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- PDB-4nk7: Crystal Structure of the D. melanogaster Plk4 cryptic polo box (CPB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nk7
タイトルCrystal Structure of the D. melanogaster Plk4 cryptic polo box (CPB)
要素Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードTRANSFERASE / cryptic polo box / Plk4 targeting / rocentrioles / asterless N-terminus / centrosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytial blastoderm mitotic cell cycle / sperm axoneme assembly / regulation of centriole replication / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / regulation of protein stability / positive regulation of protein catabolic process ...syncytial blastoderm mitotic cell cycle / sperm axoneme assembly / regulation of centriole replication / polo kinase / male meiotic nuclear division / centrosome cycle / centriole replication / centriole / regulation of protein stability / positive regulation of protein catabolic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK4
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.233 Å
データ登録者Dong, G. / Lesigang, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the C. elegans ZYG-1 Cryptic Polo Box Suggests a Conserved Mechanism for Centriolar Docking of Plk4 Kinases.
著者: Shimanovskaya, E. / Viscardi, V. / Lesigang, J. / Lettman, M.M. / Qiao, R. / Svergun, D.I. / Round, A. / Oegema, K. / Dong, G.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4981
ポリマ－25,4981
非ポリマー00
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9972
ポリマ－50,9972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_557x-y,-y,-z+21
Buried area1570 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
2
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9934
ポリマ－101,9934
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_557x-y,-y,-z+21
crystal symmetry operation11_657-x+y+1,y,-z+21
Buried area4710 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area48950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.207, 132.207, 134.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase SAK


分子量: 25498.285 Da / 分子数: 1 / 断片: cryptic polo box, UNP residues 383-601 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG7186, D. melanogaster Plk4 (residues 383-601), SAK
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O97143, polo kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES-NaOH (pH 7.0), 2.5 M NaCl, 2 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→50 Å / Num. all: 11619 / Num. obs: 11543 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 41.8 %
反射 シェル解像度: 3.23→3.43 Å / 冗長度: 41.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique all: 73134 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G7N

4g7n


解像度: 3.233→19.875 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 34.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 2076 9.98 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
obs0.2426 11527 99.5 %-
all-20915 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.233→19.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 0 0 0 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0592353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.83677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.233-3.30790.55771260.50221165X-RAY DIFFRACTION94
3.3079-3.39020.38951450.42581265X-RAY DIFFRACTION100
3.3902-3.48140.37831390.36411245X-RAY DIFFRACTION100
3.4814-3.58330.33251360.33051254X-RAY DIFFRACTION100
3.5833-3.69820.32881420.31061253X-RAY DIFFRACTION100
3.6982-3.82950.30431380.27971255X-RAY DIFFRACTION100
3.8295-3.98160.25621410.25961248X-RAY DIFFRACTION100
3.9816-4.16130.27551290.23761268X-RAY DIFFRACTION100
4.1613-4.37840.2881390.20561245X-RAY DIFFRACTION100
4.3784-4.64950.18631440.18551246X-RAY DIFFRACTION100
4.6495-5.00320.221360.20191264X-RAY DIFFRACTION100
5.0032-5.4970.24471390.21751253X-RAY DIFFRACTION100
5.497-6.27040.29241400.21781267X-RAY DIFFRACTION100
6.2704-7.81920.29581400.24351257X-RAY DIFFRACTION100
7.8192-19.87550.21371420.21241249X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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