PDB-4nf1: Structure of N-acetyltransferase domain of X. fastidiosa NAGS/K w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nf1

タイトル

Structure of N-acetyltransferase domain of X. fastidiosa NAGS/K without his-tag

要素

Acetylglutamate kinase

キーワード

TRANSFERASE / GCN5-related acetytransferase fold / synthase/kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate N-acetyltransferase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xylella fastidiosa Temecula1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3986 Å

データ登録者

Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of the N-acetyltransferase domain of Xylella fastidiosaN-acetyl-L-glutamate synthase/kinase with and without a His tag bound to N-acetyl-L-glutamate.
著者: Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D.

履歴

登録	2013年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nf1.cif.gz	534.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nf1_validation.pdf.gz	522.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nf1_full_validation.pdf.gz	536.5 KB	表示
XML形式データ	4nf1_validation.xml.gz	65.1 KB	表示
CIF形式データ	4nf1_validation.cif.gz	94.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nexSC 4nee S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nex-d 4k30-1 5h23-d 5fk0-2 7a9y-1 4k30-2 4ygg-2 6tj0-1 3dvh-d 5fk0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

C: Acetylglutamate kinase

D: Acetylglutamate kinase

E: Acetylglutamate kinase

F: Acetylglutamate kinase

G: Acetylglutamate kinase

H: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

143 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acetylglutamate kinase

D: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Acetylglutamate kinase

F: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Acetylglutamate kinase

H: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.871, 123.350, 76.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetylglutamate kinase / N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase / NAG kinase / AGK 分子量: 17680.979 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xylella fastidiosa Temecula1 (バクテリア) 株: Temecula1 / ATCC 700964 / 遺伝子: argA/B, argB, PD_0293 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87EL2, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-NLG / N-ACETYL-L-GLUTAMATE / N-アセチルグルタミン酸分子量: 189.166 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₅
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 191K, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.1 % / 数: 1480637 / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.64 / D res high: 1.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 209796 / % possible obs: 94.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.8	50	85.3	1	0.048	2.742	7
3.02	3.8	73.6	1	0.054	2.926	6.9
2.63	3.02	100	1	0.062	2.695	7.6
2.39	2.63	100	1	0.075	2.67	7.6
2.22	2.39	67.7	1	0.084	2.584	6.3
2.09	2.22	92.3	1	0.086	2.131	7.1
1.99	2.09	100	1	0.097	1.949	7.5
1.9	1.99	87.2	1	0.119	1.999	6.3
1.83	1.9	92.3	1	0.149	1.665	6.7
1.76	1.83	100	1	0.166	1.512	7.5
1.71	1.76	100	1	0.192	1.39	7.4
1.66	1.71	100	1	0.219	1.265	7.4
1.62	1.66	100	1	0.26	1.14	7.4
1.58	1.62	100	1	0.309	1.083	7.3
1.54	1.58	100	1	0.347	1.028	7.2
1.51	1.54	100	1	0.405	1.003	7.1
1.48	1.51	99.6	1	0.485	0.935	7
1.45	1.48	98.5	1	0.565	0.888	6.8
1.42	1.45	97.2	1	0.694	0.876	6.6
1.4	1.42	96.5	1	0.784	0.895	6

反射

解像度: 1.3986→40 Å / Num. all: 222006 / Num. obs: 209796 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 32.9

反射シェル

解像度: 1.3986→1.42 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NEX

4nex

解像度: 1.3986→34.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	2000	0.95 %
R_work	0.1792	-	-
obs	0.1794	209681	94.35 %
all	-	222234	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4587 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3986→34.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9859	0	124	1647	11630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	14107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.572	3730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3986-1.4335	0.3049	144	0.2863	14934	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4335-1.4723	0.2663	148	0.2382	15341	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4723-1.5156	0.2354	150	0.2142	15635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5156-1.5645	0.242	152	0.1996	15685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5645-1.6205	0.2088	150	0.2012	15652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6205-1.6853	0.2227	151	0.1934	15708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6853-1.762	0.2205	151	0.1822	15680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.762-1.8549	0.1897	151	0.1836	15710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8549-1.9711	0.2159	130	0.1816	13464	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9711-2.1233	0.1851	152	0.1703	15729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1233-2.3369	0.1756	108	0.1729	11270	X-RAY DIFFRACTION	72
2.3369-2.675	0.2353	151	0.178	15758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.675-3.3697	0.1904	152	0.1726	15786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3697-34.083	0.155	110	0.1555	11329	X-RAY DIFFRACTION	71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7673	-0.0066	-0.3344	0.7211	-0.063	1.694	0.0111	-0.0089	0.0511	0.0058	0.0002	-0.0014	-0.044	0.0501	-0.0064	0.0549	-0.001	-0.0098	0.0495	0.0015	0.0986	79.007	-8.434	-2.97
2	2.8965	-0.074	-0.9592	1.9578	0.3014	2.9677	-0.0042	-0.2313	0.0196	0.043	-0.0515	0.0458	0.0183	-0.1121	0.0473	0.1034	-0.0007	-0.0187	0.1348	-0.0071	0.0904	67.9043	-5.0129	28.507
3	1.1678	-0.1061	0.302	0.6578	0.0835	1.6477	-0.013	-0.0811	0.0361	0.0436	-0.0014	0.0047	0.0181	-0.0413	0.0047	0.0734	-0.0032	0.0019	0.0681	0.0001	0.0992	44.5743	-8.1275	1.8202
4	2.2019	0.2944	-0.8415	1.1468	-0.6278	2.4571	0.0065	0.0447	-0.0269	-0.0456	-0.0274	-0.0092	0.1462	-0.0775	0.0202	0.1143	-0.011	-0.0106	0.115	0.0125	0.091	55.7698	-3.3815	-29.4166
5	1.3674	0.3144	-0.9004	0.8782	-0.0745	2.1587	-0.0291	0.0985	-0.0657	-0.0137	-0.0188	-0.0451	0.0671	-0.0141	0.0348	0.0794	0.0021	0.001	0.0669	-0.0066	0.1164	50.6135	22.2009	-2.0014
6	2.6265	-0.2121	-0.785	1.4068	0.0293	2.2905	-0.0882	-0.1169	-0.0012	0.0196	0.0414	-0.0004	-0.0773	-0.0526	0.0458	0.1281	0.0039	-0.0269	0.0781	0.0025	0.0775	40.0876	26.437	29.4299
7	1.0789	0.0072	0.1272	0.7711	-0.0038	2.2861	-0.0097	-0.0852	-0.0298	0.048	-0.0464	0.0848	0.0092	-0.057	0.0497	0.0895	-0.0039	0.0047	0.0799	-0.0043	0.1476	80.0843	23.0538	3.0724
8	2.4905	0.3028	-1.3516	2.1512	-1.041	4.0427	-0.1007	0.0914	-0.0931	-0.17	-0.0335	0.0211	0.1629	-0.0286	0.1031	0.1802	-0.005	-0.0285	0.1275	-0.0169	0.1304	90.2992	28.101	-28.2728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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