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万見
- PDB-4nkj: Structure of influenza B virus hemagglutinin at membrane fusion pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkj
タイトルStructure of influenza B virus hemagglutinin at membrane fusion pH
要素Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN / HA
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4535 Å
データ登録者Ni, F. / Chen, X. / Shen, J. / Wang, Q.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the membrane fusion mechanism mediated by influenza virus hemagglutinin.
著者: Ni, F. / Chen, X. / Shen, J. / Wang, Q.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2111
ポリマ－17,2111
非ポリマー00
水48627
1
A: Hemagglutinin HA2

A: Hemagglutinin HA2

A: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6343
ポリマ－51,6343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.180, 48.180, 354.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 17211.225 Da / 分子数: 1 / 断片: Hemagglutinin HA2 (UNP Residues 392-541) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DRP1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→37.76 Å / Num. all: 6281 / Num. obs: 5617 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.21 / Num. unique all: 615 / % possible all: 94.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4535→37.758 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 264 4.71 %random
Rwork0.2549 ---
obs0.2556 5609 89.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.41 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2278 Å20 Å20 Å2
2--3.2278 Å20 Å2
3----6.4555 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4535→37.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 0 27 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.811472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.832412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4535-3.09090.2951320.24672737X-RAY DIFFRACTION94
3.0909-37.76260.25771320.25822608X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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