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- PDB-4nfu: Structure of the central plant immunity signaling node EDS1 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfu
タイトルStructure of the central plant immunity signaling node EDS1 in complex with its interaction partner SAG101
要素
  • EDS1
  • Senescence-associated carboxylesterase 101
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha/beta hydrolase fold / innate immunity / pathogen defense / Phytoalexin Deficient 4 / PAD4 / nucleus / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to oomycetes / EDS1 disease-resistance complex / positive regulation of leaf senescence / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / plant-type hypersensitive response / positive regulation of defense response to bacterium / carboxylesterase / carboxylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity ...positive regulation of defense response to oomycetes / EDS1 disease-resistance complex / positive regulation of leaf senescence / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / plant-type hypersensitive response / positive regulation of defense response to bacterium / carboxylesterase / carboxylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / positive regulation of defense response to virus by host / lipid catabolic process / lipid metabolic process / defense response / defense response to Gram-negative bacterium / hydrolase activity / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Senescence-associated carboxylesterase 101-like / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / ISOPROPYL ALCOHOL / Senescence-associated carboxylesterase 101 / Protein EDS1L
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Wagner, S. / Stuttmann, J. / Rietz, S. / Guerois, R. / Niefind, K. / Parker, J.E.
引用
ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Signaling by Exclusive EDS1 Heteromeric Complexes with SAG101 or PAD4 in Plant Innate Immunity.
著者: Wagner, S. / Stuttmann, J. / Rietz, S. / Guerois, R. / Brunstein, E. / Bautor, J. / Niefind, K. / Parker, J.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of Arabidopsis thaliana EDS1, a key component of plant immunity, in complex with its signalling partner SAG101.
著者: Wagner, S. / Rietz, S. / Parker, J.E. / Niefind, K.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EDS1
B: Senescence-associated carboxylesterase 101
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2017
ポリマ－135,6022
非ポリマー5995
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area50890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.586, 113.643, 125.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EDS1 / Enhanced disease susceptibility 1


分子量: 73152.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EDS1 / プラスミド: PRSF-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9XF23, 加水分解酵素
#2: タンパク質 Senescence-associated carboxylesterase 101 / Senescence-Associated Protein 101 / SAG101


分子量: 62449.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g14930, F2G14.50, SAG101 / プラスミド: PRSF-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q4F883, carboxylesterase

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 306分子

#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 5% w/v PEG4000, 5% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0399, 1.0404, 1.0313, 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03991
21.04041
31.03131
40.91841
反射解像度: 2.21→35 Å / Num. all: 81125 / Num. obs: 78935 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 43.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3608 / Rsym value: 0.972 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARPINTEGRATED INTO AUTO-RICKSHAW (EMBL-Hamburg)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.21→34.278 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 1567 1.99 %
Rwork0.1764 --
obs0.1768 78844 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→34.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9277 0 39 302 9618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62312879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2293592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.28130.30561210.27695749X-RAY DIFFRACTION81
2.2813-2.36290.30861400.23936439X-RAY DIFFRACTION90
2.3629-2.45740.25031440.21237068X-RAY DIFFRACTION99
2.4574-2.56920.23521360.20797151X-RAY DIFFRACTION100
2.5692-2.70460.25131440.20287146X-RAY DIFFRACTION100
2.7046-2.8740.22381150.1997205X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.09580.23971580.19737195X-RAY DIFFRACTION100
3.0958-3.40710.22741590.1997212X-RAY DIFFRACTION100
3.4071-3.89950.21121360.16687263X-RAY DIFFRACTION100
3.8995-4.91060.14861660.14417281X-RAY DIFFRACTION100
4.9106-34.28240.15121480.15567568X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0166-0.0011-1.82092.53220.79895.95640.0635-0.2437-0.12190.29260.1015-0.03620.34050.0469-0.1020.37620.0243-0.04410.31860.02750.349962.42566.197569.2793
22.2990.20850.32082.3156-0.25754.8630.02670.053-0.0430.02760.2080.18460.1233-0.3215-0.23760.27730.01670.01190.27040.01170.343356.47658.198161.7083
32.39970.4948-0.9242.507-0.23712.37890.0561-0.42-0.00340.36270.058-0.4192-0.23780.7366-0.06630.3721-0.0528-0.04690.6507-0.08460.422878.013716.736166.5128
45.27350.30865.12530.03450.40045.7419-0.2299-0.22390.80290.0201-0.09770.0078-1.0175-0.03370.57770.826-0.11140.02160.4902-0.04880.598967.874732.837555.2166
51.51540.31580.23991.5108-1.29594.03160.01280.1805-0.069-0.17470.1690.18220.2607-0.3802-0.13460.3411-0.0498-0.03030.43910.03630.343750.676318.729328.6571
63.62060.3867-0.21762.86712.01652.78080.06050.0596-0.6692-0.2830.32450.43420.9312-0.4585-0.34980.8368-0.2522-0.21510.61130.10490.711542.88641.790621.2465
72.90420.4274-0.34912.19910.40844.37910.2671-0.2094-0.38750.1442-0.1298-0.00740.50440.1344-0.11870.4583-0.0156-0.10280.45620.02720.437297.941820.805638.3606
81.8609-0.17710.78340.5615-0.13082.80060.15910.0494-0.15930.00990.0164-0.15460.09640.0127-0.18840.3138-0.0046-0.01940.31120.00860.339767.25333.34923.8359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 184 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 185 through 337 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 338 through 380 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 381 through 524 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 525 through 620 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -2 through 272 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 273 through 537 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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