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万見
- PDB-4ni9: Crystal structure of human interleukin 6 in complex with a modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ni9
タイトルCrystal structure of human interleukin 6 in complex with a modified nucleotide aptamer (SOMAMER SL1025), FORM 2
要素
  • Interleukin-6
  • SOMAmer SL1025
キーワードCYTOKINE/DNA / SELEX / SOMAMER / CYTOKINE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / germinal center B cell differentiation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of acute inflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / positive regulation of translation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to activity / cytokine activity / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interleukin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Davies, D. / Edwards, T. / Gelinas, A. / Jarvis, T. / Clifton, M.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of interleukin-6 in complex with a modified nucleic Acid ligand.
著者: Gelinas, A.D. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Rohloff, J.C. / Carter, J.D. / Zhang, C. / Gupta, S. / Ishikawa, Y. / Hirota, M. / Nakaishi, Y. / Jarvis, T.C. / Janjic, N.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32016年6月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SOMAmer SL1025
A: Interleukin-6
C: Interleukin-6
D: SOMAmer SL1025
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1266
ポリマ－65,0804
非ポリマー462
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.020, 69.020, 108.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A14 - 184
2116C14 - 184
1126B1 - 32
2126D1 - 32

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細BIOMOLECULE: NULL SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. REMARK: MONOMER

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要素

#1: DNA鎖 SOMAmer SL1025


分子量: 11402.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 21137.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6, IFNB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05231
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 31% PEG 3350, 90 mM Magnesium Sulfate, 90 mM Sodium Acetate (pH 5.5) 100 mM LiCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.03318 / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 18817 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 67.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.61
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: first crystal form

解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 24.026 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 963 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 18789 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.36 Å20 Å20 Å2
2--7.36 Å20 Å2
3----14.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 1538 2 22 3793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8452.4465659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7985286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.11824.1392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89715394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5151515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3721.51456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69522310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94132527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4934.53349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1073loose positional0.465
22C769loose positional0.415
11B1073loose thermal1.3910
22D769loose thermal2.7410
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 69 -
Rwork0.252 1291 -
obs--97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0944-0.4514-1.27872.52980.48034.2602-0.04320.0969-0.109-0.1613-0.12150.13120.1168-0.38450.16470.1244-0.02680.01130.0426-0.0220.1489-2.891221.69398.0848
21.78561.914-0.09132.3282-0.65741.66280.0544-0.129-0.3909-0.184-0.2326-0.46720.32770.31220.17820.20060.05810.06420.06950.0320.293313.950917.3956.3367
32.4488-0.24940.70571.8553-0.63794.71160.0053-0.20530.17940.1709-0.1364-0.076-0.3869-0.11480.13120.1221-0.0551-0.07650.05480.02720.185413.374951.9414.2202
41.17591.2186-1.57783.5182-1.71651.8863-0.039-0.1656-0.1495-0.0809-0.1489-0.53940.03030.18930.1880.0543-0.0434-0.0330.14190.11630.275326.511139.00816.0717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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