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- PDB-4njg: Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4njg
タイトルCrystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in complex with AdoMet and 6-carboxypterin
要素7-carboxy-7-deazaguanine synthase
キーワードLYASE / AdoMet radical enzyme / modified partial TIM barrel-like structure / radical SAM fold / radical AdoMet fold / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / queuosine biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
7-carboxy-7-deazaguanine synthase, Cx14CxxC-type / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase-like / : / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-CARBOXYPTERIN / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Fe-SAD / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism.
著者: Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
履歴
登録2013年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6028
ポリマ－50,6872
非ポリマー1,9146
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.956, 118.956, 101.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE


分子量: 25343.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: queE, Bmul_3115, BMULJ_00116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9AC61, UniProt: A0A0H3KB22*PLUS, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-HHS / 6-CARBOXYPTERIN / 2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-6-carboxylic acid / プテリン-6-カルボン酸


分子量: 207.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5N5O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: anaerobic, 2.0 M sodium dipotassium phosphate, pH 6.8, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→47.2 Å / Num. all: 22950 / Num. obs: 22950 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.598→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Fe-SAD / 解像度: 2.598→47.164 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1145 5 %
Rwork0.1826 --
obs0.184 22885 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→47.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 100 104 3444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6024694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9271282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5979-2.71610.28771500.26712662X-RAY DIFFRACTION99
2.7161-2.85930.29281260.24942669X-RAY DIFFRACTION98
2.8593-3.03840.30951380.24272687X-RAY DIFFRACTION100
3.0384-3.27290.26171320.22622730X-RAY DIFFRACTION100
3.2729-3.60220.21141590.19322651X-RAY DIFFRACTION98
3.6022-4.12310.18161420.15712745X-RAY DIFFRACTION100
4.1231-5.19370.15761520.13222735X-RAY DIFFRACTION99
5.1937-47.17170.19921460.17622861X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62610.30991.55881.09240.31330.63820.0286-0.96040.37460.3632-0.24210.3726-0.1235-0.57720.17980.4360.04110.04030.7599-0.10920.4087-11.708785.460527.6953
26.55093.77716.66583.77921.86568.97890.1569-1.028-0.08740.6695-0.31850.44480.6835-0.53790.23390.47660.06150.13560.8174-0.10810.5997-21.721679.12227.8093
30.18260.39750.43842.94820.85633.7178-0.1599-1.39850.69790.6411-0.03140.0348-0.3175-0.41180.12610.58410.02180.00250.9248-0.25760.4536-8.607392.133333.3123
41.13390.77372.07910.65681.14165.1619-0.3851-0.70.8120.1816-0.10750.276-0.5689-0.25920.48480.47980.1058-0.06580.6326-0.28370.6388-14.590695.889922.091
50.3705-1.5365-0.00899.0017-0.97844.24330.0557-0.17940.035-0.0903-0.16940.3992-0.3494-0.21740.10860.23430.0314-0.04380.3809-0.09420.4333-14.736486.58778.3818
69.40596.1133-7.74438.3943-0.61362.0216-0.78690.4956-1.23320.71260.2688-1.15760.06580.08010.52590.360.0646-0.11830.4004-0.130.588-8.890474.75715.7019
74.1385-1.87611.19133.0518-4.07529.3490.14310.0168-0.16550.05860.02970.28240.11380.0662-0.15210.2742-0.03190.00410.2672-0.07910.4728-5.563381.662710.5742
87.20251.23552.40581.7623-0.27523.06230.03880.3844-0.0235-0.08540.0423-0.2706-0.13880.6529-0.06360.3519-0.0191-0.01060.5205-0.06410.363512.463383.61061.5884
94.1814-0.58692.90994.9636-2.07267.83940.23160.9955-0.5713-0.6232-0.1286-0.48170.55210.7897-0.07090.41690.04180.09520.6823-0.18030.555421.385277.99080.821
103.95650.25172.34142.6580.74813.782-0.10140.87840.2548-0.52540.15040.0179-0.44080.3783-0.06490.4497-0.03290.01080.63150.05730.34811.704192.1117-1.7603
112.0216-7.44674.03988.3647-7.02146.9938-0.2793-0.20991.22460.5347-0.4988-1.0828-0.60650.590.60980.3795-0.051-0.13040.4294-0.03190.591712.791596.35767.666
125.51341.97180.79187.223-2.83034.666-0.0271-0.17260.04980.4685-0.09-0.3359-0.43710.04940.12610.2620.0121-0.05280.2988-0.08010.328417.182988.360719.176
132.09061.8756-8.66777.2845.23117.6439-0.5853-0.9975-1.39210.06630.38561.03340.7318-0.2401-0.01010.3925-0.0246-0.21660.44770.07260.62239.916373.672523.1542
144.41922.09144.25957.09064.14075.3368-0.0155-0.3032-0.3296-0.10410.05970.2134-0.1505-0.20860.03980.3028-0.00030.05560.4322-0.040.43756.0981.494118.9095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:65)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 66:99)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 100:147)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 148:179)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 180:189)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 190:210)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 2:36)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 37:68)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 69:124)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 125:132)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 133:176)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 177:189)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 190:210)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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