PDB-4nhy: Crystal structure of human OGFOD1, 2-oxoglutarate and iron-depend...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nhy

タイトル

Crystal structure of human OGFOD1, 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain containing 1, in complex with pyridine-2,4-dicarboxylic acid (2,4-PDCA)

要素

2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

キーワード

Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Jelly-roll fold / translation / ribosome / double-stranded beta helix / oxygen sensing / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-proline hydroxylation / peptidyl-proline 3-dioxygenase activity / protein hydroxylation / peptidyl-proline dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / regulation of translational termination / L-ascorbic acid binding / Protein hydroxylation / stress granule assembly / cytoplasmic stress granule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Horita, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Ribosomal Oxygenase OGFOD1 Provides Insights into the Regio- and Stereoselectivity of Prolyl Hydroxylases.
著者: Horita, S. / Scotti, J.S. / Thinnes, C. / Mottaghi-Taromsari, Y.S. / Thalhammer, A. / Ge, W. / Aik, W. / Loenarz, C. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A.

履歴

登録	2013年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nhy.cif.gz	778.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nhy.ent.gz	647 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nhy_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nhy_full_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示
XML形式データ	4nhy_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	4nhy_validation.cif.gz	82.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nhkC 4nhlC 4nhmC 4nhxC 3kt7S 4nhn PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5je2-d 5u0z-d 6fe2-3 4n6f-d 6l4b-3 6l4h-2 5u10-d 6qut-2 1ad4-d 4y7f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

B: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

C: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

D: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

263 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.8 kDa, 1 ポリマー
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5

A: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

B: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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6

D: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

C: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.680, 130.473, 175.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1 / Termination and polyadenylation 1 homolog 分子量: 65499.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGFOD1, KIAA1612, TPA1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N543, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q8N543, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PD2 / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / 2,4-ピリジンジカルボン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 mM MnCl2, 2.0 mM PD2, 20% (w/v) PEG 6000, 100 mM HEPES buffer and 200 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 77000 / Num. obs: 76983 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	5.5	0.913	1.92	1	100
2.69-2.8	5.5	0.675	2.72	1	100
2.8-2.93	5.3	0.472	4.05	1	100
2.93-3.08	5.5	0.318	5.51	1	100
3.08-3.28	5.6	0.216	8.04	1	100
3.28-3.53	5.4	0.136	10.4	1	100
3.53-3.88	5.7	0.094	14	1	100
3.88-4.45	5.4	0.071	18.6	1	100
4.45-5.6	5.4	0.06	21.5	1	100
5.6-50	5.2	0.049	21.3	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
GDA		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3KT7

3kt7

解像度: 2.603→48.238 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	2000	2.6 %	Random
R_work	0.1904	-	-	-
obs	0.1913	76901	99.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.7747 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→48.238 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15066	0	70	83	15219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2867	133	-
R_work	0.2672	-	-
obs	-	-	94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1492	-0.5618	-1.3903	7.7867	-1.746	1.9903	0.159	0.9784	0.6979	-1.3234	-0.1032	0.4294	-0.8545	-0.071	0.002	0.5986	0.1037	-0.0126	0.56	0.1929	0.5071	-15.1199	59.2286	-74.789
2	2.4835	-0.3517	1.9835	6.1993	1.5057	6.6099	0.3684	0.2507	-0.1084	-0.4928	-0.2729	-0.0221	1.0894	-0.1674	-0.0578	0.3181	0.0206	0.0784	0.3867	0.0255	0.3001	-11.7887	33.6015	-68.4736
3	1.5317	0.1381	-0.4145	2.9105	-1.2518	6.4685	0.1163	0.3264	0.1128	-0.4006	-0.1036	-0.2651	0.0198	0.4429	-0.0251	0.2706	0.0497	-0.0145	0.386	0.0533	0.3042	-7.3482	44.368	-71.3009
4	4.008	1.4853	1.8094	4.2088	0.7302	7.6716	-0.0314	-0.0846	0.591	0.0942	-0.1156	0.3998	-0.6487	-0.2692	0.1127	0.244	0.0507	0.04	0.1961	0.0467	0.353	-13.9747	51.634	-58.8548
5	-0.0621	0.0277	-0.0165	-0.5987	-1.5222	6.9565	0.1059	0.2	0.1142	0.2268	-0.0867	0.0234	-0.5673	0.9324	0.1166	0.4435	0.0884	-0.0175	0.2637	-0.0285	0.4561	-5.5289	46.5978	-53.1881
6	9.3848	-2.8495	-0.3114	4.7412	-1.1935	4.5432	-0.0787	-0.4526	-0.2232	0.4444	0.1546	0.1268	0.3013	0.1306	-0.0998	0.3131	-0.0584	-0.0643	0.1852	-0.0192	0.2132	-6.3392	26.892	-21.7814
7	1.1045	-0.5644	0.1359	2.1122	-1.8252	8.2885	-0.0816	-0.1908	0.2235	0.3272	0.1273	0.1599	-0.9737	0.0267	-0.1093	0.3381	-0.0603	-0.024	0.2354	-0.0559	0.3332	-13.1583	45.005	-29.1116
8	7.8488	-2.8964	4.6793	2.1078	6.7191	2.1729	-0.2291	0.3792	0.204	-0.1114	0.4295	-0.6372	-0.1927	0.7935	-0.3071	0.4138	-0.0313	0.0107	0.338	0.0601	0.2564	6.7076	33.057	-20.0858
9	4.2042	-1.8523	3.6081	1.2758	0.0446	8.5112	0.0332	0.2658	0.1454	0.064	-0.0472	-0.0768	0.0552	0.3984	0.0136	0.305	0.0084	0.0146	0.1517	0.0065	0.2435	-7.6691	37.4193	-38.1173
10	2.2374	2.3039	2.3658	2.9295	-7.2782	2.3486	-0.2734	1.1518	-0.1273	-0.6388	0.1465	-0.4157	1.1212	-0.041	0.8797	0.47	-0.0405	0.0878	0.394	-0.0988	0.4247	-2.5386	30.2646	-42.3047
11	7.0622	-2.2889	4.9257	1.9215	0.2193	8.0507	0.1305	-0.1605	-0.396	-0.1124	-0.0416	0.1777	0.0582	-0.3937	-0.1012	0.4121	-0.0391	0.0202	0.0644	0.0431	0.2682	-10.0096	34.569	-37.7342
12	5.5002	-1.6354	-0.1329	1.3943	3.0061	2.5052	-0.1812	1.3841	0.4618	-1.1481	0.3777	0.1345	-0.0025	-0.4832	-0.2376	0.8031	-0.1507	0.0201	0.7048	0.1419	0.4335	-29.7204	58.6118	-52.3651
13	1.6454	-0.1829	-0.6317	3.4813	-1.6639	7.2717	0.1227	0.5732	0.8217	-0.2942	0.4325	0.5485	-1.4036	-1.0235	-0.513	0.6225	0.0796	0.0541	0.6155	0.2688	0.8019	-37.4074	71.1542	-38.1823
14	2.2497	0.7629	-0.6885	4.8373	-0.5868	7.0254	-0.1724	0.282	0.1963	-0.2945	0.2712	0.1088	-0.0613	0.1264	-0.0942	0.2741	-0.0279	0.0546	0.3191	0.0528	0.2887	-31.2518	56.5561	-34.7252
15	0.2732	1.493	-1.5606	3.8564	-4.7383	7.618	-0.1919	0.3129	0.1339	-0.5081	0.4984	0.3142	0.4836	-0.9015	-0.3696	0.3505	0.1157	0.0982	0.4879	-0.0158	0.4269	-37.8645	52.7169	-27.6215
16	3.5342	-1.687	-2.9418	3.6174	0.698	5.3098	0.0269	-0.4942	-0.0249	0.2894	0.047	-0.1286	0.2078	0.6856	-0.0708	0.3634	-0.0334	-0.053	0.3882	-0.0018	0.2807	-35.2625	44.5388	8.1963
17	1.5217	1.1003	-1.3495	2.021	-3.2638	8.1393	-0.0823	-0.0121	-0.2501	-0.2476	-0.1816	-0.3668	1.0315	0.757	0.2102	0.405	0.0866	0.0493	0.343	-0.0191	0.3389	-29.143	37.5191	-9.7708
18	9.4258	-0.3509	-5.4413	2.1197	-3.4212	5.2534	-0.0153	0.0695	-0.13	-0.3244	-0.0137	0.5678	0.4696	-0.4412	0.0489	0.3828	-0.0392	0.0108	0.2956	-0.0176	0.2009	-48.3508	38.1606	5.4825
19	4.578	1.5455	-3.6753	6.0766	-3.684	7.3113	0.228	0.2126	0.3975	0.0725	0.1457	0.2559	-0.4073	-0.2596	-0.3254	0.3512	0.0296	0.0624	0.2898	-0.0228	0.2396	-36.4956	51.1038	-9.8531
20	5.1692	3.2	-4.1476	7.1367	-2.4026	6.587	0.2999	-0.3444	0.0004	0.103	-0.296	-0.5205	-0.4217	0.591	-0.0003	0.3586	0.0273	-0.0285	0.3213	-0.0363	0.2066	-32.6643	50.8331	-8.4515
21	5.1654	-2.3684	-3.5405	5.1965	1.6388	2.7855	-0.1584	-0.873	0.3864	0.8808	-0.2011	0.8205	-0.5069	-1.9019	0.3741	0.7223	0.1436	0.1536	0.8708	-0.1411	0.5308	-33.1835	14.9085	-19.5603
22	1.0938	0.0537	0.0035	1.1906	1.0307	5.6186	-0.0764	-0.1164	-0.211	0.3575	-0.172	0.2021	0.5905	-0.7971	0.2112	0.4603	-0.1035	0.0957	0.3309	-0.0408	0.3547	-22.7047	3.2421	-29.8815
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25	2.3591	0.4013	0.9602	4.1713	2.3327	4.842	0.1402	-0.1849	-0.2787	0.3537	-0.2751	0.2831	0.4901	-0.5471	0.1199	0.2928	-0.0594	0.052	0.3277	-0.0334	0.2637	-15.699	-5.868	-58.2291
26	2.2709	1.2339	1.1964	4.8708	2.7945	5.1217	0.0326	0.13	0.0005	0.3755	-0.0343	0.1532	0.1108	-0.0648	0.0111	0.186	0.0601	0.0398	0.2431	-0.0108	0.2206	-13.0982	-0.5508	-56.809
27	2.7534	-0.0969	3.4718	4.5363	2.3808	5.5792	0.3686	-1.1205	-0.0137	1.5603	-0.4329	-0.3622	-0.6997	0.7175	0.1018	0.9935	-0.4223	-0.1223	1.4232	0.2388	0.6041	-54.7507	23.7447	-29.424
28	3.1834	1.3721	-2.0035	2.6779	-1.4263	5.0709	0.3844	-0.6544	0.1332	0.319	-0.4186	-0.0074	-0.6115	0.6209	0.0409	0.5188	-0.2578	-0.0425	0.6964	0.134	0.4376	-60.8224	25.3952	-45.6506
29	3.5834	2.4068	-5.2464	0.5023	-2.4059	5.7632	1.0116	-0.7097	0.4	0.5753	-0.5636	-0.0025	-0.9482	0.9038	-0.5251	0.6336	-0.1383	-0.0629	0.9247	0.2268	0.5793	-51.2271	32.2614	-54.5054
30	8.5413	-3.411	0.7921	6.7526	-1.4942	4.8218	-0.258	0.1226	-0.4337	-0.5609	-0.0764	-0.5035	0.8245	0.7983	0.3125	0.5409	0.0593	0.1186	0.4612	0.0888	0.4012	-43.2369	32.5283	-90.3812
31	1.5028	1.4882	0.3919	2.4455	-1.8908	3.6554	0.1836	-0.6513	-0.7123	0.1226	-0.5663	-0.6735	0.4358	1.1212	0.3073	0.5272	0.1124	0.0582	0.9147	0.3672	0.6248	-35.5938	31.4663	-76.2121
32	4.3379	2.6313	-1.8506	7.4298	-4.6717	6.0148	-0.0342	-0.5364	-0.4433	0.1397	-0.2851	-0.1459	0.3809	0.1094	0.2933	0.3254	-0.0108	0.0227	0.5285	0.1072	0.3011	-47.8678	31.5906	-73.9384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 72 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 101 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 175 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 220 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 258 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 312 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 313 through 349 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 350 through 433 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 434 through 478 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 479 through 499 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 500 through 542 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 24 through 72 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 146 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 147 through 220 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 221 through 258 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 259 through 313 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 314 through 349 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 350 through 433 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 434 through 499 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 500 through 542 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 24 through 72 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 73 through 258 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 259 through 311 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 312 through 361 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 362 through 499 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 500 through 542 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 24 through 72 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 73 through 220 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 221 through 258 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 259 through 312 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 313 through 361 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 362 through 542 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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