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万見
- PDB-4nhg: Crystal Structure of 2G12 IgG Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhg
タイトルCrystal Structure of 2G12 IgG Dimer
要素
  • 2G12 IgG dimer heavy chain
  • 2G12 IgG dimer light chain
  • Hepatitis B virus receptor binding protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig fold / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis B virus receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.001 Å
データ登録者Wu, Y. / West Jr., A.P. / Kim, H.J. / Thornton, M.E. / Ward, A.B. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Structural basis for enhanced HIV-1 neutralization by a dimeric immunoglobulin G form of the glycan-recognizing antibody 2G12.
著者: Wu, Y. / West, A.P. / Kim, H.J. / Thornton, M.E. / Ward, A.B. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Structure summary
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2G12 IgG dimer heavy chain
B: 2G12 IgG dimer light chain
C: 2G12 IgG dimer light chain
D: 2G12 IgG dimer heavy chain
E: 2G12 IgG dimer heavy chain
F: 2G12 IgG dimer light chain
G: 2G12 IgG dimer light chain
I: 2G12 IgG dimer heavy chain
J: Hepatitis B virus receptor binding protein
N: Hepatitis B virus receptor binding protein
X: Hepatitis B virus receptor binding protein
Y: Hepatitis B virus receptor binding protein
H: 2G12 IgG dimer heavy chain
K: 2G12 IgG dimer light chain
L: 2G12 IgG dimer light chain
M: 2G12 IgG dimer heavy chain
O: Hepatitis B virus receptor binding protein
P: Hepatitis B virus receptor binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,31618
ポリマ－437,31618
非ポリマー00
水00
1
A: 2G12 IgG dimer heavy chain
B: 2G12 IgG dimer light chain
C: 2G12 IgG dimer light chain
D: 2G12 IgG dimer heavy chain
X: Hepatitis B virus receptor binding protein
Y: Hepatitis B virus receptor binding protein

A: 2G12 IgG dimer heavy chain
B: 2G12 IgG dimer light chain
C: 2G12 IgG dimer light chain
D: 2G12 IgG dimer heavy chain
X: Hepatitis B virus receptor binding protein
Y: Hepatitis B virus receptor binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,54412
ポリマ－291,54412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
2
E: 2G12 IgG dimer heavy chain
F: 2G12 IgG dimer light chain
G: 2G12 IgG dimer light chain
I: 2G12 IgG dimer heavy chain
J: Hepatitis B virus receptor binding protein
N: Hepatitis B virus receptor binding protein
H: 2G12 IgG dimer heavy chain
K: 2G12 IgG dimer light chain
L: 2G12 IgG dimer light chain
M: 2G12 IgG dimer heavy chain
O: Hepatitis B virus receptor binding protein
P: Hepatitis B virus receptor binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,54412
ポリマ－291,54412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)246.250, 246.250, 657.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain L and (resseq 2:212 )
21chain K and (resseq 2:212 )
31chain C and (resseq 2:212 )
41chain B and (resseq 2:212 )
51chain G and (resseq 2:212 )
61chain F and (resseq 2:212 )
12chain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
22chain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
32chain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
42chain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
52chain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
62chain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...
13chain X and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
23chain Y and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
33chain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
43chain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
53chain O and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
63chain P and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALGLYGLYchain L and (resseq 2:212 )LO2 - 2121 - 211
211VALVALGLYGLYchain K and (resseq 2:212 )KN2 - 2121 - 211
311VALVALGLYGLYchain C and (resseq 2:212 )CC2 - 2121 - 211
411VALVALGLYGLYchain B and (resseq 2:212 )BB2 - 2121 - 211
511VALVALGLYGLYchain G and (resseq 2:212 )GG2 - 2121 - 211
611VALVALGLYGLYchain F and (resseq 2:212 )FF2 - 2121 - 211
112GLUGLUTHRTHRchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM1 - 1261 - 126
122ALAALAASPASPchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM135 - 154135 - 154
132VALVALLEULEUchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM162 - 169162 - 169
142SERSERLEULEUchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM171 - 180171 - 180
152SERSERGLYGLYchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM182 - 200182 - 200
162ILEILEGLUGLUchain H and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...HM205 - 222205 - 222
212GLUGLUTHRTHRchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP1 - 1261 - 126
222ALAALAASPASPchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP135 - 154135 - 154
232VALVALLEULEUchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP162 - 169162 - 169
242SERSERLEULEUchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP171 - 180171 - 180
252SERSERGLYGLYchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP182 - 200182 - 200
262ILEILEGLUGLUchain M and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...MP205 - 222205 - 222
312GLUGLUTHRTHRchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA1 - 1261 - 126
322ALAALAASPASPchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA135 - 154135 - 154
332VALVALLEULEUchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA162 - 169162 - 169
342SERSERLEULEUchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA171 - 180171 - 180
352SERSERGLYGLYchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA182 - 200182 - 200
362ILEILEGLUGLUchain A and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...AA205 - 222205 - 222
412GLUGLUTHRTHRchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD1 - 1261 - 126
422ALAALAASPASPchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD135 - 154135 - 154
432VALVALLEULEUchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD162 - 169162 - 169
442SERSERLEULEUchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD171 - 180171 - 180
452SERSERGLYGLYchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD182 - 200182 - 200
462ILEILEGLUGLUchain D and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...DD205 - 222205 - 222
512GLUGLUTHRTHRchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE1 - 1261 - 126
522ALAALAASPASPchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE135 - 154135 - 154
532VALVALLEULEUchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE162 - 169162 - 169
542SERSERLEULEUchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE171 - 180171 - 180
552SERSERGLYGLYchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE182 - 200182 - 200
562ILEILEGLUGLUchain E and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...EE205 - 222205 - 222
612GLUGLUTHRTHRchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH1 - 1261 - 126
622ALAALAASPASPchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH135 - 154135 - 154
632VALVALLEULEUchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH162 - 169162 - 169
642SERSERLEULEUchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH171 - 180171 - 180
652SERSERGLYGLYchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH182 - 200182 - 200
662ILEILEGLUGLUchain I and (resseq 1:126 or resseq 135:154 or resseq...IH205 - 222205 - 222
113PROPROHISHISchain X and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )XK238 - 2851 - 48
123ALAALAARGARGchain X and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )XK287 - 29250 - 55
133ARGARGLEULEUchain X and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )XK301 - 44364 - 206
213PROPROHISHISchain Y and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )YL238 - 2851 - 48
223ALAALAARGARGchain Y and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )YL287 - 29250 - 55
233ARGARGLEULEUchain Y and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )YL301 - 44364 - 206
313PROPROHISHISchain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )JI238 - 2851 - 48
323ALAALAARGARGchain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )JI287 - 29250 - 55
333ARGARGLEULEUchain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )JI301 - 44364 - 206
413PROPROHISHISchain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )NJ238 - 2851 - 48
423ALAALAARGARGchain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )NJ287 - 29250 - 55
433ARGARGLEULEUchain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )NJ301 - 44364 - 206
513PROPROHISHISchain O and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )OQ238 - 2851 - 48
523ALAALAARGARGchain O and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )OQ287 - 29250 - 55
533ARGARGLEULEUchain O and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )OQ301 - 44364 - 206
613PROPROHISHISchain P and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )PR238 - 2851 - 48
623ALAALAARGARGchain P and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )PR287 - 29250 - 55
633ARGARGLEULEUchain P and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )PR301 - 44364 - 206

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
2G12 IgG dimer heavy chain


分子量: 25704.928 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
2G12 IgG dimer light chain


分子量: 23233.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Hepatitis B virus receptor binding protein


分子量: 23947.131 Da / 分子数: 6 / Fragment: unp residues 139-348 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PYX1
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 7.5→39.8 Å / Num. all: 26016 / Num. obs: 12654

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 8.001→39.746 Å / SU ML: 1.21 / σ(F): 1.66 / 位相誤差: 36.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3692 1264 9.99 %
Rwork0.3589 --
all0.37 12654 -
obs0.3597 12650 96.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8.001→39.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29250 0 0 0 29250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01829969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61740689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2810823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1044614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095171
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11L1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
12K1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
13C1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
14B1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.087
15G1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.129
16F1618X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.096
21H1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.093
22M1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.093
23A1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
24D1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.076
25E1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
26I1499X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.096
31X1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
32Y1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
33J1575X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
34N1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
35O1575X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
36P1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
8.0005-8.3180.35231030.3572934X-RAY DIFFRACTION74
8.318-8.69280.37461400.35731263X-RAY DIFFRACTION100
8.6928-9.14590.36811420.3541276X-RAY DIFFRACTION100
9.1459-9.71110.35171420.37411276X-RAY DIFFRACTION100
9.7111-10.44820.3391430.3321295X-RAY DIFFRACTION100
10.4482-11.47670.32451440.33821289X-RAY DIFFRACTION100
11.4767-13.08520.3481460.34221317X-RAY DIFFRACTION100
13.0852-16.29480.37641490.34481341X-RAY DIFFRACTION100
16.2948-39.74620.48331550.42641395X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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