1	100
3.0817-3.244	1	100
3.244-3.447	1	100
3.447-3.7126	1	100
3.7126-4.0854	1	99
4.0854-4.6746	1	99
4.6746-5.8819	1	99
5.8819-29.6329	1	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H73

4h73

解像度: 1.898→29.145 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2214	21754	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1888	-	-	-
all	0.2	434135	-	-
obs	0.1905	433906	87.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→29.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30290	0	384	3088	33762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	31564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	42888
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.44	11637
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	4831
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.898-1.9193	0.2616	171	0.2428	3499	X-RAY DIFFRACTION	22
1.9193-1.9419	0.2921	309	0.2513	5941	X-RAY DIFFRACTION	38
1.9419-1.9656	0.2878	375	0.2483	6935	X-RAY DIFFRACTION	44
1.9656-1.9905	0.2708	401	0.2323	7934	X-RAY DIFFRACTION	51
1.9905-2.0166	0.2778	506	0.2288	9208	X-RAY DIFFRACTION	59
2.0166-2.0443	0.285	572	0.2357	10727	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0443-2.0735	0.2643	626	0.2348	12335	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0735-2.1044	0.2603	695	0.225	13512	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1044-2.1373	0.2718	729	0.2308	14343	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1373-2.1723	0.2559	850	0.2282	14817	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1723-2.2098	0.26	792	0.229	15279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2098-2.2499	0.2464	819	0.2202	15395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2499-2.2932	0.2679	801	0.2192	15543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2932-2.34	0.2722	816	0.2181	15589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.3908	0.2546	820	0.2178	15521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3908-2.4464	0.2579	829	0.2139	15680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4464-2.5076	0.2641	775	0.2118	15671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5076-2.5753	0.2627	838	0.2041	15644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5753-2.651	0.2389	816	0.199	15635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.7366	0.2386	857	0.1988	15622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7366-2.8343	0.237	854	0.1997	15631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8343-2.9477	0.2271	832	0.1982	15651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9477-3.0817	0.2391	831	0.2041	15700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.2439	0.244	823	0.1976	15680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2439-3.4469	0.1995	818	0.1848	15682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.7125	0.2169	859	0.1774	15688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7125-4.0852	0.1812	790	0.1582	15781	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0852-4.6743	0.1712	838	0.1427	15760	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6743-5.8812	0.1791	848	0.1516	15856	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8812-29.1481	0.1752	864	0.1646	15893	X-RAY DIFFRACTION	97

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