MHC class I protein binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.92 / Num. unique all: 1289 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 92.8
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
Blu-Ice
データ収集
AMoRE
位相決定
PHENIX
(phenix.refine: 1.5_2)
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.07 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The starting model is obtained by single isomorphous replacement with a iodine derivative data.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2249
671
4.93 %
Random
Rwork
0.198
-
-
-
obs
0.1994
13610
96.35 %
-
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.577 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
7.8691 Å2
-0 Å2
-0 Å2
2-
-
-5.0388 Å2
0 Å2
3-
-
-
-2.8302 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.07 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
994
0
0
130
1124
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
X-RAY DIFFRACTION
f_bond_d
0.005
1024
X-RAY DIFFRACTION
f_angle_d
0.959
1385
X-RAY DIFFRACTION
f_dihedral_angle_d
17.895
370
X-RAY DIFFRACTION
f_chiral_restr
0.065
140
X-RAY DIFFRACTION
f_plane_restr
0.003
177
LS精密化 シェル
Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
解像度 (Å)
Rfactor Rfree
Num. reflection Rfree
Rfactor Rwork
Num. reflection Rwork
% reflection obs (%)
1.6-1.7236
0.2392
120
0.2073
2346
89
1.7236-1.8971
0.2532
127
0.1944
2558
97
1.8971-2.1715
0.2064
140
0.1846
2635
99
2.1715-2.7357
0.2355
131
0.1948
2690
100
2.7357-33.0766
0.2152
153
0.1948
2710
97
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 10.198 Å / Origin y: -8.3398 Å / Origin z: -6.4539 Å