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- PDB-4nkq: Structure of a Cytokine Receptor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkq
タイトルStructure of a Cytokine Receptor Complex
要素
  • Cytokine receptor common subunit beta
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / GM-CSF / receptor complex / dodecamer / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Cytokine / Growth factor / Secreted / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / myeloid dendritic cell differentiation / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / myeloid cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / immunoglobulin mediated immune response / embryonic placenta development / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / response to lipopolysaccharide / receptor complex / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site ...IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha / Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Parker, M.W. / Broughton, S.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Conformational Changes in the GM-CSF Receptor Suggest a Molecular Mechanism for Affinity Conversion and Receptor Signaling.
著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Nero, T.L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / Dhagat, U. / Taing, H. / Gorman, M.A. / King-Scott, J. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: The structure of the GM-CSF receptor complex reveals a distinct mode of cytokine receptor activation.
著者: Hansen, G. / Hercus, T.R. / McClure, B.J. / Stomski, F.C. / Dottore, M. / Powell, J. / Ramshaw, H. / Woodcock, J.M. / Xu, Y. / Guthridge, M. / McKinstry, W.J. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年9月23日ID: 3CXE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common subunit beta
C: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
B: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4877
ポリマ－96,6023
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.656, 166.656, 213.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 47258.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32927
#2: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF / Molgramostin / Sargramostim


分子量: 14492.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2, GMCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141
#3: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha / GM-CSF-R-alpha / GMCSFR-alpha / GMR-alpha / CDw116


分子量: 34850.496 Da / 分子数: 1 / Mutation: N346Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RA, CSF2R, CSF2RY
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15509
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
配列の詳細FOR CHAIN B THE IDENTITY OF THE RESIDUES 23-25, 44-50, 68-74 IS UNKNOWN. THESE RESIDUES ARE LISTED ...FOR CHAIN B THE IDENTITY OF THE RESIDUES 23-25, 44-50, 68-74 IS UNKNOWN. THESE RESIDUES ARE LISTED AS UNK (UNKNOWN RESIDUE). THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS: MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEKSDLRTVAPASSLNVRFDSRTMNLSWDCQENTTFSKCF LTDKKNRVVEPRLSNNECSCTFREICLHEGVTFEVHVNTSQRGFQQKLLYPNSGREGTAAQ NFSCFIYNADLMNCTWARGPTAPRDVQYFLYIRNSKRRREIRCPYYIQDSGTHVGCHLDNL SGLTSRNYFLVNGTSREIGIQFFDSLLDTKKIERFNPPSNVTVRCNTTHCLVRWKQPRTYQ KLSYLDFQYQLDVHRKNTQPGTENLLINVSGDLENRYNFPSSEPRAKHSVKIRAADVRILN WSSWSEAIEFGSDDGNLGSVYIYVLLIVGTLVCGIVLGFLFKRFLRIQRLFPPVPQIKDKL NDNHEVEDEIIWEEFTPEEGKGYREEVLTVKEIT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.19 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→36.08 Å / Num. obs: 26765 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル解像度: 3.2→3.48 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.301→36.082 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 1348 5.04 %
Rwork0.2293 --
obs0.2315 26763 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→36.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5650 0 56 0 5706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7677951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.922147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3011-3.4190.38081330.33032479X-RAY DIFFRACTION100
3.419-3.55580.31851320.26652505X-RAY DIFFRACTION100
3.5558-3.71750.27661420.24242478X-RAY DIFFRACTION100
3.7175-3.91330.32521280.25352510X-RAY DIFFRACTION100
3.9133-4.15810.26441310.21972522X-RAY DIFFRACTION100
4.1581-4.47860.25461300.1952519X-RAY DIFFRACTION100
4.4786-4.92830.21871380.1832552X-RAY DIFFRACTION100
4.9283-5.63910.24071450.19832555X-RAY DIFFRACTION100
5.6391-7.09580.30361370.26132602X-RAY DIFFRACTION100
7.0958-36.08420.27361320.23512693X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.7821 Å / Origin y: -45.5912 Å / Origin z: -32.3813 Å
111213212223313233
T0.5722 Å20.0516 Å2-0.0683 Å2-0.9332 Å20.112 Å2--0.7065 Å2
L0.7745 °2-0.1451 °2-0.7998 °2-1.131 °2-0.0369 °2--1.7719 °2
S0.0177 Å °0.2691 Å °0.0647 Å °0.249 Å °0.2258 Å °0.6201 Å °0.0382 Å °-0.7315 Å °-0.2555 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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